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- EMDB-29291: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29291
タイトルNodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement
マップデータNodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement.
試料
  • 複合体: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
機能・相同性Nodavirus methyltransferase domain / Nodavirus Vmethyltransferase / host cell mitochondrial outer membrane / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / 生体膜 / RNA依存性RNAポリメラーゼ
機能・相同性情報
生物種Flock House virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å
データ登録者Zhan H / Unchwaniwala N / Rebolledo Viveros A / Pennington J / Horswill M / Broadberry R / Myers J / den Boon J / Grant T / Ahlquist P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Nodavirus RNA replication crown architecture reveals proto-crown precursor and viral protein A conformational switching.
著者: Hong Zhan / Nuruddin Unchwaniwala / Andrea Rebolledo-Viveros / Janice Pennington / Mark Horswill / Roma Broadberry / Jonathan Myers / Johan A den Boon / Timothy Grant / Paul Ahlquist /
要旨: Positive-strand RNA viruses replicate their genomes in virus-induced membrane vesicles, and the resulting RNA replication complexes are a major target for virus control. Nodavirus studies first ...Positive-strand RNA viruses replicate their genomes in virus-induced membrane vesicles, and the resulting RNA replication complexes are a major target for virus control. Nodavirus studies first revealed viral RNA replication proteins forming a 12-fold symmetric "crown" at the vesicle opening to the cytosol, an arrangement recently confirmed to extend to distantly related alphaviruses. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we show that mature nodavirus crowns comprise two stacked 12-mer rings of multidomain viral RNA replication protein A. Each ring contains an ~19 nm circle of C-proximal polymerase domains, differentiated by strikingly diverged positions of N-proximal RNA capping/membrane binding domains. The lower ring is a "proto-crown" precursor that assembles prior to RNA template recruitment, RNA synthesis, and replication vesicle formation. In this proto-crown, the N-proximal segments interact to form a toroidal central floor, whose 3.1 Å resolution structure reveals many mechanistic details of the RNA capping/membrane binding domains. In the upper ring, cryo-EM fitting indicates that the N-proximal domains extend radially outside the polymerases, forming separated, membrane-binding "legs." The polymerase and N-proximal domains are connected by a long linker accommodating the conformational switch between the two rings and possibly also polymerase movements associated with RNA synthesis and nonsymmetric electron density in the lower center of mature crowns. The results reveal remarkable viral protein multifunctionality, conformational flexibility, and evolutionary plasticity and insights into (+)RNA virus replication and control.
履歴
登録2022年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29291.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29291.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.9
最小 - 最大-2.2293763 - 6.23848
平均 (標準偏差)-0.010393302 (±0.20422617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local...

ファイルemd_29291_half_map_1.map
注釈Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement, half map1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local...

ファイルemd_29291_half_map_2.map
注釈Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement, half map2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refi...

全体名称: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement
要素
  • 複合体: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ

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超分子 #1: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refi...

超分子名称: Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Flock House virus (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Flock House virus (ウイルス)
分子量理論値: 113.996586 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVA DNGHAVSGAV RDAARRLIDE SITAVGGSKF EVNPNPNSST GLRNHFHFAV GDLAQDFRND TPADDAFIVG V DVDYYVTE ...文字列:
MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVA DNGHAVSGAV RDAARRLIDE SITAVGGSKF EVNPNPNSST GLRNHFHFAV GDLAQDFRND TPADDAFIVG V DVDYYVTE PDVLLEHMRP VVLHTFNPKK VSGFDADSPF TIKNNLVEYK VSGGAAWVHP VWDWCEAGEF IASRVRTSWK EW FLQLPLR MIGLEKVGYH KIHHCRPWTD CPDRALVYTI PQYVIWRFNW IDTELHVRKL KRIEYQDETK PGWNRLEYVT DKN ELLVSI GREGEHAQIT IEKEKLDMLS GLSATQSVNA RLIGMGHKDP QYTSMIVQYY TGKKVVSPIS PTVYKPTMPR VHWP VTSDA DVPEVSARQY TLPIVSDCMM MPMIKRWETM SESIERRVTF VANDKKPSDR IAKIAETFVK LMNGPFKDLD PLSIE ETIE RLNKPSQQLQ LRAVFEMIGV KPRQLIESFN KNEPGMKSSR IISGFPDILF ILKVSRYTLA YSDIVLHAEH NEHWYY PGR NPTEIADGVC EFVSDCDAEV IETDFSNLDG RVSSWMQRNI AQKAMVQAFR PEYRDEIISF MDTIINCPAK AKRFGFR YE PGVGVKSGSP TTTPHNTQYN GCVEFTALTF EHPDAEPEDL FRLIGPKCGD DGLSRAIIQK SINRAAKCFG LELKVERY N PEIGLCFLSR VFVDPLATTT TIQDPLRTLR KLHLTTRDPT IPLADAACDR VEGYLCTDAL TPLISDYCKM VLRLYGPTA STEQVRNQRR SRNKEKPYWL TCDGSWPQHP QDAHLMKQVL IKRTAIDEDQ VDALIGRFAA MKDVWEKITH DSEESAAACT FDEDGVAPN SVDESLPLLN DAKQTRANPG TSRPHSNGGG SSHGNELPRR TEQRAQGPRQ PARLPKQGKT NGKSDGNITA G ETQRGGIP RGKGPRGGKT NTRRTPPKAG AQPQPSNNRK SRLEEELRRR LTE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 2.0) / 詳細: Local refinement / 使用した粒子像数: 1074227
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8fmb:
Nodavirus RNA replication protein A polymerase domain, local refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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