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- EMDB-3787: Cryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet from... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3787
タイトルCryo-electron tomography averaged map of microtubule doublet from p23 mutant Chlamydomonas axoneme
マップデータSubaverage after subtomogram classification of Chlamydomonas pf23 cilia, based on outer arm dynein structure.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Sale WS / Ishikawa T / Yamamoto R / Obbineni JM / Alford LM / Hwang J / Ide T / Owa M / Kon T / Inaba K ...Sale WS / Ishikawa T / Yamamoto R / Obbineni JM / Alford LM / Hwang J / Ide T / Owa M / Kon T / Inaba K / Noliyanda J / King SM / Dutcher S
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2017
タイトル: Chlamydomonas DYX1C1/PF23 is essential for axonemal assembly and proper morphology of inner dynein arms.
著者: Ryosuke Yamamoto / Jagan M Obbineni / Lea M Alford / Takahiro Ide / Mikito Owa / Juyeon Hwang / Takahide Kon / Kazuo Inaba / Noliyanda James / Stephen M King / Takashi Ishikawa / Winfield S ...著者: Ryosuke Yamamoto / Jagan M Obbineni / Lea M Alford / Takahiro Ide / Mikito Owa / Juyeon Hwang / Takahide Kon / Kazuo Inaba / Noliyanda James / Stephen M King / Takashi Ishikawa / Winfield S Sale / Susan K Dutcher /
要旨: Cytoplasmic assembly of ciliary dyneins, a process known as preassembly, requires numerous non-dynein proteins, but the identities and functions of these proteins are not fully elucidated. Here, we ...Cytoplasmic assembly of ciliary dyneins, a process known as preassembly, requires numerous non-dynein proteins, but the identities and functions of these proteins are not fully elucidated. Here, we show that the classical Chlamydomonas motility mutant pf23 is defective in the Chlamydomonas homolog of DYX1C1. The pf23 mutant has a 494 bp deletion in the DYX1C1 gene and expresses a shorter DYX1C1 protein in the cytoplasm. Structural analyses, using cryo-ET, reveal that pf23 axonemes lack most of the inner dynein arms. Spectral counting confirms that DYX1C1 is essential for the assembly of the majority of ciliary inner dynein arms (IDA) as well as a fraction of the outer dynein arms (ODA). A C-terminal truncation of DYX1C1 shows a reduction in a subset of these ciliary IDAs. Sucrose gradients of cytoplasmic extracts show that preassembled ciliary dyneins are reduced compared to wild-type, which suggests an important role in dynein complex stability. The role of PF23/DYX1C1 remains unknown, but we suggest that DYX1C1 could provide a scaffold for macromolecular assembly.
履歴
登録2017年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年9月6日-
更新2017年9月20日-
現状2017年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: -0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 47.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subaverage after subtomogram classification of Chlamydomonas pf23 cilia, based on outer arm dynein structure.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.001 / ムービー #1: -0.23
最小 - 最大-0.70259494 - 0.6101861
平均 (標準偏差)0.000158723 (±0.091841586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ232232232
Spacing232232232
セルA=B=C: 1317.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.685.685.68
M x/y/z232232232
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1317.7601317.7601317.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS232232232
D min/max/mean-0.7030.6100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other ...

全体名称: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins

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超分子 #1: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other ...

超分子名称: Ciliary microtubule doublet with dynein, radial spokes and other binding proteins
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: pf23 / Organelle: cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: HMDEK
詳細: 30 mM HEPES, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 1 mM EGTA, and 50 mM potassium acetate, pH7.4
グリッドモデル: Plano lacey / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: one side blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 20000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL in-column
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.8 e/Å2

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画像解析

抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 660
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 120 / ソフトウェア - 名称: Xmipp
詳細: This particular uploaded map is from 464 subtomograms.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: 3D cross correlation by Spider
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Visual estimation, compared with datasets in the past
使用したサブトモグラム数: 464

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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