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万見
- EMDB-35975: Structure of human Nav1.7 in complex with Hardwickii acid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35975
タイトルStructure of human Nav1.7 in complex with Hardwickii acid
マップデータ
試料
  • 複合体: human Nav1.7 in complex with hardwickii acid
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
  • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードInhibitor complex. (酵素阻害剤) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / voltage-gated sodium channel complex ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / ランヴィエの絞輪 / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / locomotion / voltage-gated sodium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / voltage-gated calcium channel complex / behavioral response to pain / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / 脱分極 / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / calcium ion import across plasma membrane / sodium channel regulator activity / sodium ion transmembrane transport / 介在板 / cardiac muscle contraction / sensory perception of pain / 横行小管 / post-embryonic development / 軸索誘導 / response to toxic substance / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / positive regulation of neuron projection development / 概日リズム / perikaryon / transmembrane transporter binding / 細胞接着 / 炎症 / 神経繊維 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel subunit beta-1 / Sodium channel protein type 9 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wu QR / Yan N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271252 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural mapping of Na1.7 antagonists.
著者: Qiurong Wu / Jian Huang / Xiao Fan / Kan Wang / Xueqin Jin / Gaoxingyu Huang / Jiaao Li / Xiaojing Pan / Nieng Yan /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels are targeted by a number of widely used and investigational drugs for the treatment of epilepsy, arrhythmia, pain, and other disorders. Despite recent advances in ...Voltage-gated sodium (Na) channels are targeted by a number of widely used and investigational drugs for the treatment of epilepsy, arrhythmia, pain, and other disorders. Despite recent advances in structural elucidation of Na channels, the binding mode of most Na-targeting drugs remains unknown. Here we report high-resolution cryo-EM structures of human Na1.7 treated with drugs and lead compounds with representative chemical backbones at resolutions of 2.6-3.2 Å. A binding site beneath the intracellular gate (site BIG) accommodates carbamazepine, bupivacaine, and lacosamide. Unexpectedly, a second molecule of lacosamide plugs into the selectivity filter from the central cavity. Fenestrations are popular sites for various state-dependent drugs. We show that vinpocetine, a synthetic derivative of a vinca alkaloid, and hardwickiic acid, a natural product with antinociceptive effect, bind to the III-IV fenestration, while vixotrigine, an analgesic candidate, penetrates the IV-I fenestration of the pore domain. Our results permit building a 3D structural map for known drug-binding sites on Na channels summarized from the present and previous structures.
履歴
登録2023年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-2.1853251 - 3.6765664
平均 (標準偏差)0.008615271 (±0.09392819)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35975_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35975_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human Nav1.7 in complex with hardwickii acid

全体名称: human Nav1.7 in complex with hardwickii acid
要素
  • 複合体: human Nav1.7 in complex with hardwickii acid
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel subunit beta-1ナトリウムチャネル
  • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 9 subunit alphaナトリウムチャネル
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: human Nav1.7 in complex with hardwickii acid

超分子名称: human Nav1.7 in complex with hardwickii acid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Sodium channel protein type 9 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 9 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 230.9225 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: WSHPQFEKGG GARGGSGGGS WSHPQFEKGF DYKDDDDKGT MAMLPPPGPQ SFVHFTKQSL ALIEQRIAER KSKEPKEEKK DDDEEAPKP SSDLEAGKQL PFIYGDIPPG MVSEPLEDLD PYYADKKTFI VLNKGKTIFR FNATPALYML SPFSPLRRIS I KILVHSLF ...文字列:
WSHPQFEKGG GARGGSGGGS WSHPQFEKGF DYKDDDDKGT MAMLPPPGPQ SFVHFTKQSL ALIEQRIAER KSKEPKEEKK DDDEEAPKP SSDLEAGKQL PFIYGDIPPG MVSEPLEDLD PYYADKKTFI VLNKGKTIFR FNATPALYML SPFSPLRRIS I KILVHSLF SMLIMCTILT NCIFMTMNNP PDWTKNVEYT FTGIYTFESL VKILARGFCV GEFTFLRDPW NWLDFVVIVF AY LTEFVNL GNVSALRTFR VLRALKTISV IPGLKTIVGA LIQSVKKLSD VMILTVFCLS VFALIGLQLF MGNLKHKCFR NSL ENNETL ESIMNTLESE EDFRKYFYYL EGSKDALLCG FSTDSGQCPE GYTCVKIGRN PDYGYTSFDT FSWAFLALFR LMTQ DYWEN LYQQTLRAAG KTYMIFFVVV IFLGSFYLIN LILAVVAMAY EEQNQANIEE AKQKELEFQQ MLDRLKKEQE EAEAI AAAA AEYTSIRRSR IMGLSESSSE TSKLSSKSAK ERRNRRKKKN QKKLSSGEEK GDAEKLSKSE SEDSIRRKSF HLGVEG HRR AHEKRLSTPN QSPLSIRGSL FSARRSSRTS LFSFKGRGRD IGSETEFADD EHSIFGDNES RRGSLFVPHR PQERRSS NI SQASRSPPML PVNGKMHSAV DCNGVVSLVD GRSALMLPNG QLLPEVIIDK ATSDDSGTTN QIHKKRRCSS YLLSEDML N DPNLRQRAMS RASILTNTVE ELEESRQKCP PWWYRFAHKF LIWNCSPYWI KFKKCIYFIV MDPFVDLAIT ICIVLNTLF MAMEHHPMTE EFKNVLAIGN LVFTGIFAAE MVLKLIAMDP YEYFQVGWNI FDSLIVTLSL VELFLADVEG LSVLRSFRLL RVFKLAKSW PTLNMLIKII GNSVGALGNL TLVLAIIVFI FAVVGMQLFG KSYKECVCKI NDDCTLPRWH MNDFFHSFLI V FRVLCGEW IETMWDCMEV AGQAMCLIVY MMVMVIGNLV VLNLFLALLL SSFSSDNLTA IEEDPDANNL QIAVTRIKKG IN YVKQTLR EFILKAFSKK PKISREIRQA EDLNTKKENY ISNHTLAEMS KGHNFLKEKD KISGFGSSVD KHLMEDSDGQ SFI HNPSLT VTVPIAPGES DLENMNAEEL SSDSDSEYSK VRLNRSSSSE CSTVDNPLPG EGEEAEAEPM NSDEPEACFT DGCV WRFSC CQVNIESGKG KIWWNIRKTC YKIVEHSWFE SFIVLMILLS SGALAFEDIY IERKKTIKII LEYADKIFTY IFILE MLLK WIAYGYKTYF TNAWCWLDFL IVDVSLVTLV ANTLGYSDLG PIKSLRTLRA LRPLRALSRF EGMRVVVNAL IGAIPS IMN VLLVCLIFWL IFSIMGVNLF AGKFYECINT TDGSRFPASQ VPNRSECFAL MNVSQNVRWK NLKVNFDNVG LGYLSLL QV ATFKGWTIIM YAAVDSVNVD KQPKYEYSLY MYIYFVVFII FGSFFTLNLF IGVIIDNFNQ QKKKLGGQDI FMTEEQKK Y YNAMKKLGSK KPQKPIPRPG NKIQGCIFDL VTNQAFDISI MVLICLNMVT MMVEKEGQSQ HMTEVLYWIN VVFIILFTG ECVLKLISLR HYYFTVGWNI FDFVVVIISI VGMFLADLIE TYFVSPTLFR VIRLARIGRI LRLVKGAKGI RTLLFALMMS LPALFNIGL LLFLVMFIYA IFGMSNFAYV KKEDGINDMF NFETFGNSMI CLFQITTSAG WDGLLAPILN SKPPDCDPKK V HPGSSVEG DCGNPSVGIF YFVSYIIISF LVVVNMYIAV ILENFSVATE ESTEPLSEDD FEMFYEVWEK FDPDATQFIE FS KLSDFAA ALDPPLLIAK PNKVQLIAMD LPMVSGDRIH CLDILFAFTK RVLGESGEMD SLRSQMEERF MSANPSKVSY EPI TTTLKR KQEDVSATVI QRAYRRYRLR QNVKNISSIY IKDGDRDDDL LNKKDMAFDN VNENSSPEKT DATSSTTSPP SYDS VTKPD KEKYEQDRTE KEDKGKDSKE SKK

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分子 #2: Sodium channel subunit beta-1

分子名称: Sodium channel subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.732115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV ...文字列:
MGRLLALVVG AALVSSACGG CVEVDSETEA VYGMTFKILC ISCKRRSETN AETFTEWTFR QKGTEEFVKI LRYENEVLQL EEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFIT NVTYNHSGDY ECHVYRLLFF ENYEHNTSVV KKIHIEVVDK ANRDMASIVS E IMMYVLIV VLTIWLVAEM IYCYKKIAAA TETAAQENAS EYLAITSESK ENCTGVQVAE

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #5: (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{...

分子名称: (4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: UK0
分子量理論値: 316.435 Da
Chemical component information

ChemComp-UK0:
(4~{a}~{R},5~{S},6~{R},8~{a}~{R})-5-[2-(furan-3-yl)ethyl]-5,6,8~{a}-trimethyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydronaphthalene-1-carboxylic acid / (-)-ハ-ドウィッキ酸

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #7: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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分子 #8: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 10 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

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分子 #9: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

33184

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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