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万見
- EMDB-4511: Influenza B polymerase pre-initiation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4511
タイトルInfluenza B polymerase pre-initiation complex
マップデータInfluenza virus B polymerase per-initiation complex (LocScale filtered)
試料
  • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
    • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
      • RNA: Capped RNA
      • RNA: 5 end
      • RNA: 3 end
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ ...symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cusack S / Kouba T
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural snapshots of actively transcribing influenza polymerase.
著者: Tomas Kouba / Petra Drncová / Stephen Cusack /
要旨: Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter ...Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase uses unique mechanisms to transcribe its single-stranded genomic viral RNA (vRNA) into messenger RNA. The polymerase is initially bound to a promoter comprising the partially base-paired 3' and 5' extremities of the RNA. A short, capped primer, 'cap-snatched' from a nascent host polymerase II transcript, is directed towards the polymerase active site to initiate RNA synthesis. Here we present structural snapshots, as determined by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, of actively initiating influenza polymerase as it transitions towards processive elongation. Unexpected conformational changes unblock the active site cavity to allow establishment of a nine-base-pair template-product RNA duplex before the strands separate into distinct exit channels. Concomitantly, as the template translocates, the promoter base pairs are broken and the template entry region is remodeled. These structures reveal details of the influenza polymerase active site that will help optimize nucleoside analogs or other compounds that directly inhibit viral RNA synthesis.
履歴
登録2018年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月24日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qcs
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza virus B polymerase per-initiation complex (LocScale filtered)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8311 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.2624381 - 0.7042523
平均 (標準偏差)0.0030089093 (±0.025876166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 259.3032 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.831099358974360.831099358974360.83109935897436
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z259.303259.303259.303
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.2620.7040.003

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添付データ

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追加マップ: Influenza virus B polymerase per-initiation complex (Relion post-process)...

ファイルemd_4511_additional.map
注釈Influenza virus B polymerase per-initiation complex (Relion post-process)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza polymerase pre-initiation complex

全体名称: Influenza polymerase pre-initiation complex
要素
  • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
    • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza polymerase pre-initiation complex
      • RNA: Capped RNA
      • RNA: 5 end
      • RNA: 3 end
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Influenza polymerase pre-initiation complex

超分子名称: Influenza polymerase pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Influenza polymerase pre-initiation complex

超分子名称: Influenza polymerase pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: Influenza polymerase pre-initiation complex

超分子名称: Influenza polymerase pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#6
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 85.822781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSHHHHHHHH GSGSMDTFIT RNFQTTIIQK AKNTMAEFSE DPELQPAMLF NICVHLEVCY VISDMNFLDE EGKAYTALEG QGKEQNLRP QYEVIEGMPR TIAWMVQRSL AQEHGIETPK YLADLFDYKT KRFIEVGITK GLADDYFWKK KEKLGNSMEL M IFSYNQDY ...文字列:
GSHHHHHHHH GSGSMDTFIT RNFQTTIIQK AKNTMAEFSE DPELQPAMLF NICVHLEVCY VISDMNFLDE EGKAYTALEG QGKEQNLRP QYEVIEGMPR TIAWMVQRSL AQEHGIETPK YLADLFDYKT KRFIEVGITK GLADDYFWKK KEKLGNSMEL M IFSYNQDY SLSNESSLDE EGKGRVLSRL TELQAELSLK NLWQVLIGEE DVEKGIDFKL GQTISRLRDI SVPAGFSNFE GM RSYIDNI DPKGAIERNL ARMSPLVSVT PKKLTWEDLR PIGPHIYNHE LPEVPYNAFL LMSDELGLAN MTEGKSKKPK TLA KECLEK YSTLRDQTDP ILIMKSEKAN ENFLWKLWRD CVNTISNEEM SNELQKTNYA KWATGDGLTY QKIMKEVAID DETM CQEEP KIPNKCRVAA WVQTEMNLLS TLTSKRALDL PEIGPDVAPV EHVGSERRKY FVNEINYCKA STVMMKYVLF HTSLL NESN ASMGKYKVIP ITNRVVNEKG ESFDMLYGLA VKGQSHLRGD TDVVTVVTFE FSSTDPRVDS GKWPKYTVFR IGSLFV SGR EKSVYLYCRV NGTNKIQMKW GMEARRCLLQ SMQQMEAIVE QESSIQGYDM TKACFKGDRV NSPKTFSIGT QEGKLVK GS FGKALRVIFT KCLMHYVFGN AQLEGFSAES RRLLLLIQAL KDRKGPWVFD LEGMYSGIEE CISNNPWVIQ SAYWFNEW L GFEKEGSKVL ESVDEIMDEG SGSGENLYFQ

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 86.207016 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSGSGSGSGM NINPYFLFID VPIQAAISTT FPYTGVPPYS HGTGTGYTID TVIRTHEYSN KGKQYISDVT GCTMVDPTNG PLPEDNEPS AYAQLDCVLE ALDRMDEEHP GLFQAASQNA METLMVTTVD KLTQGRQTFD WTVCRNQPAA TALNTTITSF R LNDLNGAD ...文字列:
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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 90.844109 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GSGSGSGSGM TLAKIELLKQ LLRDNEAKTV LKQTTVDQYN IIRKFNTSRI EKNPSLRMKW AMCSNFPLAL TKGDMANRIP LEYKGIQLK TNAEDIGTKG QMCSIAAVTW WNTYGPIGDT EGFERVYESF FLRKMRLDNA TWGRITFGPV ERVRKRVLLN P LTKEMPPD ...文字列:
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+
分子 #4: Capped RNA

分子名称: Capped RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 5.241141 KDa
配列文字列:
(GTG)AAUGCUAUA AUAGC

+
分子 #5: 5 end

分子名称: 5 end / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.55782 KDa
配列文字列:
AGUAGUAACA AGAG

+
分子 #6: 3 end

分子名称: 3 end / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 6.52582 KDa
配列文字列:
UAUACCUCUG CUUCUGCUAU U

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 22.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30000
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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