+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32125 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | L7-TIR nucleic acids complex intermediate complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 induction of programmed cell death / NADP catabolic process / cGMP biosynthetic process / NAD catabolic process / cAMP biosynthetic process / DNA catabolic process / RNA catabolic process / cAMP binding / ADP binding / defense response ...induction of programmed cell death / NADP catabolic process / cGMP biosynthetic process / NAD catabolic process / cAMP biosynthetic process / DNA catabolic process / RNA catabolic process / cAMP binding / ADP binding / defense response / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / hydrolase activity / シグナル伝達 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Linum usitatissimum (アマ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu D / Song W / Tan EYJ / Xu C / Wu B / Schulze-Lefert P / Chai J | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: TIR domains of plant immune receptors are 2',3'-cAMP/cGMP synthetases mediating cell death. 著者: Dongli Yu / Wen Song / Eddie Yong Jun Tan / Li Liu / Yu Cao / Jan Jirschitzka / Ertong Li / Elke Logemann / Chenrui Xu / Shijia Huang / Aolin Jia / Xiaoyu Chang / Zhifu Han / Bin Wu / Paul ...著者: Dongli Yu / Wen Song / Eddie Yong Jun Tan / Li Liu / Yu Cao / Jan Jirschitzka / Ertong Li / Elke Logemann / Chenrui Xu / Shijia Huang / Aolin Jia / Xiaoyu Chang / Zhifu Han / Bin Wu / Paul Schulze-Lefert / Jijie Chai / 要旨: 2',3'-cAMP is a positional isomer of the well-established second messenger 3',5'-cAMP, but little is known about the biology of this noncanonical cyclic nucleotide monophosphate (cNMP). ...2',3'-cAMP is a positional isomer of the well-established second messenger 3',5'-cAMP, but little is known about the biology of this noncanonical cyclic nucleotide monophosphate (cNMP). Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains of nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) immune receptors have the NADase function necessary but insufficient to activate plant immune responses. Here, we show that plant TIR proteins, besides being NADases, act as 2',3'-cAMP/cGMP synthetases by hydrolyzing RNA/DNA. Structural data show that a TIR domain adopts distinct oligomers with mutually exclusive NADase and synthetase activity. Mutations specifically disrupting the synthetase activity abrogate TIR-mediated cell death in Nicotiana benthamiana (Nb), supporting an important role for these cNMPs in TIR signaling. Furthermore, the Arabidopsis negative regulator of TIR-NLR signaling, NUDT7, displays 2',3'-cAMP/cGMP but not 3',5'-cAMP/cGMP phosphodiesterase activity and suppresses cell death activity of TIRs in Nb. Our study identifies a family of 2',3'-cAMP/cGMP synthetases and establishes a critical role for them in plant immune responses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32125.map.gz | 9.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32125-v30.xml emd-32125.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32125_fsc.xml | 5.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32125.png | 62.7 KB | ||
その他 | emd_32125_half_map_1.map.gz emd_32125_half_map_2.map.gz | 2.3 MB 2.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32125 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.858 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Central segment of helical reconstructed map, FSC plot...
ファイル | emd_32125_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Central segment of helical reconstructed map, FSC plot is a bit curvy, since the current algorithm does not factor in the helical repeat. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Central segment of helical reconstructed map, FSC plot...
ファイル | emd_32125_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Central segment of helical reconstructed map, FSC plot is a bit curvy, since the current algorithm does not factor in the helical repeat. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : L7 Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain
全体 | 名称: L7 Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: L7 Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain
超分子 | 名称: L7 Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Linum usitatissimum (アマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 Rosseta strain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素 - 名称: PBS |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 10.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 5-35 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 10637 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |