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万見- EMDB-35389: Cryo-EM structure of GPR156C/D of G-protein free GPR156 (local refine) -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35389 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GPR156C/D of G-protein free GPR156 (local refine) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Membrane protein (膜タンパク質) / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Signal transduction (シグナル伝達) / Phospholipid (リン脂質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Shin J / Park J / Cho Y | |||||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Constitutive activation mechanism of a class C GPCR. 著者: Jinwoo Shin / Junhyeon Park / Jieun Jeong / Jordy Homing Lam / Xingyu Qiu / Di Wu / Kuglae Kim / Joo-Youn Lee / Carol V Robinson / Jaekyung Hyun / Vsevolod Katritch / Kwang Pyo Kim / Yunje Cho / 要旨: Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a ...Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a class C orphan GPCR, is unique because it lacks an ECD and exhibits constitutive activity. Impaired GPR156-G signaling contributes to loss of hearing. Here we present the cryo-electron microscopy structures of human GPR156 in the G-free and G-coupled states. We found that an endogenous phospholipid molecule is located within each TMD of the GPR156 dimer. Asymmetric binding of Gα to the phospholipid-bound GPR156 dimer restructures the first and second intracellular loops and the carboxy-terminal part of the elongated transmembrane 7 (TM7) without altering dimer conformation. Our findings reveal that GPR156 is a transducer for phospholipid signaling. Constant binding of abundant phospholipid molecules and the G-protein-induced reshaping of the cytoplasmic face provide a basis for the constitutive activation of GPR156. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35389.map.gz | 232.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35389-v30.xml emd-35389.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35389.png | 107.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35389.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_35389_half_map_1.map.gz emd_35389_half_map_2.map.gz | 243.6 MB 243.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35389 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35389_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35389_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GPR156C/D
全体 | 名称: GPR156C/D |
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要素 |
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-超分子 #1: GPR156C/D
超分子 | 名称: GPR156C/D / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 131.2 kDa/nm |
-分子 #1: Probable G-protein coupled receptor 156
分子 | 名称: Probable G-protein coupled receptor 156 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 65.628484 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEPEINCSEL CDSFPGQELD RRPLHDLCKT TITSSHHSSK TISSLSPVLL GIVWTFLSCG LLLILFFLAF TIHCRKNRIV KMSSPNLNI VTLLGSCLTY SSAYLFGIQD VLVGSSMETL IQTRLSMLCI GTSLVFGPIL GKSWRLYKVF TQRVPDKRVI I KDLQLLGL ...文字列: MEPEINCSEL CDSFPGQELD RRPLHDLCKT TITSSHHSSK TISSLSPVLL GIVWTFLSCG LLLILFFLAF TIHCRKNRIV KMSSPNLNI VTLLGSCLTY SSAYLFGIQD VLVGSSMETL IQTRLSMLCI GTSLVFGPIL GKSWRLYKVF TQRVPDKRVI I KDLQLLGL VAALLMADVI LLMTWVLTDP IQCLQILSVS MTVTGKDVSC TSTSTHFCAS RYSDVWIALI WGCKGLLLLY GA YLAGLTG HVSSPPVNQS LTIMVGVNLL VLAAGLLFVV TRYLHSWPNL VFGLTSGGIF VCTTTINCFI FIPQLKQWKA FEE ENQTIR RMAKYFSTPN KSFHTQYGEE ENCHPRGEKS SMERLLTEKN AVIESLQEQV NNAKEKIVRL MSAECTYDLP EGAA PPASS PNKDVQAVAS VHTLAAAQGP SGHLSDFQND PGMAARDSQC TSGPSSYAQS LEGPGKDSSF SPGKEEKISD SKDFS DHLD SGCSQKPWTE QSLGPERGDQ VPMNPSQSLL PERGGSDPQR QRHLENSEEP PERRSRVSSV IREKLQEVLQ DLGSGS GSG RGRGGSENLY FQGGSGSGGD YKDDDDKDYK DDDDK UniProtKB: Probable G-protein coupled receptor 156 |
-分子 #2: [(2R)-3-[(E)-hexadec-9-enoyl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] 2-(tri...
分子 | 名称: [(2R)-3-[(E)-hexadec-9-enoyl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1LYA |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 493410 |