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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29975 | |||||||||
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タイトル | Overall map of SARS-Cov2 S protein structure in complex with neutralizing monoclonal antibody 002-S21B10 | |||||||||
マップデータ | Full, overall map of Antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Trimer. | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibody (抗体) / spike / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / viral protein-immune system complex (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Patel A / Ortlund EA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Elucidating the mechanism of SARS-CoV-2 Omicron variant escape from a RBD class-3 human antibody 著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS ...著者: Patel A / Kumar S / Lai L / Chakravarthy C / Valanparambil R / Keen M / Laughlin ZT / Frank F / Cheedarla N / Verkerke HP / Neish AS / Roback JD / Davis CW / Wrammert J / Ahmed R / Suthar MS / Murali-Krishna K / Chandele A / Ortlund EA | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29975.map.gz | 259.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29975-v30.xml emd-29975.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29975_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29975.png | 107.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29975.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_29975_half_map_1.map.gz emd_29975_half_map_2.map.gz | 255 MB 255 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29975 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29975 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full, overall map of Antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Trimer. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0582 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map of overall map of Antibody 002-S21B10...
ファイル | emd_29975_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of overall map of Antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Trimer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of overall map of Antibody 002-S21B10...
ファイル | emd_29975_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map of overall map of Antibody 002-S21B10 bound to SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Trimer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
全体 | 名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer
超分子 | 名称: Antibody 002-S21B10 bound to spike glycoprotein trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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-超分子 #2: Antibody 002-S21B10
超分子 | 名称: Antibody 002-S21B10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Spike glycoprotein trimer
超分子 | 名称: Spike glycoprotein trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9054 / 平均電子線量: 54.37 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 100.25 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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