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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4783 | |||||||||
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タイトル | Composite map of an entire contractile injection device : the anti-feeding prophage (AFP) | |||||||||
マップデータ | Composite map of the full anti-feeding prophage (AFP) contractile injection device. This map was assembled from individual maps of cap, trunk, baseplate and needle (see related deposited maps) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Serratia entomophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Desfosses A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Atomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states. 著者: Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra / 要旨: Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4783.map.gz | 105.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4783-v30.xml emd-4783.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4783.png | 177.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4783 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4783 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4783_validation.pdf.gz | 196.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4783_full_validation.pdf.gz | 195.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4783_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4783 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4783 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 196.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map of the full anti-feeding prophage (AFP) contractile injection device. This map was assembled from individual maps of cap, trunk, baseplate and needle (see related deposited maps) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Composite map of an entire contractile injection device : the ant...
全体 | 名称: Composite map of an entire contractile injection device : the anti-feeding prophage (AFP) |
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要素 |
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-超分子 #1: Composite map of an entire contractile injection device : the ant...
超分子 | 名称: Composite map of an entire contractile injection device : the anti-feeding prophage (AFP) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 詳細: This map was assembled from individual maps of cap, trunk, baseplate and needle (see related deposited maps) |
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由来(天然) | 生物種: Serratia entomophila (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 10.215 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 30858 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |