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万見
- EMDB-30571: eIF2B apo -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30571
タイトルeIF2B apo
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of eIF2B with eIF2(aP)
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
キーワードComplex / Translational control / TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / translation initiation factor binding / ovarian follicle development / translational initiation / 髄鞘 / translation initiation factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / response to peptide hormone / regulation of translation / response to heat / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Kashiwagi K / Ito T
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: ISRIB Blunts the Integrated Stress Response by Allosterically Antagonising the Inhibitory Effect of Phosphorylated eIF2 on eIF2B.
著者: Alisa F Zyryanova / Kazuhiro Kashiwagi / Claudia Rato / Heather P Harding / Ana Crespillo-Casado / Luke A Perera / Ayako Sakamoto / Madoka Nishimoto / Mayumi Yonemochi / Mikako Shirouzu / ...著者: Alisa F Zyryanova / Kazuhiro Kashiwagi / Claudia Rato / Heather P Harding / Ana Crespillo-Casado / Luke A Perera / Ayako Sakamoto / Madoka Nishimoto / Mayumi Yonemochi / Mikako Shirouzu / Takuhiro Ito / David Ron /
要旨: The small molecule ISRIB antagonizes the activation of the integrated stress response (ISR) by phosphorylated translation initiation factor 2, eIF2(αP). ISRIB and eIF2(αP) bind distinct sites in ...The small molecule ISRIB antagonizes the activation of the integrated stress response (ISR) by phosphorylated translation initiation factor 2, eIF2(αP). ISRIB and eIF2(αP) bind distinct sites in their common target, eIF2B, a guanine nucleotide exchange factor for eIF2. We have found that ISRIB-mediated acceleration of eIF2B's nucleotide exchange activity in vitro is observed preferentially in the presence of eIF2(αP) and is attenuated by mutations that desensitize eIF2B to the inhibitory effect of eIF2(αP). ISRIB's efficacy as an ISR inhibitor in cells also depends on presence of eIF2(αP). Cryoelectron microscopy (cryo-EM) showed that engagement of both eIF2B regulatory sites by two eIF2(αP) molecules remodels both the ISRIB-binding pocket and the pockets that would engage eIF2α during active nucleotide exchange, thereby discouraging both binding events. In vitro, eIF2(αP) and ISRIB reciprocally opposed each other's binding to eIF2B. These findings point to antagonistic allostery in ISRIB action on eIF2B, culminating in inhibition of the ISR.
履歴
登録2020年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d46
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30571.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30571.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.16930683 - 0.25711262
平均 (標準偏差)0.00012527418 (±0.0036034212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 441.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.471.471.47
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.000441.000441.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1690.2570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of eIF2B with eIF2(aP)

全体名称: Complex of eIF2B with eIF2(aP)
要素
  • 複合体: Complex of eIF2B with eIF2(aP)
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

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超分子 #1: Complex of eIF2B with eIF2(aP)

超分子名称: Complex of eIF2B with eIF2(aP) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.754148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL ...文字列:
MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGGE LFLRFISLAS LEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI KDGATILTHA YSRVVLRVLE AAVAAKKRFS VYVTESQPDL S GKKMAKAL CHLNVPVTVV LDAAVGYIME KADLVIVGAE GVVENGGIIN KIGTNQMAVC AKAQNKPFYV VAESFKFVRL FP LNQQDVP DKFKYKADTL KVAQTGQDLK EEHPWVDYTA PSLITLLFTD LGVLTPSAVS DELIKLYL

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit alpha

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分子 #2: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.039547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI ...文字列:
MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMTA AQPSETTVGN MVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN EDFSFHYAQL QSNIIEAINE LLVELEGTME NIAAQALEHI H SNEVIMTI GFSRTVEAFL KEAARKRKFH VIVAECAPFC QGHEMAVNLS KAGIETTVMT DAAIFAVMSR VNKVIIGTKT IL ANGALRA VTGTHTLALA AKHHSTPLIV CAPMFKLSPQ FPNEEDSFHK FVAPEEVLPF TEGDILEKVS VHCPVFDYVP PEL ITLFIS NIGGNAPSYI YRLMSELYHP DDHVL

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit beta

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分子 #3: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.30423 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKMK MKPDIVCIPD DADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD LFRAYDASLA MLMRKGQDSI EPVPGQKGKK KAVEQRDFIG V DSTGKRLL ...文字列:
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UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit gamma

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分子 #4: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.640168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQCQ VGPTRELPES GIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK GEQGGPPPKA SPSTAGETPS GVKRLPEYPQ VDDLLLRRLV K KPERQQVP ...文字列:
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UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit delta

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分子 #5: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon

分子名称: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.466609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH ...文字列:
MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLPL ANVALIDYTL EFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV VRIITSELYR SLGDVLRDVD AKALVRSDFL LVYGDVISNI N ITRALEEH RLRRKLEKNV SVMTMIFKES SPSHPTRCHE DNVVVAVDST TNRVLHFQKT QGLRRFAFPL SLFQGSSDGV EV RYDLLDC HISICSPQVA QLFTDNFDYQ TRDDFVRGLL VNEEILGNQI HMHVTAKEYG ARVSNLHMYS AVCADVIRRW VYP LTPEAN FTDSTTQSCT HSRHNIYRGP EVSLGHGSIL EENVLLGSGT VIGSNCFITN SVIGPGCHIG DNVVLDQTYL WQGV RVAAG AQIHQSLLCD NAEVKERVTL KPRSVLTSQV VVGPNITLPE GSVISLHPPD AEEDEDDGEF SDDSGADQEK DKVKM KGYN PAEVGAAGKG YLWKAAGMNM EEEEELQQNL WGLKINMEEE SESESEQSMD SEEPDSRGGS PQMDDIKVFQ NEVLGT LQR GKEENISCDN LVLEINSLKY AYNISLKEVM QVLSHVVLEF PLQQMDSPLD SSRYCALLLP LLKAWSPVFR NYIKRAA DH LEALAAIEDF FLEHEALGIS MAKVLMAFYQ LEILAEETIL SWFSQRDTTD KGQQLRKNQQ LQRFIQWLKE AEEESSED D

UniProtKB: Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 330601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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