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- EMDB-3954: Cryo-EM structure of the human INO80 complex bound to nucleosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3954
タイトルCryo-EM structure of the human INO80 complex bound to nucleosome
マップデータmap of human INO80 bound to nucleosome
試料Complex of core human INO80 with nucleosome:
nucleosomeヌクレオソーム / human INO80 / Histone subunitsヒストン / RuvB-like 1 / RuvB-like 2 / DNA helicase INO80 / Actin-related protein 5 / Histone H3.1 / Histone H4 / Histone H2A type 1-B/E ...nucleosomeヌクレオソーム / human INO80 / Histone subunitsヒストン / RuvB-like 1 / RuvB-like 2 / DNA helicase INO80 / Actin-related protein 5 / Histone H3.1 / Histone H4 / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / INO80 complex subunit B / (nucleic-acid核酸) x 2 / (ligandリガンド) x 2
機能・相同性DNA Damage Recognition in GG-NER / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / INO80 complex, subunit Ies2 / DNA helicase Ino80 / Histone H2A, C-terminal domain / Histone H2A conserved site / CENP-T/Histone H4, histone fold / RuvB-like helicase 1 / RuvB-like helicase 2 / SNF2-like, N-terminal domain superfamily ...DNA Damage Recognition in GG-NER / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / INO80 complex, subunit Ies2 / DNA helicase Ino80 / Histone H2A, C-terminal domain / Histone H2A conserved site / CENP-T/Histone H4, histone fold / RuvB-like helicase 1 / RuvB-like helicase 2 / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / アクチン / SNF2 family N-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / RNA Polymerase I Chain Elongation / Helicase conserved C-terminal domain / HIT zinc finger / PAPA-1-like conserved region / DNA-binding domain / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / C-terminus of histone H2A / Histone H2A signature. / Histone H4 signature. / Actin-related protein 5 / RuvB-like / Histone H2B signature. / Actin family / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / G2/M DNA damage checkpoint / Histone H3/CENP-A / SNF2-related, N-terminal domain / Histone H2B / Helicase, C-terminal / Histone H4 / Histone H2A / AAA+ ATPase domain / Actin, conserved site / DBINO domain / TATA box binding protein associated factor (TAF) / RNA Polymerase I Promoter Opening / INO80 complex subunit B-like conserved region / Histone H2A/H2B/H3 / Zinc finger, HIT-type / Histone-fold / TIP49, P-loop domain / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Histone H4, conserved site / Histone H3 signature 1. / TIP49 P-loop domain / Actins signature 2. / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / HATs acetylate histones / Histone H3 signature 2. / Chromatin modifying enzymes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNAメチル化 / Amyloid fiber formation / Transcriptional regulation by small RNAs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Metalloprotease DUBs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Processing of DNA double-strand break ends / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RMTs methylate histone arginines / DBINO domain profile. / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Meiotic synapsis / Interleukin-7 signaling / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Packaging Of Telomere Ends / Telomere Extension By Telomerase / HDACs deacetylate histones / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Pre-NOTCH Transcription and Translation / PRC2 methylates histones and DNA / 遺伝的組換え / Condensation of Prophase Chromosomes / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of estrogen receptor binding / positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / transcriptional activation by promoter-enhancer looping / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / histone H2A acetylation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / nucleosome mobilization / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to stress
機能・相同性情報
由来Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.8Å分解能
データ登録者Ayala R / Willhoft O / Aramayo RJ / Wilkinson M / McCormack EA / Ocloo L / Wigley DB / Zhang X
引用ジャーナル: Nature / : 2018
タイトル: Structure and regulation of the human INO80-nucleosome complex.
著者: Rafael Ayala / Oliver Willhoft / Ricardo J Aramayo / Martin Wilkinson / Elizabeth A McCormack / Lorraine Ocloo / Dale B Wigley / Xiaodong Zhang
構造検証レポートPDB-ID: 6hts

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年10月27日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年12月20日 / マップ公開: 2018年4月25日 / 最新の更新: 2018年11月7日

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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3954.map.gz (map file in CCP4 format, 108001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
270 pix
1.09 Å/pix.
= 294.3 Å
270 pix
1.09 Å/pix.
= 294.3 Å
270 pix
1.09 Å/pix.
= 294.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面のレベル:0.0155 (by author), 0.035 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.036022097 - 0.11846963
平均 (標準偏差)0.00095604477 (0.0058174892)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions300300300
Origin0.00.00.0
Limit299.0299.0299.0
Spacing300300300
セルA=B=C: 339.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z270270270
origin x/y/z0.0120.0120.012
length x/y/z294.300294.300294.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS270270270
D min/max/mean-0.0680.1970.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Complex of core human INO80 with nucleosome

全体名称: Complex of core human INO80 with nucleosome / 構成要素数: 17

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構成要素 #1: タンパク質, Complex of core human INO80 with nucleosome

タンパク質名称: Complex of core human INO80 with nucleosome / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #2: タンパク質, nucleosome

タンパク質名称: nucleosomeヌクレオソーム / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #3: タンパク質, human INO80

タンパク質名称: human INO80 / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #4: タンパク質, Histone subunits

タンパク質名称: Histone subunitsヒストン / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, RuvB-like 1

タンパク質名称: RuvB-like 1 / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 50.296914 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #6: タンパク質, RuvB-like 2

タンパク質名称: RuvB-like 2 / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 51.222465 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #7: タンパク質, DNA helicase INO80

タンパク質名称: DNA helicase INO80 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 146.390703 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #8: タンパク質, Actin-related protein 5

タンパク質名称: Actin-related protein 5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 68.372336 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #9: タンパク質, Histone H3.1

タンパク質名称: Histone H3.1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.437167 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
構成要素 #10: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.394426 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #11: タンパク質, Histone H2A type 1-B/E

タンパク質名称: Histone H2A type 1-B/E / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.165551 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #12: タンパク質, Histone H2B type 1-J

タンパク質名称: Histone H2B type 1-J / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.935239 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #13: タンパク質, INO80 complex subunit B

タンパク質名称: INO80 complex subunit B / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 38.704172 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #14: 核酸, DNA (142-MER)

核酸名称: DNA (142-MER) / クラス: DNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DC)
分子量理論値: 62.533809 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #15: 核酸, DNA (142-MER)

核酸名称: DNA (142-MER) / クラス: DNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC) (DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) (DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)
分子量理論値: 61.897449 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #16: リガンド, ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

リガンド名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 個数: 6 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.427201 kDa

+
構成要素 #17: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 8
急速凍結凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 8 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 58145
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 4.8 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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