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- EMDB-34303: AtSLAC1 6D mutant in closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34303
タイトルAtSLAC1 6D mutant in closed state
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
    • タンパク質・ペプチド: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードStomatal closure / anion channel (イオンチャネル) / phosphorylation-dependent activation / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / monoatomic anion transmembrane transporter activity / response to carbon dioxide / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / monoatomic anion transport / abscisic acid-activated signaling pathway / response to light stimulus / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / protein phosphatase binding / protein kinase binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / 電位依存性陰イオンチャネル / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
緑色蛍光タンパク質 / Guard cell S-type anion channel SLAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lee Y / Lee S
資金援助 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C100988211 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4022936 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020M3A9E4039217 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A5A1014560 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of the plant anion channel SLAC1 from Arabidopsis thaliana suggest a combined activation model.
著者: Yeongmok Lee / Hyeon Seong Jeong / Seoyeon Jung / Junmo Hwang / Chi Truc Han Le / Sung-Hoon Jun / Eun Jo Du / KyeongJin Kang / Beom-Gi Kim / Hyun-Ho Lim / Sangho Lee /
要旨: The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation ...The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation model and an inhibition-release model for activation have been proposed based on only the closed structures of SLAC1, rendering the structure-based activation mechanism controversial. Here we report cryo-EM structures of Arabidopsis SLAC1 WT and its phosphomimetic mutants in open and closed states. Comparison of the open structure with the closed ones reveals the structural basis for opening of the conductance pore. Multiple phosphorylation of an intracellular domain (ICD) causes dissociation of ICD from the transmembrane domain. A conserved, positively-charged sequence motif in the intracellular loop 2 (ICL2) seems to be capable of sensing of the negatively charged phosphorylated ICD. Interactions between ICL2 and ICD drive drastic conformational changes, thereby widening the pore. From our results we propose that SLAC1 operates by a mechanism combining the binding-activation and inhibition-release models.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.176
最小 - 最大-1.1032944 - 1.5595008
平均 (標準偏差)0.0016192333 (±0.048875894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34303_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34303_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34303_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN an...

全体名称: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
要素
  • 複合体: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
    • タンパク質・ペプチド: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN an...

超分子名称: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 280 KDa

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分子 #1: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (...

分子名称: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 94.016984 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERKQSNAHS TFADINEVED EAEQELQQQE NNNNKRFSGN RGPNRGKQRP FRGFSRQVSL EDGFDVLNRE SRERDDKKSL PRSGRSFGG FESGGIINGG DGRKTDFDMF RTKSTLSKQK SLLPDIIRER DIENSLRTED GETKDDDINE NVDAGRYFAA L RGPELDEV ...文字列:
MERKQSNAHS TFADINEVED EAEQELQQQE NNNNKRFSGN RGPNRGKQRP FRGFSRQVSL EDGFDVLNRE SRERDDKKSL PRSGRSFGG FESGGIINGG DGRKTDFDMF RTKSTLSKQK SLLPDIIRER DIENSLRTED GETKDDDINE NVDAGRYFAA L RGPELDEV KDNEDILLPK EEQWPFLLRF PIGCFGICLG LSSQAVLWLA LAKSPATNFL HITPLINLVV WLFSLVVLVS VS FTYILKC IFYFEAVKRE YFHPVRVNFF FAPWVVCMFL AISVPPMFSP NRKYLHPAIW CVFMGPYFFL ELKIYGQWLS GGK RRLCKV ANPSSHLSVV GNFVGAILAS KVGWDEVAKF LWAVGFAHYL VVFVTLYQRL PTSEALPKEL HPVYSMFIAA PSAA SIAWN TIYGQFDGCS RTCFFIALFL YISLVARINF FTGFKFSVAW WSYTFPMTTA SVATIKYAEA VPGYPSRALA LTLSF ISTA MVCVLFVSTL LHAFVWQTLF PNDLAIAITK RKLTREKKPF KRAYDLKRWT KQALAKKISA EKDFEAEEES HHGSEN LYF QSMSKGEELF TGVVPILVEL DGDVNGHKFS VRGEGEGDAT NGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYP DH MKRHDFFKSA MPEGYVQERT ISFKDDGTYK TRAEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNFNS HNVYITAD K QKNGIKANFK IRHNVEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSV LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITHGMDE LYKYPYDVPD YAGGGSHHHH HHHHHH

UniProtKB: Guard cell S-type anion channel SLAC1, 緑色蛍光タンパク質

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分子 #2: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.3 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMTCEPTCEP
0.01 % (w/v)GDNGDN
0.002 % (w/v)CHSCHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 14 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 詳細: NU-refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 詳細: Local-refinement
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69390
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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