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- EMDB-41780: Composite map of PP7 binding to type IV pilus from PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41780
タイトルComposite map of PP7 binding to type IV pilus from PAO1
マップデータComposite map of PP7 binding to type IV pilus from PAO1
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Type IV twitching pilus
キーワードType IV pilus (性繊毛) / T4P / PAO1 / PP7 / VIRUS (ウイルス)
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Thongchol J / Zhang J / Zeng L
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI156846 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM141659 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1902392 米国
Other privateTexas A&M University T3 米国
Other privateTexas A&M University X-grants 米国
Other privateCenter for phage technology, TAMU 米国
National Science Foundation (NSF, United States)PHY-1734030 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Removal of type IV pili by a small RNA virus.
著者: Jirapat Thongchol / Zihao Yu / Laith Harb / Yiruo Lin / Matthias Koch / Matthew Theodore / Utkarsh Narsaria / Joshua Shaevitz / Zemer Gitai / Yinghao Wu / Junjie Zhang / Lanying Zeng /
要旨: The retractile type IV pilus (T4P) is important for virulence of the opportunistic human pathogen . The single-stranded RNA (ssRNA) phage PP7 binds to T4P and is brought to the cell surface through ...The retractile type IV pilus (T4P) is important for virulence of the opportunistic human pathogen . The single-stranded RNA (ssRNA) phage PP7 binds to T4P and is brought to the cell surface through pilus retraction. Using fluorescence microscopy, we discovered that PP7 detaches T4P, which impairs cell motility and restricts the pathogen's virulence. Using cryo-electron microscopy, mutagenesis, optical trapping, and Langevin dynamics simulation, we resolved the structure of PP7, T4P, and the PP7/T4P complex and showed that T4P detachment is driven by the affinity between the phage maturation protein and its bound pilin, plus the pilus retraction force and speed, and pilus bending. Pilus detachment may be widespread among other ssRNA phages and their retractile pilus systems and offers new prospects for antibacterial prophylaxis and therapeutics.
履歴
登録2023年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of PP7 binding to type IV pilus from PAO1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.004890502 - 0.7395555
平均 (標準偏差)0.0006533566 (±0.011045356)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 619.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type IV twitching pilus

全体名称: Type IV twitching pilus
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Type IV twitching pilus

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超分子 #1: Type IV twitching pilus

超分子名称: Type IV twitching pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1
分子量理論値: 240 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: PBS
詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 8 mM Na2HPO4, and 2 mM KH2PO4, pH 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5085 / 平均電子線量: 50.85 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: composite map of PP7 binding to type IV pilus from PAO1, the reported resolution is from the raw map of PP7.
使用した粒子像数: 40493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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