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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2896 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-containing membranes | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the 10.04 units per turn, 127.2 Angstrom pitch, helical assembly of ANTH-ENTH on PIP2 containing membrane | |||||||||
試料 |
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キーワード | epsin / Hip1R / ENTH / ANTH / clathrin adaptors / endocytosis (エンドサイトーシス) / PI(4 / 5)P2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / incipient cellular bud site / cellular bud tip / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / incipient cellular bud site / cellular bud tip / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / クラスリン / clathrin binding / ubiquitin binding / actin filament organization / phospholipid binding / エンドサイトーシス / actin filament binding / エンドソーム / エンドソーム / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Skruzny M / Desfosses A / Prinz S / Dodonova SO / Gieras A / Uetrecht C / Jakobi AJ / Abella M / Hagen WJH / Schulz J ...Skruzny M / Desfosses A / Prinz S / Dodonova SO / Gieras A / Uetrecht C / Jakobi AJ / Abella M / Hagen WJH / Schulz J / Meijers R / Rybin V / Briggs JAG / Sachse C / Kaksonen M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Dev Cell / 年: 2015 タイトル: An organized co-assembly of clathrin adaptors is essential for endocytosis. 著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / ...著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / Vladimir Rybin / John A G Briggs / Carsten Sachse / Marko Kaksonen / 要旨: Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor ...Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor proteins, is thought to play a major structural role in endocytosis by self-assembling into a cage-like lattice around the forming vesicle. Although clathrin adaptors are essential for endocytosis, little is known about their structural role in this process. Here we show that the membrane-binding domains of two conserved clathrin adaptors, Sla2 and Ent1, co-assemble in a PI(4,5)P2-dependent manner to form organized lattices on membranes. We determined the structure of the co-assembled lattice by electron cryo-microscopy and designed mutations that specifically impair the lattice formation in vitro. We show that these mutations block endocytosis in vivo. We suggest that clathrin adaptors not only link the polymerized clathrin to the membrane but also form an oligomeric structure, which is essential for membrane remodeling during endocytosis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2896.map.gz | 51.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2896-v30.xml emd-2896.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2896_preview.png | 172.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2896 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2896 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 73 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the 10.04 units per turn, 127.2 Angstrom pitch, helical assembly of ANTH-ENTH on PIP2 containing membrane | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, res...
全体 | 名称: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively. |
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要素 |
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-超分子 #1000: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, res...
超分子 | 名称: ANTH and ENTH domains of the clathrin adaptors Sla2 and Ent1, respectively. タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-分子 #1: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2
分子 | 名称: ANTH domain of endocytic adaptor Sla2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: plasma membrane |
分子量 | 実験値: 33.215 KDa / 理論値: 33.21 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: CodonPlus / 組換プラスミド: pETM30 |
配列 | UniProtKB: Protein SLA2 / InterPro: AP180 N-terminal homology (ANTH) domain |
-分子 #2: ENTH domain of epsin Ent1
分子 | 名称: ENTH domain of epsin Ent1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: bakers yeast / 細胞中の位置: plasma membrane |
分子量 | 実験値: 18.87 KDa / 理論値: 18.847 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: CodonPlus / 組換プラスミド: pETM30 |
配列 | UniProtKB: Epsin-1 / InterPro: ENTH domain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5; 100 mM KCl |
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グリッド | 詳細: on C-flat holey carbon coated grids (Protochips) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: , applied on C-flat holey carbon coated grids (Protochips) and vitrified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年3月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 1419 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each Particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 12.67 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 35.857 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPRING / 使用した粒子像数: 457344 |
詳細 | Processing done with SPRING |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: I-Tasser, Chimera, DireX |
詳細 | homology models were obtained by I-Tasser. Rigid-body docking was done in Chimera followed by flexible fitting done with DireX. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-5ahv: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: I-Tasser, Chimera, DireX |
詳細 | homology models were obtained by I-Tasser. Rigid-body docking was done in Chimera followed by flexible fitting done with DireX. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-5ahv: |