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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3712 | |||||||||
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タイトル | Human BBsome core complex with subunits BBS1, BBS4, BBS5, BBS8, BBS9, BBS18 | |||||||||
マップデータ | Negative Stain Reconstruction:BBsome Complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Klink BU / Zent E / Juneja P / Kuhlee A / Raunser S / Wittinghofer A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: A recombinant BBSome core complex and how it interacts with ciliary cargo. 著者: Björn Udo Klink / Eldar Zent / Puneet Juneja / Anne Kuhlee / Stefan Raunser / Alfred Wittinghofer / 要旨: Cilia are small, antenna-like structures on the surface of eukaryotic cells that harbor a unique set of sensory proteins, including GPCRs and other membrane proteins. The transport of these proteins ...Cilia are small, antenna-like structures on the surface of eukaryotic cells that harbor a unique set of sensory proteins, including GPCRs and other membrane proteins. The transport of these proteins involves the BBSome, an eight-membered protein complex that is recruited to ciliary membranes by the G-protein Arl6. BBSome malfunction leads to Bardet-Biedl syndrome, a ciliopathy with severe consequences. Short ciliary targeting sequences (CTS) have been identified that trigger the transport of ciliary proteins. However, mechanistic studies that relate ciliary targeting to BBSome binding are missing. Here we used heterologously expressed BBSome subcomplexes to analyze the complex architecture and to investigate the binding of GPCRs and other receptors to the BBSome. A stable heterohexameric complex was identified that binds to GPCRs with interactions that only partially overlap with previously described CTS, indicating a more complex recognition than anticipated. Arl6•GTP does not affect these interactions, suggesting no direct involvement in cargo loading/unloading. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3712.map.gz | 399.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3712-v30.xml emd-3712.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3712_1.png emd_3712_2.png | 29.4 KB 28.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3712 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3712 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3712_validation.pdf.gz | 179.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3712_full_validation.pdf.gz | 178.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3712_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3712 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3712 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative Stain Reconstruction:BBsome Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : A 6subunit, BBsome complex.
全体 | 名称: A 6subunit, BBsome complex. |
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要素 |
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-超分子 #1: A 6subunit, BBsome complex.
超分子 | 名称: A 6subunit, BBsome complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Subunits: BBsome subunit 1 BBsome subunit 4 BBsome subunit 5 BBsome subunit 8 BBsome subunit 9 BBsome subunit18 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five cells |
分子量 | 理論値: 330 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol and 1 mM TCEP |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate |
グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE 詳細: Glow discharged 400 mesh copper grids with thin carbon support. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1400 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 197 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.4 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 140 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / 使用した粒子像数: 8339 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |