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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41069 | |||||||||
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タイトル | CDPPB-bound inactive mGlu5 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GPCR (Gタンパク質共役受容体) / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 A2A adenosine receptor binding / regulation of translational elongation / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / : / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...A2A adenosine receptor binding / regulation of translational elongation / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / : / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / : / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein tyrosine kinase binding / dendritic shaft / locomotory behavior / 学習 / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / 認識 / cellular response to amyloid-beta / regulation of translation / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / 樹状突起スパイン / positive regulation of MAPK cascade / learning or memory / glutamatergic synapse / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Krishna Kumar K / Wang H / Kobilka BK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Step-wise activation of a Family C GPCR. 著者: Kaavya Krishna Kumar / Haoqing Wang / Chris Habrian / Naomi R Latorraca / Jun Xu / Evan S O'Brien / Chensong Zhang / Elizabeth Montabana / Antoine Koehl / Susan Marqusee / Ehud Y Isacoff / Brian K Kobilka / 要旨: Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine- ...Metabotropic glutamate receptors belong to a family of G protein-coupled receptors that are obligate dimers and possess a large extracellular ligand-binding domain (ECD) that is linked via a cysteine-rich domain (CRDs) to their 7-transmembrane (TM) domain. Upon activation, these receptors undergo a large conformational change to transmit the ligand binding signal from the ECD to the G protein-coupling TM. In this manuscript, we propose a model for a sequential, multistep activation mechanism of metabotropic glutamate receptor subtype 5. We present a series of structures in lipid nanodiscs, from inactive to fully active, including agonist-bound intermediate states. Further, using bulk and single-molecule fluorescence imaging we reveal distinct receptor conformations upon allosteric modulator and G protein binding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41069.map.gz | 114.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41069-v30.xml emd-41069.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41069.png | 41 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41069.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41069 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t6jMC 8t7hC 8t8mC 8taoC 41783 41787 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8521 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with CDPPB
全体 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with CDPPB |
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要素 |
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-超分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with CDPPB
超分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 in complex with CDPPB タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.868297 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAAQSSER RVVAHMPGDI IIGALFSVHH QPTVDKVHER KCGAVREQYG IQRVEAMLHT LERINSDPT LLPNITLGCE IRDSCWHSAV ALEQSIEFIR DSLISSEEEE GLVRCVDGSS SSFRSKKPIV GVIGPGSSSV A IQVQNLLQ LFNIPQIAYS ATSMDLSDKT LFKYFMRVVP SDAQQARAMV DIVKRYNWTY VSAVHTEGNY GESGMEAFKD MS AKEGICI AHSYKIYSNA GEQSFDKLLK KLTSHLPKAR VVACFCEGMT VRGLLMAMRR LGLAGEFLLL GSDGWADRYD VTD GYQREA VGGITIKLQS PDVKWFDDYY LKLRPETNHR NPWFQEFWQH RFQCRLEGFP QENSKYNKTC NSSLTLKTHH VQDS KMGFV INAIYSMAYG LHNMQMSLCP GYAGLCDAMK PIDGRKLLES LMKTNFTGVS GDTILFDENG DSPGRYEIMN FKEMG KDYF DYINVGSWDN GELKMDDDEV WSKKSNIIRS VCSEPCEKGQ IKVIRKGEVS CCWTCTPCKE NEYVFDEYTC KACQLG SWP TDDLTGCDLI PVQYLRWGDP EPIAAVVFAC LGLLATLFVT VVFIIYRDTP VVKSSSRELC YIILAGICLG YLCTFCL IA KPKQIYCYLQ RIGIGLSPAM SYSALVTKTN RIARILAGSK KKICTKKPRF MSACAQLVIA FILICIQLGI IVALFIME P PDIMHDYPSI REVYLICNTT NLGVVTPLGY NGLLILSCTF YAFKTRNVPA NFNEAKYIAF TMYTTCIIWL AFVPIYFGS NYKIITMCFS VSLSATVALG CMFVPKVYII LAKPERNVRS AFTTSTVVRM HVGDGKSSSA ASRSSSLVNL WKRRGSSGET L UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 5 |
-分子 #2: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide
分子 | 名称: 3-cyano-N-(1,3-diphenyl-1H-pyrazol-5-yl)benzamide / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: YKU |
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分子量 | 理論値: 364.399 Da |
Chemical component information | ChemComp-YKU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 246232 |