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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3782 | |||||||||
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タイトル | A 3.4 Angstrom structure of HIV-1 CA-SP1 by 3D-CTF correction of cryo-electron tomograms | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Turonova B / Schur FKM / Wan W / Briggs JAG | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Efficient 3D-CTF correction for cryo-electron tomography using NovaCTF improves subtomogram averaging resolution to 3.4Å. 著者: Beata Turoňová / Florian K M Schur / William Wan / John A G Briggs / 要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows cellular ultrastructures and macromolecular complexes to be imaged in three-dimensions in their native environments. Cryo-electron tomograms are ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows cellular ultrastructures and macromolecular complexes to be imaged in three-dimensions in their native environments. Cryo-electron tomograms are reconstructed from projection images taken at defined tilt-angles. In order to recover high-resolution information from cryo-electron tomograms, it is necessary to measure and correct for the contrast transfer function (CTF) of the microscope. Most commonly, this is performed using protocols that approximate the sample as a two-dimensional (2D) plane. This approximation accounts for differences in defocus and therefore CTF across the tilted sample. It does not account for differences in defocus of objects at different heights within the sample; instead, a 3D approach is required. Currently available approaches for 3D-CTF correction are computationally expensive and have not been widely implemented. Here we simulate the benefits of 3D-CTF correction for high-resolution subtomogram averaging, and present a user-friendly, computationally-efficient 3D-CTF correction tool, NovaCTF, that is compatible with standard tomogram reconstruction workflows in IMOD. We validate the approach on synthetic data and test it using subtomogram averaging of real data. Consistent with our simulations, we find that 3D-CTF correction allows high-resolution structures to be obtained with much smaller subtomogram averaging datasets than are required using 2D-CTF. We also show that using equivalent dataset sizes, 3D-CTF correction can be used to obtain higher-resolution structures. We present a 3.4Å resolution structure determined by subtomogram averaging. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3782.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3782-v30.xml emd-3782.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3782.png | 694.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3782 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3782_validation.pdf.gz | 317 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3782_full_validation.pdf.gz | 316.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3782_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3782 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3782 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10164 (タイトル: Cryo-electron tomography of immature HIV-1 dMACANC VLPs Data size: 865.0 Data #1: Compressed, unaligned, multi-frame micrographs of tilt series containing HIV-1 dMACANC virus like particles assembled in the presence of BVM. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3782.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus 1
全体 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Virus-like particles were obtained by in vitro assembly of a truncated Gag construct (deltaMACANCSP2) in presence of the maturation inhibitor Bevirimat NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET11C |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein). | |||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: at 20 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II 詳細: 10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.. | |||||||||||||||
詳細 | Virus-like particles were assembled in vitro |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
詳細 | Nanoprobe |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 8-10 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 詳細: Number of frames ranged from 8-10 Exposure time per tilt ranged from 0.8 to 1.0 seconds |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |