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- EMDB-28244: CryoEM characterization of BrxL -- a unique AAA+ phage restrictio... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28244
タイトルCryoEM characterization of BrxL -- a unique AAA+ phage restriction Factor.
マップデータcombined 1.12 pixel data collected at Hutch with 1.16 pixel data from UW, ie down sampled from 1.12 to 1.16
試料
  • 複合体: dimer of heptamer complex of BrxL
    • タンパク質・ペプチド: Protease Lon-related BREX system protein BrxL
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Lon-like protease BrxL / Lon-like protease BrxL-like / BREX system Lon protease-like BrxL, N-terminal / Lon-like protease BrxL-like, ATPase domain / BREX system Lon protease-like protein BrxL N-terminal / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease Lon-related BREX system protein BrxL
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter (アシネトバクター) / Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Shen BW / Stoddard BL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structure, substrate binding and activity of a unique AAA+ protein: the BrxL phage restriction factor.
著者: Betty W Shen / Lindsey A Doyle / Rachel Werther / Abigail A Westburg / Daniel P Bies / Stephanie I Walter / Yvette A Luyten / Richard D Morgan / Barry L Stoddard / Brett K Kaiser /
要旨: Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been ...Bacteriophage exclusion ('BREX') systems are multi-protein complexes encoded by a variety of bacteria and archaea that restrict phage by an unknown mechanism. One BREX factor, termed BrxL, has been noted to display sequence similarity to various AAA+ protein factors including Lon protease. In this study we describe multiple CryoEM structures of BrxL that demonstrate it to be a chambered, ATP-dependent DNA binding protein. The largest BrxL assemblage corresponds to a dimer of heptamers in the absence of bound DNA, versus a dimer of hexamers when DNA is bound in its central pore. The protein displays DNA-dependent ATPase activity, and ATP binding promotes assembly of the complex on DNA. Point mutations within several regions of the protein-DNA complex alter one or more in vitro behaviors and activities, including ATPase activity and ATP-dependent association with DNA. However, only the disruption of the ATPase active site fully eliminates phage restriction, indicating that other mutations can still complement BrxL function within the context of an otherwise intact BREX system. BrxL displays significant structural homology to MCM subunits (the replicative helicase in archaea and eukaryotes), implying that it and other BREX factors may collaborate to disrupt initiation of phage DNA replication.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年5月17日-
現状2023年5月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈combined 1.12 pixel data collected at Hutch with 1.16 pixel data from UW, ie down sampled from 1.12 to 1.16
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.17271502 - 0.78393894
平均 (標準偏差)0.0008664412 (±0.030259999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 454.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_28244_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_28244_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dimer of heptamer complex of BrxL

全体名称: dimer of heptamer complex of BrxL
要素
  • 複合体: dimer of heptamer complex of BrxL
    • タンパク質・ペプチド: Protease Lon-related BREX system protein BrxL

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超分子 #1: dimer of heptamer complex of BrxL

超分子名称: dimer of heptamer complex of BrxL / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Acinetobacter (アシネトバクター)
分子量理論値: 1.05 MDa

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分子 #1: Protease Lon-related BREX system protein BrxL

分子名称: Protease Lon-related BREX system protein BrxL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
分子量理論値: 75.703539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MESANDKELD QLLNEHFAGR VVRKDLTKLI KEGANVPVYV LEYLLGMYCA SDDPEIIEQG LRNVKTVLAE NYVRPDEAEK VKSLVRERG SYKVIDRVTV KLNERKDKYE ASFSNLGIKD AEISAGIVKE YEKLLVGGIW VIATLSYYFE EGQTSSPFGV S LLKPIQMP ...文字列:
MESANDKELD QLLNEHFAGR VVRKDLTKLI KEGANVPVYV LEYLLGMYCA SDDPEIIEQG LRNVKTVLAE NYVRPDEAEK VKSLVRERG SYKVIDRVTV KLNERKDKYE ASFSNLGIKD AEISAGIVKE YEKLLVGGIW VIATLSYYFE EGQTSSPFGV S LLKPIQMP NMNMDELFSG RAALSTDQWR ESLIRSIGME PASLKEDVQW HLLARMVPFV ENNYNVCELG PRGTGKSHIY KE CSPNSIL VSGGQTTVAN LFYNMSSRRI GLVGLWDVVA FDEVAGISFK DKDGVQIMKD YMASGSFARG REQMEASASM VFV GNINQS VESLVKTSHL LAPFPEAMID SAFFDRFHAY IPGWEIPKMR PEFFTNRYGL IVDYLAEFFR EMRKRSFADS IEKY FKLGN NLNQRDVIAV RKTVSGLMKL LYPHGQFNKE DVRQCLEYAL QVRRRVKEQL KKIGGMEFYD VHFSYIDNDT LEEHF VSVK EQGGGGLIPE GPAKPGFLYT IGLSNKGMPG LYRLELQVTK GSGKLATSGL WNSSSAKEQV KIAFDYFKAN ASRISG GSK VMEHDFHLHV VELQNTGPLS HLALPSLVAF ASGLLGRSVQ SQMVVLGDMS LGGSVTPVES IAECLQVAFD AGAKKVA LP MSSAADIPTI PVELFTKFQT SFYADPVDAV FKGLGVD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM TrisHCl, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was mono-dispersed

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3000 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: 2980 movies at 1.12 pixel was extracted at box size of 406 pix, fourier cropped to box size of 392 pix and combined with 100 movies collected at 1.16 pix size
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 96079
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 93 / 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 89373

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8emc:
CryoEM characterization of BrxL -- a unique AAA+ phage restriction Factor.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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