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- EMDB-3724: The structure of the COPI coat linkage IV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3724
タイトルThe structure of the COPI coat linkage IV
マップデータThe structure of the COPI coat linkage IV
試料
  • 複合体: The structure of the COPI coat leaf
    • 複合体: COPI coat complex
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit alphaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit epsilonコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit betaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta'コートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit deltaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit gamma-1コートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit zeta-1コートマー
    • 複合体: ADP-ribosylation factor 1ARF1
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1ARF1
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI-mediated anterograde transport / Golgi vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / organelle transport along microtubule / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane transport / establishment of Golgi localization / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / 顔料 / Golgi-associated vesicle / protein secretion / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / 低分子量GTPアーゼ / protein kinase C binding / establishment of localization in cell / オートファジー / intracellular protein transport / hormone activity / protein transport / 成長円錐 / 神経繊維 / ゴルジ体 / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / neuronal cell body / GTP binding / structural molecule activity / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular space / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Coatomer epsilon subunit / Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal ...Coatomer epsilon subunit / Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Coatomer delta subunit / : / Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / Coatomer WD associated region / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / small GTPase Arf family profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / Coatomer subunit epsilon / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit zeta-1 / Coatomer subunit delta / Coatomer subunit alpha / Coatomer subunit beta / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.3 Å
データ登録者Dodonova SO / Aderhold P / Kopp J / Ganeva I / Roehling S / Hagen WJH / Sinning I / Wieland F / Briggs JAG
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: 9Å structure of the COPI coat reveals that the Arf1 GTPase occupies two contrasting molecular environments.
著者: Svetlana O Dodonova / Patrick Aderhold / Juergen Kopp / Iva Ganeva / Simone Röhling / Wim J H Hagen / Irmgard Sinning / Felix Wieland / John A G Briggs /
要旨: COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that ...COPI coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and between the Golgi and the endoplasmic reticulum. Assembly of a COPI coated vesicle is initiated by the small GTPase Arf1 that recruits the coatomer complex to the membrane, triggering polymerization and budding. The vesicle uncoats before fusion with a target membrane. Coat components are structurally conserved between COPI and clathrin/adaptor proteins. Using cryo-electron tomography and subtomogram averaging, we determined the structure of the COPI coat assembled on membranes in vitro at 9 Å resolution. We also obtained a 2.57 Å resolution crystal structure of βδ-COP. By combining these structures we built a molecular model of the coat. We additionally determined the coat structure in the presence of ArfGAP proteins that regulate coat dissociation. We found that Arf1 occupies contrasting molecular environments within the coat, leading us to hypothesize that some Arf1 molecules may regulate vesicle assembly while others regulate coat disassembly.
履歴
登録2017年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月31日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nzv
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5nzv
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3724.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 36.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The structure of the COPI coat linkage IV
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.19904147 - 0.19005124
平均 (標準偏差)0.000000000003418 (±0.026337396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ212212212
Spacing212212212
セルA=B=C: 377.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z212212212
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z377.360377.360377.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS212212212
D min/max/mean-0.1990.1900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The structure of the COPI coat leaf

全体名称: The structure of the COPI coat leaf
要素
  • 複合体: The structure of the COPI coat leaf
    • 複合体: COPI coat complex
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit alphaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit epsilonコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit betaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit beta'コートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit deltaコートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit gamma-1コートマー
      • タンパク質・ペプチド: Coatomer subunit zeta-1コートマー
    • 複合体: ADP-ribosylation factor 1ARF1
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 1ARF1

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超分子 #1: The structure of the COPI coat leaf

超分子名称: The structure of the COPI coat leaf / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: The asymmetric unit of the COPI coat
分子量理論値: 2.2 MDa

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超分子 #2: COPI coat complex

超分子名称: COPI coat complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#8
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: ADP-ribosylation factor 1

超分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Coatomer subunit alpha

分子名称: Coatomer subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 142.53275 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLTKFETKSA RVKGLSFHPK RPWILTSLHN GVIQLWDYRM CTLIDKFDEH DGPVRGIDFH KQQPLFVSGG DDYKIKVWNY KLRRCLFTL LGHLDYIRTT FFHHEYPWIL SASDDQTIRV WNWQSRTCVC VLTGHNHYVM CAQFHPSEDL VVSASLDQTV R VWDISGLR ...文字列:
MLTKFETKSA RVKGLSFHPK RPWILTSLHN GVIQLWDYRM CTLIDKFDEH DGPVRGIDFH KQQPLFVSGG DDYKIKVWNY KLRRCLFTL LGHLDYIRTT FFHHEYPWIL SASDDQTIRV WNWQSRTCVC VLTGHNHYVM CAQFHPSEDL VVSASLDQTV R VWDISGLR KKNLSPGAVE SDVRGITGVD LFGTTDAVVK HVLEGHDRGV NWAAFHPTMP LIVSGADDRQ VKIWRMNESK AW EVDTCRG HYNNVSCAVF HPRQELILSN SEDKSIRVWD MSKRTGVQTF RRDHDRFWVL AAHPNLNLFA AGHDGGMIVF KLE RERPAY AVHGNMLHYV KDRFLRQLDF NSSKDVAVMQ LRSGSKFPVF NMSYNPAENA VLLCTRASNL ENSTYDLYTI PKDA DSQNP DAPEGKRSSG LTAVWVARNR FAVLDRMHSL LIKNLKNEIT KKIQVPNCDE IFYAGTGNLL LRDADSITLF DVQQK RTLA SVKISKVKYV IWSADMSHVA LLAKHAIVIC NRKLDALCNI HENIRVKSGA WDESGVFIYT TSNHIKYAVT TGDHGI IRT LDLPIYVTRV KGNNVYCLDR ECRPRVLTID PTEFKFKLAL INRKYDEVLH MVRNAKLVGQ SIIAYLQKKG YPEVALH FV KDEKTRFSLA LECGNIEIAL EAAKALDDKN CWEKLGEVAL LQGNHQIVEM CYQRTKNFDK LSFLYLITGN LEKLRKMM K IAEIRKDMSG HYQNALYLGD VSERVRILKN CGQKSLAYLS AATHGLDEEA ESLKETFDPE KETIPDIDPN AKLLQPPAP IMPLDTNWPL LTVSKGFFEG SIASKGKGGA LAADIDIDTV GTEGWGEDAE LQLDEDGFVE APEGLGEDVL GKGQEEGGGW DVEEDLELP PELDVPSGVS GSAEDGFFVP PTKGTSPTQI WCNNSQLPVD HILAGSFETA MRLLHDQVGV IQFGPYKQLF L QTYARGRT TYQALPCLPS MYSYPNRNWK DAGLKNGVPA VGLKLNDLIQ RLQLCYQLTT VGKFEEAVEK FRSILLSVPL LV VDNKQEI AEAQQLITIC REYIVGLCME IERKKLPKET LDQQKRICEM AAYFTHSNLQ PVHMILVLRT ALNLFFKLKN FKT AATFAR RLLELGPKPE VAQQTRKILS ACEKNPTDAC QLNYDMHNPF DICAASYRPI YRGKPVEKCP LSGACYSPEF KGQI CRVTT VTEIGKDVIG LRISPLQFRL EVLFQGPSAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEK

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分子 #2: Coatomer subunit epsilon

分子名称: Coatomer subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 34.605055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAPPVPGAVS GGSGEVDELF DVKNAFYIGS YQQCINEAQR VKLSSPEREV ERDVFLYRAY LAQRKYGVVL DEIKPSSAPE LQAVRMFAE YLASENQRDS IVLELDREMS RSVDVTNTTF LLMAASIYFH DQNPDAALRT LHQGDGLECM AMTIQILLKL D RLDLARKE ...文字列:
MAPPVPGAVS GGSGEVDELF DVKNAFYIGS YQQCINEAQR VKLSSPEREV ERDVFLYRAY LAQRKYGVVL DEIKPSSAPE LQAVRMFAE YLASENQRDS IVLELDREMS RSVDVTNTTF LLMAASIYFH DQNPDAALRT LHQGDGLECM AMTIQILLKL D RLDLARKE LKKMQDQDED ATLTQLATAW VNLAVGGEKL QEAYYIFQEL ADKCSPTLLL LNGQAACHSA QGRWETAEGV LQ EALDKDS GHPETLINLI VLSQHLGKPP EVTNRYLSQL KDAHRAHPFI KEYQAKENDF DRLAMQYAPS A

+
分子 #3: Coatomer subunit beta

分子名称: Coatomer subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 109.148109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGHMTAAE NVCYTLINVP MDSEPPSEIS LKNDLEKGDV KSKTEALKKV IIMILNGEKL PGLLMTIIRF VLPLQDHTI KKLLLVFWEI VPKTTPDGRL LHEMILVCDA YRKDLQHPNE FIRGSTLRFL CKLKEAELLE PLMPAIRACL E HRHSYVRR ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGHMTAAE NVCYTLINVP MDSEPPSEIS LKNDLEKGDV KSKTEALKKV IIMILNGEKL PGLLMTIIRF VLPLQDHTI KKLLLVFWEI VPKTTPDGRL LHEMILVCDA YRKDLQHPNE FIRGSTLRFL CKLKEAELLE PLMPAIRACL E HRHSYVRR NAVLAIYTIY RNFEHLIPDA PELIHDFLVN EKDASCKRNA FMMLIHADQD RALDYLSTCI DQVQTFGDIL QL VIVELIY KVCHANPSER ARFIRCIYNL LQSSSPAVKY EAAGTLVTLS SAPTAIKAAA QCYIDLIIKE SDNNVKLIVL DRL VELKEH PAHERVLQDL VMDILRVLST PDLEVRKKTL QLALDLVSSR NVEELVIVLK KEVIKTNNVS EHEDTDKYRQ LLVR TLHSC SVRFPDMAAN VIPVLMEFLS DSNEAAAADV LEFVREAIQR FDNLRMLIVE KMLEVFHAIK SVKIYRGALW ILGEY CSTK EDIQSVMTEV RRSLGEIPIV ESEIKKEAGE LKPEEEITVG PVQKLVTEMG TYATQSALSS SRPTKKEEDR PPLRGF LLD GDFFVAASLA TTLTKIALRY VALVQEKKKQ NSFVAEAMLL MATILHLGKS SLPKKPITDD DVDRISLCLK VLSECSP LM NDIFNKECRQ SLSQMLSAKL EEEKLSQKKE SEKRNVTVQP DDPISFMQLT AKNEMNCKED QFQLSLLAAM GNTQRKEA A DPLASKLNKV TQLTGFSDPV YAEAYVHVNQ YDIVLDVLVV NQTSDTLQNC TLELATLGDL KLVEKPSPLT LAPHDFANI KANVKVASTE NGIIFGNIVY DVSGAASDRN CVVLSDIHID IMDYIQPATC TDAEFRQMWA EFEWENKVTV NTNMTDLNDY LQHILKSTN MKCLTPEKAL SGYCGFMAAN LYARSIFGED ALANVSIEKP VHQGPDAAVT GHIRIRAKSQ GMALSLGDKI N LSQKKTSL

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分子 #4: Coatomer subunit beta'

分子名称: Coatomer subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 102.566078 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPLRLDIKRK LTARSDRVKS VDLHPTEPWM LASLYNGSVC VWNHETQTLV KTFEVCDLPV RAAKFVARKN WVVTGADDMQ IRVFNYNTL ERVHMFEAHS DYIRCIAVHP TQPFILTSSD DMLIKLWDWD KKWSCSQVFE GHTHYVMQIV INPKDNNQFA S ASLDRTIK ...文字列:
MPLRLDIKRK LTARSDRVKS VDLHPTEPWM LASLYNGSVC VWNHETQTLV KTFEVCDLPV RAAKFVARKN WVVTGADDMQ IRVFNYNTL ERVHMFEAHS DYIRCIAVHP TQPFILTSSD DMLIKLWDWD KKWSCSQVFE GHTHYVMQIV INPKDNNQFA S ASLDRTIK VWQLGSSSPN FTLEGHEKGV NCIDYYSGGD KPYLISGADD RLVKIWDYQN KTCVQTLEGH AQNVSCASFH PE LPIIITG SEDGTVRIWH SSTYRLESTL NYGMERVWCV ASLRGSNNVA LGYDEGSIIV KLGREEPAMS MDANGKIIWA KHS EVQQAN LKAMGDTEIK DGERLPLAVK DMGSCEIYPQ TIQHNPNGRF VVVCGDGEYI IYTAMALRNK SFGSAQEFAW AHDS SEYAI RESNSIVKIF KNFKEKKSFK PDFGAESIYG GFLLGVRSVN GLAFYDWENT ELIRRIEIQP KHIFWSDSGE LVCIA TEES FFILKYLSEK VLAAQETHEG VTEDGIEDAF EVLGEIQEIV KTGLWVGDCF IYTSSVNRLN YYVGGEIVTI AHLDRT MYL LGYIPKDNRL YLGDKELNIV SYSLLVSVLE YQTAVMRRDF SMADKVLPTI PKEQRTRVAH FLEKQGFKQQ ALTVSTD PE HRFELALQLG ELKIAYQLAV EAESEQKWKQ LAELAISKCQ FSLAQECLHH AQDYGGLLLL ATASGNASMV NKLAEGAE R DGKNNVAFMS YFLQGKLDAC LELLIRTGRL PEAAFLARTY LPSQVSRVVK LWRENLSKVN QKAAESLADP TEYENLFPG LKEAFVVEEW VKETHADLWP AKQYPLVTPN EERNVMEEAK GFQPSRPTAQ QEPDGKPASS PVIMASQTTH KEEKSLLELE VDLDNLELE DIDTTDINLD EDILDD

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分子 #5: Coatomer subunit delta

分子名称: Coatomer subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 57.30425 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVLLAAAVCT KAGKAIVSRQ FVEMTRTRIE GLLAAFPKLM NTGKQHTFVE TESVRYVYQP MEKLYMVLIT TKNSNILEDL ETLRLFSRV IPEYCRALEE NEISEHCFDL IFAFDEIVAL GYRENVNLAQ IRTFTEMDSH EEKVFRAVRE TQEREAKAEM R RKAKELQQ ...文字列:
MVLLAAAVCT KAGKAIVSRQ FVEMTRTRIE GLLAAFPKLM NTGKQHTFVE TESVRYVYQP MEKLYMVLIT TKNSNILEDL ETLRLFSRV IPEYCRALEE NEISEHCFDL IFAFDEIVAL GYRENVNLAQ IRTFTEMDSH EEKVFRAVRE TQEREAKAEM R RKAKELQQ ARRDAERQGK KAPGFGGFGS SAVSGGSTAA MITETIIETD KPKVAPAPAR PSGPSKALKL GAKGKEVDNF VD KLKSEGE TIMSSNMGKR TSEATKVHAP PINMESVHMK IEEKITLTCG RDGGLQNMEL HGMIMLRISD DKFGRIRLHV ENE DKKGVQ LQTHPNVDKK LFTAESLIGL KNPEKSFPVN SDVGVLKWRL QTTEESFIPL TINCWPSESG NGCDVNIEYE LQED NLELN DVVITIPLPS GVGAPVIGEI DGEYRHDSRR NTLEWCLPVI DAKNKSGSLE FSIPGQPNDF FPVQVSFISK KNYCN IQVT KVTQVDGNSP VRFSTETTFL VDKYEIL

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分子 #6: ADP-ribosylation factor 1

分子名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.552438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGLFASKLFS NLFGNKEMRI LMVGLDGAGK TTVLYKLKLG EVITTIPTIG FNVETVQYKN ISFTVWDVGG QDRIRSLWRH YYRNTEGVI FVVDSNDRSR IGEAREVMQR MLNEDELRNA AWLVFANKQD LPEAMSAAEI TEKLGLHSIR NRPWFIQATC A TSGEGLYE GLEWLSNSLK NST

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分子 #7: Coatomer subunit gamma-1

分子名称: Coatomer subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 97.622703 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLKKFDKKDE ESGGGSNPLQ HLEKSAVLQE ARVFNETPIN PRKCAHILTK ILYLINQGEH LGTTEATEAF FAMTKLFQSN DPTLRRMCY LTIKEMSCIA EDVIIVTSSL TKDMTGKEDN YRGPAVRALC QITDSTMLQA VERYMKQAIV DKVPSVSSSA L VSSLHLLK ...文字列:
MLKKFDKKDE ESGGGSNPLQ HLEKSAVLQE ARVFNETPIN PRKCAHILTK ILYLINQGEH LGTTEATEAF FAMTKLFQSN DPTLRRMCY LTIKEMSCIA EDVIIVTSSL TKDMTGKEDN YRGPAVRALC QITDSTMLQA VERYMKQAIV DKVPSVSSSA L VSSLHLLK CSFDVVKRWV NEAQEAASSD NIMVQYHALG LLYHVRKNDR LAVSKMISKF TRHGLKSPFA YCMMIRVASK QL EEEDGSR DSPLFDFIES CLRNKHEMVV YEAASAIVNL PGCSAKELAP AVSVLQLFCS SPKAALRYAA VRTLNKVAMK HPS AVTACN LDLENLVTDS NRSIATLAIT TLLKTGSESS IDRLMKQISS FMSEISDEFK VVVVQAISAL CQKYPRKHAV LMNF LFTML REEGGFEYKR AIVDCIISII EENSESKETG LSHLCEFIED CEFTVLATRI LHLLGQEGPK TNNPSKYIRF IYNRV VLEH EEVRAGAVSA LAKFGAQNEE MLPSILVLLK RCVMDDDNEV RDRATFYLNV LEQKQKALNA GYILNGLTVS IPGLEK ALQ QYTLEPSEKP FDLKSVPLAT TPMAEQRPES TATAAVKQPE KVAATRQEIF QEQLAAVPEF QGLGPLFKSS PEPVALT ES ETEYVIRCTK HTFSDHLVFQ FDCTNTLNDQ TLENVTVQME PTEAYEVLSY VPARSLPYNQ PGTCYTLVAL PTEDPTAV A CTFSCVMKFT VKDCDPNTGE IDEEGYEDEY VLEDLEVTVA DHIQKVMKVN FEAAWDEVGD EFEKEETFTL STIKTLEEA VGNIVKFLGM HPCERSDKVP ENKNTHTLLL AGVFRGGHDI LVRSRLLLLD TVTMQVTARS SEELPVDIIL ASVG

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分子 #8: Coatomer subunit zeta-1

分子名称: Coatomer subunit zeta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.218168 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MEALILEPSL YTVKAILILD NDGDRLFAKY YDDTYPSVKE QKAFEKNIFN KTHRTDSEIA LLEGLTVVYK SSIDLYFYVI GSSYENELM LMAVLNCLFD SLSQMLRKNV EKRALLENME GLFLAVDEIV DGGVILESDP QQVVHRVALR GEDVPLTEQT V SQVLQSAK EQIKWSLLR

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
50.0 mMKOAc
1.0 mMMgCl2

詳細: Protein-A conjugated 10 nm gold was added to the reaction mix in 1:6 volume ratio before plunge-freezing
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Protochips C-flat MultiHole 20 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: The sample was applied onto glow-discharged (30 sec, 20 mA) C-flat (Protochips Inc.) multihole grids. The grids were blotted from the back side for 11 seconds at room temperature in a chamber ...詳細: The sample was applied onto glow-discharged (30 sec, 20 mA) C-flat (Protochips Inc.) multihole grids. The grids were blotted from the back side for 11 seconds at room temperature in a chamber at 85% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger..
詳細COPI-coated vesicles were produced in vitro by incubating coatomer, Arf1, GTPgS, ARNO and GUVs in a total volume of 40 ul for 30 minutes at 37C

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
詳細: Each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015).
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 54 / 使用した粒子像数: 1640 / ソフトウェア: (名称: Amira, TOM Toolbox)
詳細: 1733 vesicles and near-complete buds were picked from 61 tomograms. Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), IMOD)
詳細: CTF-determination for each individual tilt image was performed using CTFFIND4. Strip-based CTF-correction and tomogram reconstruction was performed in Imod.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: TOM Toolbox, AV3) / 使用したサブトモグラム数: 1640
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5nzv:
The structure of the COPI coat linkage IV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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