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- EMDB-40233: Cryo-EM structure of octameric human CALHM1 (I109W) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40233
タイトルCryo-EM structure of octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
マップデータCryo-EM map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
試料
  • 複合体: Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 1
  • リガンド: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)
キーワードtaste (味覚) / assembly / calcium homeostasis modulator protein / membrane protein (膜タンパク質) / channel / lipid binding (脂質) / large-pore channel / ruthenium red
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensory perception of salty taste / ATP transport / sensory perception of bitter taste / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / protein heterooligomerization / voltage-gated monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to stimulus ...Sensory perception of salty taste / ATP transport / sensory perception of bitter taste / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / protein heterooligomerization / voltage-gated monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / response to stimulus / monoatomic cation transport / voltage-gated calcium channel activity / monoatomic cation channel activity / protein homooligomerization / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / basolateral plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium homeostasis modulator protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.73 Å
データ登録者Syrjanen JL / Furukawa H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of human CALHM1 reveals key locations for channel regulation and blockade by ruthenium red.
著者: Johanna L Syrjänen / Max Epstein / Ricardo Gómez / Hiro Furukawa /
要旨: Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage-dependent channel involved in neuromodulation and gustatory signaling. Despite recent progress in the structural biology of CALHM1, insights into ...Calcium homeostasis modulator 1 (CALHM1) is a voltage-dependent channel involved in neuromodulation and gustatory signaling. Despite recent progress in the structural biology of CALHM1, insights into functional regulation, pore architecture, and channel blockade remain limited. Here we present the cryo-EM structure of human CALHM1, revealing an octameric assembly pattern similar to the non-mammalian CALHM1s and the lipid-binding pocket conserved across species. We demonstrate by MD simulations that this pocket preferentially binds a phospholipid over cholesterol to stabilize its structure and regulate the channel activities. Finally, we show that residues in the amino-terminal helix form the channel pore that ruthenium red binds and blocks.
履歴
登録2023年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.856 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0736
最小 - 最大-0.17641178 - 0.3376361
平均 (標準偏差)0.0016477911 (±0.014510683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)

ファイルemd_40233_half_map_1.map
注釈half-map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)

ファイルemd_40233_half_map_2.map
注釈half-map of human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)

全体名称: Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
要素
  • 複合体: Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator protein 1
  • リガンド: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

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超分子 #1: Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)

超分子名称: Octameric human CALHM1 (I109W) in complex with ruthenium red (C1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 1

分子名称: Calcium homeostasis modulator protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.842539 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMDKFRMIFQ FLQSNQESFM NGICGIMALA SAQMYSAFDF NCPCLPGYNA AYSAGILLAP PLVLFLLGLV MNNNVSMLAE EWKRPPGRR AKDPAVLRYM FCSMAQRALW APVVWVAVTL LDGKCFLCAF CTAVPVSALG NGSLAPGLPA PELARLLARV P CPEIYDGD ...文字列:
MMDKFRMIFQ FLQSNQESFM NGICGIMALA SAQMYSAFDF NCPCLPGYNA AYSAGILLAP PLVLFLLGLV MNNNVSMLAE EWKRPPGRR AKDPAVLRYM FCSMAQRALW APVVWVAVTL LDGKCFLCAF CTAVPVSALG NGSLAPGLPA PELARLLARV P CPEIYDGD WLLAREVAVR YLRCISQALG WSFVLLTTLL AFVVRSVRPC FTQAAFLKSK YWSHYIDIER KLFDETCTEH AK AFAKVCI QQFFEAMNHD LELGHTNGTL ATAPASAAAP TTPDGAEEER EKLRGITDQG TMNRLLGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 1

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分子 #2: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

分子名称: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: R2R
分子量理論値: 559.525 Da
Chemical component information

ChemComp-R2R:
ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2) / Ruthenium red

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC) / 使用した粒子像数: 68351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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