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万見
- EMDB-3303: Cryo-EM reconstruction of Seneca VAlley Virus - receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3303
タイトルCryo-EM reconstruction of Seneca VAlley Virus - receptor complex
マップデータCryo-EM reconstruction of SVV-receptor complex
試料
  • 試料: Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex
  • ウイルス: Seneca valley virus (ウイルス)
生物種Seneca valley virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Miles LA / Burga L / Bostina M / Poirier JT / Rudin CM
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2017
タイトル: Anthrax toxin receptor 1 is the cellular receptor for Seneca Valley virus.
著者: Linde A Miles / Laura N Burga / Eric E Gardner / Mihnea Bostina / John T Poirier / Charles M Rudin /
要旨: Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. It has shown promise as a cancer therapeutic in preclinical studies and early-phase clinical ...Seneca Valley virus (SVV) is an oncolytic picornavirus with selective tropism for neuroendocrine cancers. It has shown promise as a cancer therapeutic in preclinical studies and early-phase clinical trials. Here, we have identified anthrax toxin receptor 1 (ANTXR1) as the receptor for SVV using genome-wide loss-of-function screens. ANTXR1 is necessary for permissivity in vitro and in vivo. However, robust SVV replication requires an additional innate immune defect. We found that SVV interacts directly and specifically with ANTXR1, that this interaction is required for SVV binding to permissive cells, and that ANTXR1 expression is necessary and sufficient for infection in cell lines with decreased expression of antiviral IFN genes at baseline. Finally, we identified the region of the SVV capsid that is responsible for receptor recognition using cryoelectron microscopy of the SVV-ANTXR1-Fc complex. These studies identify ANTXR1, a class of receptor that is shared by a mammalian virus and a bacterial toxin, as the cellular receptor for SVV.
履歴
登録2016年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月3日-
マップ公開2017年10月11日-
更新2017年10月11日-
現状2017年10月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of SVV-receptor complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.00622528 - 0.13083661
平均 (標準偏差)0.00792713 (±0.02601571)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin383838
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 561.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.123.123.12
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z561.600561.600561.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS383838
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0060.1310.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex

全体名称: Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex
要素
  • 試料: Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex
  • ウイルス: Seneca valley virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex

超分子名称: Cryo-EM reconstruction of Seneca Valley Virus - receptor complex
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Seneca valley virus

超分子名称: Seneca valley virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 390157 / 生物種: Seneca valley virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA KF80

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
日付2015年10月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 400 / 平均電子線量: 30 e/Å2

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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