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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30536 | ||||||||||||
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タイトル | Photosystem I-LHCI-LHCII of Chlamydomonas reinhardtii | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II ...photosynthesis, light harvesting / plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / : / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / Chlamydomonas smithii (クラミドモナス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang WD / Shen LL / Huang ZH / Han GY / Zhang X / Shen JR | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II. 著者: Xiaowei Pan / Jun Ma / Xiaodong Su / Peng Cao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light- ...Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light-harvesting complex II (LHCII), is phosphorylated and forms a supercomplex with PSI core and the PSI antenna, light-harvesting complex I (LHCI). Both LHCI and LHCII then transfer excitation energy to the PSI core. We report the structure of maize PSI-LHCI-LHCII solved by cryo-electron microscopy, revealing the recognition site between LHCII and PSI. The PSI subunits PsaN and PsaO are observed at the PSI-LHCI interface and the PSI-LHCII interface, respectively. Each subunit relays excitation to PSI core through a pair of chlorophyll molecules, thus revealing previously unseen paths for energy transfer between the antennas and the PSI core. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30536.map.gz | 168.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30536-v30.xml emd-30536.xml | 42.2 KB 42.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30536.png | 75.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30536 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30536_validation.pdf.gz | 467.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30536_full_validation.pdf.gz | 466.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30536_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30536_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30536 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30536 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.307 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
+超分子 #1: Photosystem I-LHCI-LHCII supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii
+超分子 #2: Photosystem I
+超分子 #3: LHCI
+超分子 #4: LHCII
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction c...
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
+分子 #12: PSI subunit V
+分子 #13: Photosystem I subunit O
+分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #24: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #25: CHLOROPHYLL A
+分子 #26: PHYLLOQUINONE
+分子 #27: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #28: BETA-CAROTENE
+分子 #29: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #30: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #31: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #32: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #33: CHLOROPHYLL B
+分子 #34: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #35: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #36: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 283763 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |