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- EMDB-36036: Coordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana PSI ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36036
タイトルCoordinates of Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana PSI in state 1 (PSI-ST1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-LHCII-ST2)光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 11種
キーワードphotosystem / PLANT PROTEIN (植物) / PHOTOSYNTHESIS (光合成)
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / 葉緑体 / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / chloroplast stromal thylakoid / response to low light intensity stimulus / 葉緑体 / chloroplast membrane / response to high light intensity / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / チラコイド / 光化学系I / 色素体 / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / response to cold / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / extracellular region / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic ...Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic / Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Chen SJB / Wu JH / Sui SF / Zhang LX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-LHCII-ST2)
著者: Chen SJB / Wu JH
履歴
登録2023年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.57
最小 - 最大-26.329159000000001 - 48.60736
平均 (標準偏差)0.0018023938 (±1.027699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-L...

全体名称: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-LHCII-ST2)光化学系I
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-LHCII-ST2)光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic光化学系I
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic光化学系I
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-L...

超分子名称: Cryo-EM structure of the Arabidopsis thaliana photosystem I(PSI-LHCII-ST2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 26.021895 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MASNSLMSCG IAAVYPSLLS SSKSKFVSAG VPLPNAGNVG RIRMAAHWMP GEPRPAYLDG SAPGDFGFDP LGLGEVPANL ERYKESELI HCRWAMLAVP GILVPEALGY GNWVKAQEWA ALPGGQATYL GNPVPWGTLP TILAIEFLAI AFVEHQRSME K DPEKKKYP ...文字列:
MASNSLMSCG IAAVYPSLLS SSKSKFVSAG VPLPNAGNVG RIRMAAHWMP GEPRPAYLDG SAPGDFGFDP LGLGEVPANL ERYKESELI HCRWAMLAVP GILVPEALGY GNWVKAQEWA ALPGGQATYL GNPVPWGTLP TILAIEFLAI AFVEHQRSME K DPEKKKYP GGAFDPLGYS KDPKKLEELK VKEIKNGRLA LLAFVGFCVQ QSAYPGTGPL ENLATHLADP WHNNIGDIVI PF N

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic

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分子 #2: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic

分子名称: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.782814 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MASSLCASSA IAAISSPSFL GGKKLRLKKK LTVPAVSRPD ASVRAVAADP DRPIWFPGST PPEWLDGSLP GDFGFDPLGL SSDPDSLKW NVQAEIVHCR WAMLGAAGIF IPEFLTKIGI LNTPSWYTAG EQEYFTDKTT LFVVELILIG WAEGRRWADI I KPGSVNTD ...文字列:
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UniProtKB: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic

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分子 #3: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic

分子名称: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 29.206311 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MAAQALVSSS LTSSVQTARQ IFGSKPVASA SQKKSSFVVK AAATPPVKQG ANRPLWFASS QSLSYLDGSL PGDYGFDPLG LSDPEGTGG FIEPRWLAYG EIINGRFAML GAAGAIAPEI LGKAGLIPAE TALPWFQTGV IPPAGTYTYW ADNYTLFVLE M ALMGFAEH ...文字列:
MAAQALVSSS LTSSVQTARQ IFGSKPVASA SQKKSSFVVK AAATPPVKQG ANRPLWFASS QSLSYLDGSL PGDYGFDPLG LSDPEGTGG FIEPRWLAYG EIINGRFAML GAAGAIAPEI LGKAGLIPAE TALPWFQTGV IPPAGTYTYW ADNYTLFVLE M ALMGFAEH RRLQDWYNPG SMGKQYFLGL EKGLAGSGNP AYPGGPFFNP LGFGKDEKSL KELKLKEVKN GRLAMLAILG YF IQGLVTG VGPYQNLLDH LADPVNNNVL TSLKFH

UniProtKB: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 27.760461 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MATVTTHASA SIFRPCTSKP RFLTGSSGRL NRDLSFTSIG SSAKTSSFKV EAKKGEWLPG LASPDYLTGS LAGDNGFDPL GLAEDPENL KWFVQAELVN GRWAMLGVAG MLLPEVFTKI GIINVPEWYD AGKEQYFASS STLFVIEFIL FHYVEIRRWQ D IKNPGSVN ...文字列:
MATVTTHASA SIFRPCTSKP RFLTGSSGRL NRDLSFTSIG SSAKTSSFKV EAKKGEWLPG LASPDYLTGS LAGDNGFDPL GLAEDPENL KWFVQAELVN GRWAMLGVAG MLLPEVFTKI GIINVPEWYD AGKEQYFASS STLFVIEFIL FHYVEIRRWQ D IKNPGSVN QDPIFKQYSL PKGEVGYPGG IFNPLNFAPT QEAKEKELAN GRLAMLAFLG FVVQHNVTGK GPFENLLQHL SD PWHNTIV QTFN

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic

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分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 83.315367 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MIIRSPEPEV KILVDRDPIK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGALVFAA ...文字列:
MIIRSPEPEV KILVDRDPIK TSFEEWAKPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT SDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGALVFAA LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL SWAGHQVHVS LPINQFLNAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYSEFLTFRG GLDPVTGGLW LTDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GIK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSLNLAM LGSLTIIVAH HMYSMPPYPY LATDYATQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTNRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDTAIQ LQPVF AQWI QNTHALAPGV TAPGETASTS LTWGGGELVA VGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNAISV VIFHFSWKMQ SDVWGSISDQ GVVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSII Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 82.555883 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFETWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSALS LIGGWLHLQP K WKPRVSWF ...文字列:
MALRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFETWVQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA LGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSALS LIGGWLHLQP K WKPRVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPASRGEYVR WNNFLNVLPH PQGLGPLFTG QWNLYAQNPD SS SHLFGTS QGSGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAILFLIA GHMYRTNFGI GHSIKDLLEA HIPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSIHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP AYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTSYGFD VLLSS TSGP AFNAGRSIWL PGWLNAINEN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.049509 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLW HETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.336598 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MATQAAGIFS PAITTTTSAV KKLHLFSSSH RPKSLSFTKT AIRAEKTESS SAAPAVKEAP VGFTPPQLDP NTPSPIFAGS TGGLLRKAQ VEEFYVITWN SPKEQIFEMP TGGAAIMREG PNLLKLARKE QCLALGTRLR SKYKITYQFY RVFPNGEVQY L HPKDGVYP ...文字列:
MATQAAGIFS PAITTTTSAV KKLHLFSSSH RPKSLSFTKT AIRAEKTESS SAAPAVKEAP VGFTPPQLDP NTPSPIFAGS TGGLLRKAQ VEEFYVITWN SPKEQIFEMP TGGAAIMREG PNLLKLARKE QCLALGTRLR SKYKITYQFY RVFPNGEVQY L HPKDGVYP EKANPGREGV GLNMRSIGKN VSPIEVKFTG KQSYDL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 14.984955 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MAMTTASTVF VLPANVTSVA GASSSRSSVS FLPMRNAGSR LVVRAAEDPA PASSSSKDSP AAAAAPDGAT ATKPKPPPIG PKRGSKVKI LRRESYWFKN VGSVVAVDQD PKTRYPVVVR FAKVNYANIS TNNYALDEVE EVAA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.203125 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MSLTIPANLV LNPRSNKSLT QSVPKSSARF VCSDDKSSSS TPQSMKAFSA AVALSSILLS APMPAVADIS GLTPCKDSKQ FAKREKQQI KKLESSLKLY APESAPALAL NAQIEKTKRR FDNYGKYGLL CGSDGLPHLI VNGDQRHWGE FITPGILFLY I AGWIGWVG ...文字列:
MSLTIPANLV LNPRSNKSLT QSVPKSSARF VCSDDKSSSS TPQSMKAFSA AVALSSILLS APMPAVADIS GLTPCKDSKQ FAKREKQQI KKLESSLKLY APESAPALAL NAQIEKTKRR FDNYGKYGLL CGSDGLPHLI VNGDQRHWGE FITPGILFLY I AGWIGWVG RSYLIAISGE KKPAMKEIII DVPLASRIIF RGFIWPVAAY REFLNGDLIA KDV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.103271 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MATSASALLS PTTFSTAISH KNPNSISFHG LRPLRLGGSS SALPKLSTTG RKSSSAVVRA ELSPSIVISL STGLSLFLGR FVFFNFQRE NVAKQGLPEQ NGKTHFEAGD DRAKEYVSLL KSNDPIGFNI VDVLAWGSIG HIVAYYILAT SSNGYDPSFF G

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.291522 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MASFATIAAV QPSAAVKGLG GSSLAGAKLF IKPSRQSFKT KSTRAGAVVA KYGDKSVYFD LEDLGNTTGQ WDVYGSDAPS PYNPLQSKF FETFAAPFTK RGLLLKFLIL GGGSLLTYVS ANSTGDVLPI KRGPQEPPKL GPRGKL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.137024 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MTTFNNLPSI FVPLVGLVFP AIAMASLFLH IQKNKIF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.011897 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVLSTLWFG SLAGLLIEIN RLFPDALTFP FFSF

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.219431 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列:
MASTMMTTLP QFNGLRATKI SAAPVQGLAS VQPMRRKGNG ALGAKCDFIG SSTNLIMVTS TTLMLFAGRF GLAPSANRKA TAGLRLEAR DSGLQTGDPA GFTLADTLAC GTVGHIIGVG VVLGLKNIGA I

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.070557 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MAASASPMAS QLRSSFSSAS LSQRLAVPKG ISGAPFGVSP TKRVSSFTVR AVKSDKTTFQ VVQPINGDPF IGSLETPVTS SPLIAWYLS NLPGYRTAVN PLLRGVEVGL AHGFFLVGPF VKAGPLRNTA YAGSAGSLAA AGLVVILSMC LTIYGISSFK E GEPSIAPS ...文字列:
MAASASPMAS QLRSSFSSAS LSQRLAVPKG ISGAPFGVSP TKRVSSFTVR AVKSDKTTFQ VVQPINGDPF IGSLETPVTS SPLIAWYLS NLPGYRTAVN PLLRGVEVGL AHGFFLVGPF VKAGPLRNTA YAGSAGSLAA AGLVVILSMC LTIYGISSFK E GEPSIAPS LTLTGRKKQP DQLQTADGWA KFTGGFFFGG ISGVTWAYFL LYVLDLPYFV K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

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分子 #17: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 12 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

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分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 138 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

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分子 #19: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 3 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

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分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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分子 #21: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 5 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

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分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 25 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

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分子 #23: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #24: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

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分子 #25: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #26: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

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分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95588

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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