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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29082 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / axon initial segment / sodium ion binding / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / axon initial segment / sodium ion binding / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cardiac conduction / voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / peripheral nervous system development / ランヴィエの絞輪 / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / locomotion / optic nerve development / voltage-gated sodium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / sodium channel inhibitor activity / neuronal action potential propagation / Interaction between L1 and Ankyrins / parallel fiber to Purkinje cell synapse / sodium ion transport / voltage-gated calcium channel complex / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / 脱分極 / calcium ion import across plasma membrane / neuronal action potential / sodium channel regulator activity / sodium ion transmembrane transport / 介在板 / presynaptic active zone membrane / cardiac muscle contraction / 横行小管 / 髄鞘 / 軸索誘導 / postsynaptic density membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Z disc / positive regulation of neuron projection development / 細胞結合 / nervous system development / perikaryon / cytoplasmic vesicle / transmembrane transporter binding / 細胞接着 / 神経繊維 / glutamatergic synapse / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan X / Huang J / Yan N | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Na1.6. 著者: Xiao Fan / Jian Huang / Xueqin Jin / Nieng Yan / 要旨: Voltage-gated sodium channel Na1.6 plays a crucial role in neuronal firing in the central nervous system (CNS). Aberrant function of Na1.6 may lead to epilepsy and other neurological disorders. ...Voltage-gated sodium channel Na1.6 plays a crucial role in neuronal firing in the central nervous system (CNS). Aberrant function of Na1.6 may lead to epilepsy and other neurological disorders. Specific inhibitors of Na1.6 thus have therapeutic potentials. Here we present the cryo-EM structure of human Na1.6 in the presence of auxiliary subunits β1 and fibroblast growth factor homologous factor 2B (FHF2B) at an overall resolution of 3.1 Å. The overall structure represents an inactivated state with closed pore domain (PD) and all "up" voltage-sensing domains. A conserved carbohydrate-aromatic interaction involving Trp302 and Asn326, together with the β1 subunit, stabilizes the extracellular loop in repeat I. Apart from regular lipids that are resolved in the EM map, an unprecedented Y-shaped density that belongs to an unidentified molecule binds to the PD, revealing a potential site for developing Na1.6-specific blockers. Structural mapping of disease-related Na1.6 mutations provides insights into their pathogenic mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29082.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29082-v30.xml emd-29082.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29082_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29082.png | 143.9 KB | ||
マスクデータ | emd_29082_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_29082_half_map_1.map.gz emd_29082_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29082 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29082 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fhdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29082.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.114 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29082_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_29082_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_29082_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 with auxilia...
+超分子 #1: Complex of human voltage-gated sodium channel Nav1.6 with auxilia...
+分子 #1: Sodium channel protein type 8 subunit alpha
+分子 #2: Sodium channel subunit beta-1
+分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
+分子 #7: CHOLESTEROL
+分子 #8: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #9: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #10: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
+分子 #11: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...
+分子 #12: (5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20la...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.02% GDN |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 10 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3168 / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |