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万見- EMDB-35439: Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35439 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RNAP-promoter open complex at lambda promoter PRE | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / transcription (転写 (生物学)) / transcription activation / bacteriophage (ファージ) / CII | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao M / Gao B / Wen A / Feng Y / Lu Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural basis of λCII-dependent transcription activation. 著者: Minxing Zhao / Bo Gao / Aijia Wen / Yu Feng / Yuan-Qiang Lu / 要旨: The CII protein of bacteriophage λ activates transcription from the phage promoters P, P, and P by binding to two direct repeats that straddle the promoter -35 element. Although genetic, ...The CII protein of bacteriophage λ activates transcription from the phage promoters P, P, and P by binding to two direct repeats that straddle the promoter -35 element. Although genetic, biochemical, and structural studies have elucidated many aspects of λCII-mediated transcription activation, no precise structure of the transcription machinery in the process is available. Here, we report a 3.1-Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an intact λCII-dependent transcription activation complex (TAC-λCII), which comprises λCII, E. coli RNAP-σ holoenzyme, and the phage promoter P. The structure reveals the interactions between λCII and the direct repeats responsible for promoter specificity and the interactions between λCII and RNAP α subunit C-terminal domain responsible for transcription activation. We also determined a 3.4-Å cryo-EM structure of an RNAP-promoter open complex (RPo-P) from the same dataset. Structural comparison between TAC-λCII and RPo-P provides new insights into λCII-dependent transcription activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35439.map.gz | 31.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35439-v30.xml emd-35439.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35439_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35439.png | 152.8 KB | ||
その他 | emd_35439_half_map_1.map.gz emd_35439_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35439 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35439 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8igsMC 8igrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35439.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35439_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35439_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNAP-promoter open complex
+超分子 #1: RNAP-promoter open complex
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: non-template strand DNA
+分子 #7: template strand DNA
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 51.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |