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- EMDB-36125: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY-SugABC in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36125
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis LpqY-SugABC in complex with trehalose
マップデータ
試料
  • 複合体: LpqY-SugABC
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose transport system permease protein SugA
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose transport system permease protein SugB
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose import ATP-binding protein SugC
キーワードABC transporter / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / ABC-type carbohydrate transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, transmembrane substrate-binding subunit-containing / ABC-type carbohydrate transporter activity / トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / trehalose transmembrane transporter activity / trehalose transport / biological process involved in interaction with host / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ペリプラズム / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein ...MalK, OB fold domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose transport system permease protein SugB / Trehalose transport system permease protein SugA / Trehalose-binding lipoprotein LpqY / Trehalose import ATP-binding protein SugC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhang B / Liang J / Rao Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171217 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200983 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Molecular recognition of trehalose and trehalose analogues by LpqY-SugABC.
著者: Jingxi Liang / Fengjiang Liu / Peng Xu / Wei Shangguan / Tianyu Hu / Shule Wang / Xiaolin Yang / Zhiqi Xiong / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Biao Yu / Zihe Rao / Bing Zhang /
要旨: Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter ...Trehalose plays a crucial role in the survival and virulence of the deadly human pathogen (). The type I ATP-binding cassette (ABC) transporter LpqY-SugABC is the sole pathway for trehalose to enter . The substrate-binding protein, LpqY, which forms a stable complex with the translocator SugABC, recognizes and captures trehalose and its analogues in the periplasmic space, but the precise molecular mechanism for this process is still not well understood. This study reports a 3.02-Å cryoelectron microscopy structure of trehalose-bound LpqY-SugABC in the pretranslocation state, a crystal structure of LpqY in a closed form with trehalose bound and five crystal structures of LpqY in complex with different trehalose analogues. These structures, accompanied by substrate-stimulated ATPase activity data, reveal how LpqY recognizes and binds trehalose and its analogues, and highlight the flexibility in the substrate binding pocket of LpqY. These data provide critical insights into the design of trehalose analogues that could serve as potential molecular probe tools or as anti-TB drugs.
履歴
登録2023年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36125.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.151
最小 - 最大-0.50699776 - 1.1597403
平均 (標準偏差)-0.00035222954 (±0.032655872)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36125_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36125_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LpqY-SugABC

全体名称: LpqY-SugABC
要素
  • 複合体: LpqY-SugABC
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose transport system permease protein SugA
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose transport system permease protein SugB
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose-binding lipoprotein LpqY
    • タンパク質・ペプチド: Trehalose import ATP-binding protein SugC

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超分子 #1: LpqY-SugABC

超分子名称: LpqY-SugABC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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分子 #1: Trehalose transport system permease protein SugA

分子名称: Trehalose transport system permease protein SugA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 33.041809 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: VTSVEQRTAT AVFSRTGSRM AERRLAFMLV APAAMLMVAV TAYPIGYALW LSLQRNNLAT PNDTAFIGLG NYHTILIDRY WWTALAVTL AITAVSVTIE FVLGLALALV MHRTLIGKGL VRTAVLIPYG IVTVVASYSW YYAWTPGTGY LANLLPYDSA P LTQQIPSL ...文字列:
VTSVEQRTAT AVFSRTGSRM AERRLAFMLV APAAMLMVAV TAYPIGYALW LSLQRNNLAT PNDTAFIGLG NYHTILIDRY WWTALAVTL AITAVSVTIE FVLGLALALV MHRTLIGKGL VRTAVLIPYG IVTVVASYSW YYAWTPGTGY LANLLPYDSA P LTQQIPSL GIVVIAEVWK TTPFMSLLLL AGLALVPEDL LRAAQVDGAS AWRRLTKVIL PMIKPAIVVA LLFRTLDAFR IF DNIYVLT GGSNNTGSVS ILGYDNLFKG FNVGLGSAIS VLIFGCVAVI AFIFIKLFGA AAPGGEPSGR

UniProtKB: Trehalose transport system permease protein SugA

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分子 #2: Trehalose transport system permease protein SugB

分子名称: Trehalose transport system permease protein SugB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 29.145537 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: VGARRATYWA VLDTLVVGYA LLPVLWIFSL SLKPTSTVKD GKLIPSTVTF DNYRGIFRGD LFSSALINSI GIGLITTVIA VVLGAMAAY AVARLEFPGK RLLIGAALLI TMFPSISLVT PLFNIERAIG LFDTWPGLIL PYITFALPLA IYTLSAFFRE I PWDLEKAA ...文字列:
VGARRATYWA VLDTLVVGYA LLPVLWIFSL SLKPTSTVKD GKLIPSTVTF DNYRGIFRGD LFSSALINSI GIGLITTVIA VVLGAMAAY AVARLEFPGK RLLIGAALLI TMFPSISLVT PLFNIERAIG LFDTWPGLIL PYITFALPLA IYTLSAFFRE I PWDLEKAA KMDGATPGQA FRKVIVPLAA PGLVTAAILV FIFAWNDLLL ALSLTATKAA ITAPVAIANF TGSSQFEEPT GS IAAGAIV ITIPIIVFVL IFQRRIVAGL TSGAVKG

UniProtKB: Trehalose transport system permease protein SugB

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分子 #3: Trehalose-binding lipoprotein LpqY

分子名称: Trehalose-binding lipoprotein LpqY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 49.803074 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: VVMSRGRIPR LGAAVLVALT TAAAACGADS QGLVVSFYTP ATDGATFTAI AQRCNQQFGG RFTIAQVSLP RSPNEQRLQL ARRLTGNDR TLDVMALDVV WTAEFAEAGW ALPLSDDPAG LAENDAVADT LPGPLATAGW NHKLYAAPVT TNTQLLWYRP D LVNSPPTD ...文字列:
VVMSRGRIPR LGAAVLVALT TAAAACGADS QGLVVSFYTP ATDGATFTAI AQRCNQQFGG RFTIAQVSLP RSPNEQRLQL ARRLTGNDR TLDVMALDVV WTAEFAEAGW ALPLSDDPAG LAENDAVADT LPGPLATAGW NHKLYAAPVT TNTQLLWYRP D LVNSPPTD WNAMIAEAAR LHAAGEPSWI AVQANQGEGL VVWFNTLLVS AGGSVLSEDG RHVTLTDTPA HRAATVSALQ IL KSVATTP GADPSITRTE EGSARLAFEQ GKAALEVNWP FVFASMLENA VKGGVPFLPL NRIPQLAGSI NDIGTFTPSD EQF RIAYDA SQQVFGFAPY PAVAPGQPAK VTIGGLNLAV AKTTRHRAEA FEAVRCLRDQ HNQRYVSLEG GLPAVRASLY SDPQ FQAKY PMHAIIRQQL TDAAVRPATP VYQALSIRLA AVLSPITEID PESTADELAA QAQKAIDGMG LLP

UniProtKB: Trehalose-binding lipoprotein LpqY

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分子 #4: Trehalose import ATP-binding protein SugC

分子名称: Trehalose import ATP-binding protein SugC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 42.964078 KDa
組換発現生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
配列文字列: MAEIVLDHVN KSYPDGHTAV RDLNLTIADG EFLILVGPSG CGKTTTLNMI AGLEDISSGE LRIAGERVNE KAPKDRDIAM VFQSYALYP HMTVRQNIAF PLTLAKMRKA DIAQKVSETA KILDLTNLLD RKPSQLSGGQ RQRVAMGRAI VRHPKAFLMD E PLSNLDAK ...文字列:
MAEIVLDHVN KSYPDGHTAV RDLNLTIADG EFLILVGPSG CGKTTTLNMI AGLEDISSGE LRIAGERVNE KAPKDRDIAM VFQSYALYP HMTVRQNIAF PLTLAKMRKA DIAQKVSETA KILDLTNLLD RKPSQLSGGQ RQRVAMGRAI VRHPKAFLMD E PLSNLDAK LRVQMRGEIA QLQRRLGTTT VYVTHDQTEA MTLGDRVVVM YGGIAQQIGT PEELYERPAN LFVAGFIGSP AM NFFPARL TAIGLTLPFG EVTLAPEVQG VIAAHPKPEN VIVGVRPEHI QDAALIDAYQ RIRALTFQVK VNLVESLGAD KYL YFTTES PAVHSVQLDE LAEVEGESAL HENQFVARVP AESKVAIGQS VELAFDTARL AVFDADSGAN LTIPHRA

UniProtKB: Trehalose import ATP-binding protein SugC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7caf

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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