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- EMDB-30925: State transition supercomplex PSI-LHCI-LHCII from double phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30925
タイトルState transition supercomplex PSI-LHCI-LHCII from double phosphatase mutant pph1;pbcp of green alga Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic ...Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Pan XW / Li AJ / Liu ZF / Li M
資金援助 中国, 日本, 8件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
Chinese Academy of SciencesZDBS-LY-SM003 中国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06553 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15H05599 日本
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green algae.
著者: Xiaowei Pan / Ryutaro Tokutsu / Anjie Li / Kenji Takizawa / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Tomohito Yamasaki / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa / Mei Li /
要旨: In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). ...In green algae and plants, state transitions serve as a short-term light-acclimation process in the regulation of the light-harvesting capacity of photosystems I and II (PSI and PSII, respectively). During the process, a portion of light-harvesting complex II (LHCII) is phosphorylated, dissociated from PSII and binds with PSI to form the supercomplex PSI-LHCI-LHCII. Here, we report high-resolution structures of PSI-LHCI-LHCII from Chlamydomonas reinhardtii, revealing the mechanism of assembly between the PSI-LHCI complex and two phosphorylated LHCII trimers containing all four types of LhcbM protein. Two specific LhcbM isoforms, namely LhcbM1 and LhcbM5, directly interact with the PSI core through their phosphorylated amino terminal regions. Furthermore, biochemical and functional studies on mutant strains lacking either LhcbM1 or LhcbM5 indicate that only LhcbM5 is indispensable in supercomplex formation. The results unravel the specific interactions and potential excitation energy transfer routes between green algal PSI and two phosphorylated LHCIIs.
履歴
登録2021年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7dz7
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30925.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30925.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.116101176 - 0.21638869
平均 (標準偏差)9.604174e-05 (±0.0037522467)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 480.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z480.000480.000480.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1160.2160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae

全体名称: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
要素
  • 複合体: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I subunit O光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B

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超分子 #1: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae

超分子名称: State transition complex PSI-LHCI-LHCII from green algae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.239203 KDa
配列文字列: MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV ...文字列:
MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV MAAAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LP HDLLLNR AIMADLYPSF AKGIAPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HVAIAVLFLV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHRGPFTGE GHVGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHFLA PQLTAPNALA ATSLTWGGDL VAVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT ASGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIISVG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.184266 KDa
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MATKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG SVFLALVSAI FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW FKDAESRLNH HLSGLFGVSS LAWTGHLVHV AIPESRGQHV GWDNFLSVLP HPQGLTPFFT GNWAAYAQSP DT ASHVFGT AQGSGQAILT FLGGFHPQTQ SLWLTDMAHH HLAIAVIFIV AGHMYRTNFG IGHRMQAILE AHTPPSGSLG AGH KGLFDT VNNSLHFQLG LALASVGTIT SLVAQHMYSL PPYAFQAIDF TTQAALYTHH QYIAGFIMCG AFAHGAIFFI RDYD PEQNK GNVLARMLDH KEALISHLSW VSLFLGFHTL GLYVHNDVMQ AFGTPEKQIL IEPVFAQWIQ AAHGKALYGF DFLLS SKTS AAFANGQSLW LPGWLDAINN NQNSLFLTIG PGDFLVHHAI ALGLHTTTLI LVKGALDARG SKLMPDKKDF GYSFPC DGP GRGGTCDISA YDAFYLAVFW MLNTIGWVTF YWHWKHLTLW QGNVAQFDES STYLMGWLRD YLWLNSSQLI NGYNPFG MN SLSVWAWTFL FGHLIYATGF MFLISWRGYW QELIETLVWA HEKTPLANLV YWKDKPVALS IVQARLVGLA HFSVGYIF T YAAFLIASTS GRFG

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分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.869325 KDa
配列文字列:
MAHIVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKASQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SESTRSMGLS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.372887 KDa
配列文字列: MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA ...文字列:
MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA NQNMRRIGQN VNPIKVKFSG RMMSPAEI

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.786395 KDa
配列文字列:
MQALSSRVNI AAKPQRAQRL VVRAEEVKAA PKKEVGPKRG SLVKILRPES YWFNQVGKVV SVDQSGVRYP VVVRFENQNY AGVTTNNYA LDEVVAAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 24.088936 KDa
配列文字列: MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR ...文字列:
MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR QYLIAVKGEA KPTDKEIIID VPLATKLAWQ GAGWPLAAVQ ELQRGTLLEK EENITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.236007 KDa
配列文字列:
MQTLASRPSL RASARVAPRR APRVAVVTKA ALDPQIVISG STAAFLAIGR FVFLGYQRRE ANFDSTVGPK TTGATYFDDL QKNSTIFAT NDPAGFNIID VAGWGALGHA VGFAVLAINS LQGANLS

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.173131 KDa
配列文字列:
MALVARPVLS ARVAASRPRV AARKAVRVSA KYGENSRYFD LQDMENTTGS WDMYGVDEKK RYPDNQAKFF TQATDIISRR ESLRALVAL SGIAAIVTYG LKGAKDADLP ITKGPQTTGE NGKGGSVRSR L

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.586388 KDa
配列文字列:
MALRAVSAKS AVRPTVARAS VKPVAALKPA QKMALAGAAS VALLAASSSS AEASQVIATV ASAAQGYPFV PPSWAPSVFV PLTGLVLPA IAMATLFVYI EKEAPSS

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.750509 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVFS F

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 11.214084 KDa
配列文字列:
MQALATRPSA IRPTKAARRS SVVVRADGFI GSSTNLIMVA STTATLAAAR FGLAPTVKKN TTAGLKLVDS KNSAGVISND PAGFTIVDV LAMGAAGHGL GVGIVLGLKG IGAL

+
分子 #12: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.300539 KDa
配列文字列: MAVAMRSSTG LRATAARRQM PLGLGRVSTV RVCAADTKKA QVISPVNGDP FVGMLETPVT SAPIVATYLS NLPAYRTGVA PVLRGVEIG LAHGFLLAGP FIKLGPLRNV PETAEIAGSL SAAGLVLILA LCLSIYGSAQ FQSTPSIGVK TLSGRSVARD P LFSADGWS ...文字列:
MAVAMRSSTG LRATAARRQM PLGLGRVSTV RVCAADTKKA QVISPVNGDP FVGMLETPVT SAPIVATYLS NLPAYRTGVA PVLRGVEIG LAHGFLLAGP FIKLGPLRNV PETAEIAGSL SAAGLVLILA LCLSIYGSAQ FQSTPSIGVK TLSGRSVARD P LFSADGWS EFAAGFLVGG EAGVAWAYVC TQILPYYS

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分子 #13: Photosystem I subunit O

分子名称: Photosystem I subunit O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.753862 KDa
配列文字列:
MAVAMRSAAM PSLASRPRVS SRRSVVVRAE ASNKSFPRDW VKTDPLVPVL GFAGWTIPAN IGVSAFGGQS LFGLFTQSIG ENLAHFPTG PALDDKFWLY LITYHLGLFL TITLGQIGVQ GRKQGYW

+
分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.923205 KDa
配列文字列: MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPAS LKRFTESEVI HGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA AAEGQRGDAG GVVYPGGAFD P LGFAKDSS ...文字列:
MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPAS LKRFTESEVI HGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA AAEGQRGDAG GVVYPGGAFD P LGFAKDSS KSGELKLKEI KNGRLAMVAF LGFVAQHAAT GKGPIAALGE HLANPWGANF ATNGISVPFF

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.951219 KDa
配列文字列: MAMLLKSRVS AGVSRPSRAT VRVSASTRPM WYPGATAPAH LDGSMLGDYG FDPLRLGVNK DNLKWFREAE LTNGRWAMAA VVGILFTDA VGLPKFWTAG AEKYALDNQT LALIEVAVFA VLEGKRYEIY KKTGETGFLS FAPFDPMGMK SEEMKLKELK N GRLAMLAF ...文字列:
MAMLLKSRVS AGVSRPSRAT VRVSASTRPM WYPGATAPAH LDGSMLGDYG FDPLRLGVNK DNLKWFREAE LTNGRWAMAA VVGILFTDA VGLPKFWTAG AEKYALDNQT LALIEVAVFA VLEGKRYEIY KKTGETGFLS FAPFDPMGMK SEEMKLKELK N GRLAMLAF LGFCSQAAVY GKGPIETLQL HLADPGHNNI YTSSVGPETA VTVAVLCVLP MIIEATKTLN PGKESVPYFP WN EPWNKV

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 32.629486 KDa
配列文字列: MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY ...文字列:
MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY PGSMGQQYFL GLEAIFKGSG DAAYPGGPFF NLFNLGKTEA AMKELKLKEI KNGRLAMLAM LGYGAQAVMT GK GPFQNLV EHLADPVNNN ILTNFAGRVS GSSQPWRPHG WWRRRYRSVA ALALIRNRSV C

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.729822 KDa
配列文字列: MAFVLAKSSA FGVAAKPVSR RSSVAVKASA VPENVKEARE WIDAWKSKSG GAKRDAALPS WMPGADLPGY LNGTLPGDFG FDPLYLGQD PVKLKWYAQA ELMNARFAML AVAGILVPEL LSNIGFSWPG AGVAWYDAGK FEYFAPASSL FGVQMLLFAW V EIRRYQDF ...文字列:
MAFVLAKSSA FGVAAKPVSR RSSVAVKASA VPENVKEARE WIDAWKSKSG GAKRDAALPS WMPGADLPGY LNGTLPGDFG FDPLYLGQD PVKLKWYAQA ELMNARFAML AVAGILVPEL LSNIGFSWPG AGVAWYDAGK FEYFAPASSL FGVQMLLFAW V EIRRYQDF VKPGSANQDP IFTNNKLPDG NEPGYPGGIF DPFGWSKGDI KSLKLKEIKN GRLAMLAFAG FIGQAYTTGT TP LKNLSTH LADPWSTTVW QNDLARL

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.257555 KDa
配列文字列: MAALMQKSAL SRPACSTRSS RRAVVVRAAA DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVL VQEIVKPDVY FYEAGLPQNL PEPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN P EMGYPGGI ...文字列:
MAALMQKSAL SRPACSTRSS RRAVVVRAAA DRKLWAPGVV APEYLKGDLA GDYGWDPLGL GADPTALKWY RQSELQHARW AMLGVAGVL VQEIVKPDVY FYEAGLPQNL PEPFTNINMG GLLAWEFILM HWVEVRRWQD YKNFGSVNED PIFKGNKVPN P EMGYPGGI FDPFGFSKGN LKELQTKEIK NGRLAMIAYM AFILQAQATG KGPLAALSAH LSNPFGNNIL KNIGTCTVPH SV DVQGLTI PLTCLWPGSQ

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.812373 KDa
配列文字列: MMLVAKNAVA ARPSARSARR SVVAKASSRP LWLPGSTPPA HLKGDLPGDF GFDPLGLGAN AESLKWFKES ELVHSRWAMA AVAGILVQE IVRPDVFWYN AGKEVESPLG PLGLLAVEFF LMHWVEVRRW QDLRKPGSVD QDPIFSQYKL PPHEVGYPGG V FAPFIPGD ...文字列:
MMLVAKNAVA ARPSARSARR SVVAKASSRP LWLPGSTPPA HLKGDLPGDF GFDPLGLGAN AESLKWFKES ELVHSRWAMA AVAGILVQE IVRPDVFWYN AGKEVESPLG PLGLLAVEFF LMHWVEVRRW QDLRKPGSVD QDPIFSQYKL PPHEVGYPGG V FAPFIPGD LAELKVKEIK NGRLAMLAFV GFVMAAQVTG KGPIAALQEH LADPWGTTIF SKAAVVPGQA VAPPCKIPAS VS YKGIEIP TPCFLQGLWP

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.248869 KDa
配列文字列: MALSMIAQRR AGAFSARQAP RAVRAQAAVR PVWFPGNPPP AHLDGSLAGD YGFDPLFLGQ EPQTLKWYVQ AELVHGRFAM LGAAGIILT SIGAKVGLGF PEWYDAGKVV VEKNNIDFPT LMVIQFYLMG WAETKRWYDF KNPGSQADGS FLGFTEEFKG L ENGYPGGR ...文字列:
MALSMIAQRR AGAFSARQAP RAVRAQAAVR PVWFPGNPPP AHLDGSLAGD YGFDPLFLGQ EPQTLKWYVQ AELVHGRFAM LGAAGIILT SIGAKVGLGF PEWYDAGKVV VEKNNIDFPT LMVIQFYLMG WAETKRWYDF KNPGSQADGS FLGFTEEFKG L ENGYPGGR FFDPMGLSRG DAAKYQEYKQ KEVKNGRLAM IACLGFAAQY AATGKGPLDN LADHLADPNH VNFATNGVSI PI A

+
分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.948812 KDa
配列文字列: MALTMKRSGV AARSASSRKS VVTCVARQSW LPGSQIPAHL DTPAAQALAG NFGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILI PGLLTKAGAL NVPEWYDAGK VAIENSFAPW GSLLAVQLFL CGFVEAKRWQ DIRKPGSQGE PGSFLGFEAS L KGTSELGY ...文字列:
MALTMKRSGV AARSASSRKS VVTCVARQSW LPGSQIPAHL DTPAAQALAG NFGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILI PGLLTKAGAL NVPEWYDAGK VAIENSFAPW GSLLAVQLFL CGFVEAKRWQ DIRKPGSQGE PGSFLGFEAS L KGTSELGY PGGPFDPLGL SKEADKWADW KLKEVKNGRL AMLAFLGFVA QKYATGAGPV DNLAAHLKDP WHVNYATNGV SL PFL

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 22.867277 KDa
配列文字列: MIAAKSQVAL GRRAPVRGQR VVAAASARPT WLPGLNPPAH LKGALAGDNG FDPLGLGQDE GRLKWYAEAE KTNGRWAMMA VAGILGQEL LGVTPAWWEA GAKEYDIPAQ ALTPIEFIVM GFLEIKRYQG FKQTGTSGFI NSFPFDPAGM NSPSMATKEV K NGRLAMVA ...文字列:
MIAAKSQVAL GRRAPVRGQR VVAAASARPT WLPGLNPPAH LKGALAGDNG FDPLGLGQDE GRLKWYAEAE KTNGRWAMMA VAGILGQEL LGVTPAWWEA GAKEYDIPAQ ALTPIEFIVM GFLEIKRYQG FKQTGTSGFI NSFPFDPAGM NSPSMATKEV K NGRLAMVA FIGFCVQALA TRTQPIEGLT AHLADPFGKN ITYYLTHLPE TLGSA

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.67535 KDa
配列文字列: MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG ...文字列:
MAAIMKSAVR SSVRPTVSGR SARVVPRAAI EWYGPDRPKF LGPFSEGDTP AYLTGEFPGD YGWDTAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWA MLGALGCITP ELLAKNGIPF GEAVWFKAGA QIFAEGGLNY LGNENLIHAQ SIIATLAFQV VVMGLAEAYR A NGGPLGEG LDPLHPGGAF DPLGLADDPD TFAELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAIVT GKGPIQNLDD HLANPTAVNA FA YATKFTP SA

+
分子 #24: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.405008 KDa
配列文字列: MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV ...文字列:
MAFALSFSRK ALQVSAKATG KKGTGKTAAK QAPASSGIEF YGPNRAKWLG PYSENATPAY LTGEFPGDYG WDTAGLSADP ETFKRYREL ELIHARWAML GALGCITPEL LAKSGTQFGE AVWFKAGAQI FSEGGLDYLG NPSLVHAQNI VATLAVQVIL M GLVEGYRV NGGPAGEGLD PLYPGESFDP LGLADDPDTF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GPIQNLDDHL SN PTVNNAF AFATKFTPSA

+
分子 #25: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.671316 KDa
配列文字列: MAFALAKSSA RAAVSRRSTV KVEARR(TPO)VKP ASKASTPDSF WYGPERPLFL GAFTGEPPSY LTGEFPGDYG WDTAGL SAD PETFKRYREL ELIHARWAML GALGCIFPEL LGSYGVPFGE AVWFKAGAQI FQEGGLDYLG NPNLVHAQSI LAILGTQ VL ...文字列:
MAFALAKSSA RAAVSRRSTV KVEARR(TPO)VKP ASKASTPDSF WYGPERPLFL GAFTGEPPSY LTGEFPGDYG WDTAGL SAD PETFKRYREL ELIHARWAML GALGCIFPEL LGSYGVPFGE AVWFKAGAQI FQEGGLDYLG NPNLVHAQSI LAILGTQ VL LMGAIEGYRV NGGPLGEGLD KLYPGGSFDP LGLADDPDTF AELKVKEIKN GRLAMFSMFG FFVQAIVTGK GPLQNLSD H LANPGTNNAF AYATKFTPQ

+
分子 #26: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.796824 KDa
配列文字列: MMLSRTVVNV QAKLTKKGGA PKKAAPASAQ KK(TPO)IREKAGW WSNGGNEKLS AFYGPDRGLW LGPLSGTTPA YLTGEF PGD YGWDSAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKNGTPIV EPVWFKAGAQ IFAEGGLDYL GNPGLVH AQ ...文字列:
MMLSRTVVNV QAKLTKKGGA PKKAAPASAQ KK(TPO)IREKAGW WSNGGNEKLS AFYGPDRGLW LGPLSGTTPA YLTGEF PGD YGWDSAGLSA DPETFKRYRE LELIHARWAM LGALGCITPE LLAKNGTPIV EPVWFKAGAQ IFAEGGLDYL GNPGLVH AQ SILATLAVQV ILMGAIEGYR VNGGPAGEGL DKLHPGGQFF DPLGLAEDPD AFAELKVKEI KNGRLAMFSM FGFFVQAI V TGKGPLANLD EHLASPFTSN AFTYAQKFTP Q

+
分子 #27: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 298 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #28: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #29: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 27 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 40 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #31: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #32: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 7 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #33: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 11 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #34: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #35: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 22 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #36: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 16 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #37: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 8 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #38: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 36 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5625 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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