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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33741 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of INTAC-PEC complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | the overall map of INATC-PEC | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | INTAC-PEC / Transcription termination / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / Phosphatase (ホスファターゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / positive regulation of protein modification process / snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / microfibril binding / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors ...U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / positive regulation of protein modification process / snRNA processing / integrator complex / snRNA 3'-end processing / microfibril binding / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / peptidyl-threonine dephosphorylation / : / positive regulation of microtubule binding / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / protein phosphatase regulator activity / ceramide metabolic process / GABA receptor binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / ERKs are inactivated / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of stem cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / regulation of growth / MicroRNA (miRNA) biogenesis / FGFR2 alternative splicing / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / inner cell mass cell proliferation / Viral Messenger RNA Synthesis / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / Signaling by FGFR2 IIIa TM / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Platelet sensitization by LDL / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / negative regulation of MAPK cascade / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zheng H / Jin Q / Wang X / Qi Y / Liu W / Ren Y / Zhao D / Chen FX / Cheng J / Chen X / Xu Y | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Structural basis of INTAC-regulated transcription. 著者: Hai Zheng / Qianwei Jin / Xinxin Wang / Yilun Qi / Weida Liu / Yulei Ren / Dan Zhao / Fei Xavier Chen / Jingdong Cheng / Xizi Chen / Yanhui Xu / | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33741.map.gz | 159.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33741-v30.xml emd-33741.xml | 82.7 KB 82.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33741.png | 229.1 KB | ||
その他 | emd_33741_additional_1.map.gz emd_33741_additional_2.map.gz emd_33741_additional_3.map.gz emd_33741_additional_4.map.gz emd_33741_additional_5.map.gz emd_33741_additional_6.map.gz emd_33741_half_map_1.map.gz emd_33741_half_map_2.map.gz | 159.2 MB 159.2 MB 159.1 MB 158.7 MB 158.7 MB 158.7 MB 225.5 MB 225.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33741 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ycxMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | the overall map of INATC-PEC | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #6
ファイル | emd_33741_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #5
ファイル | emd_33741_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #4
ファイル | emd_33741_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_33741_additional_4.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_33741_additional_5.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33741_additional_6.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33741_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33741_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : INTAC-PEC
+超分子 #1: INTAC-PEC
+超分子 #2: INTAC
+超分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit
+超分子 #4: DNA/RNA
+分子 #1: Integrator complex subunit 1
+分子 #2: Integrator complex subunit 2
+分子 #3: Integrator complex subunit 4
+分子 #4: Integrator complex subunit 5
+分子 #5: Integrator complex subunit 6
+分子 #6: Integrator complex subunit 7
+分子 #7: Integrator complex subunit 8
+分子 #8: Integrator complex subunit 9
+分子 #9: Integrator complex subunit 11
+分子 #10: Unknown2
+分子 #11: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...
+分子 #12: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...
+分子 #13: Unknown
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1,DNA-directed RNA poly...
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #16: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #17: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
+分子 #18: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
+分子 #19: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #20: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #21: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #22: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
+分子 #23: RPB12
+分子 #27: Negative elongation factor A
+分子 #28: Negative elongation factor B
+分子 #29: Negative elongation factor C/D
+分子 #30: Negative elongation factor E
+分子 #31: Transcription elongation factor SPT4
+分子 #32: Transcription elongation factor SPT5
+分子 #33: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #34: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
+分子 #24: non-template DNA
+分子 #26: template DNA
+分子 #25: RNA
+分子 #35: ZINC ION
+分子 #36: MANGANESE (II) ION
+分子 #37: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41201 |