+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25108 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | I53-50 nanoparticle core reconstructed from GPC-I53-50NP by focused refinement | |||||||||
マップデータ | I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement - Main map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Antanasijevic A / Brouwer PJM / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022 タイトル: Lassa virus glycoprotein nanoparticles elicit neutralizing antibody responses and protection. 著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Adam J Ronk / Helena Müller-Kräuter / Yasunori Watanabe / Mathieu Claireaux / Hailee R Perrett / Tom P L Bijl / Marloes Grobben / Jeffrey C Umotoy / Angela I Schriek / Judith A Burger / Khadija Tejjani / Nicole M Lloyd / Thijs H Steijaert / Marlies M van Haaren / Kwinten Sliepen / Steven W de Taeye / Marit J van Gils / Max Crispin / Thomas Strecker / Alexander Bukreyev / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / 要旨: The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of ...The Lassa virus is endemic in parts of West Africa, and it causes hemorrhagic fever with high mortality. The development of a recombinant protein vaccine has been hampered by the instability of soluble Lassa virus glycoprotein complex (GPC) trimers, which disassemble into monomeric subunits after expression. Here, we use two-component protein nanoparticles consisting of trimeric and pentameric subunits to stabilize GPC in a trimeric conformation. These GPC nanoparticles present twenty prefusion GPC trimers on the surface of an icosahedral particle. Cryo-EM studies of GPC nanoparticles demonstrated a well-ordered structure and yielded a high-resolution structure of an unliganded GPC. These nanoparticles induced potent humoral immune responses in rabbits and protective immunity against the lethal Lassa virus challenge in guinea pigs. Additionally, we isolated a neutralizing antibody that mapped to the putative receptor-binding site, revealing a previously undefined site of vulnerability. Collectively, these findings offer potential approaches to vaccine and therapeutic design for the Lassa virus. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25108.map.gz | 501.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-25108-v30.xml emd-25108.xml | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25108_fsc.xml | 18.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25108.png | 194.8 KB | ||
マスクデータ | emd_25108_msk_1.map | 536.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25108_half_map_1.map.gz emd_25108_half_map_2.map.gz | 428.3 MB 428.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25108 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25108 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25108_validation.pdf.gz | 781.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_25108_full_validation.pdf.gz | 781.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25108_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25108_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25108 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25108 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement - Main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25108_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by...
ファイル | emd_25108_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement - Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by...
ファイル | emd_25108_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | I53-50 nanoparticle map reconstructed from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement - Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle
全体 | 名称: I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle
超分子 | 名称: I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Nanoparticle consists of 60 monomeric I53-50A and 60 monomeric I53-50B building blocks. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component
分子 | 名称: Josiah GPCysR4-I53-50A - nanoparticle component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 73.84557 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL ...文字列: MGQIVTFFQE VPHVIEEVMN IVLIALSVLA VLKGLYNFAT CGLVGLVTFL LLCGRSCTTS LYKGVYELQT LELNMETLNM TMPLSCTKN NSHHYIMVGN ETGLELTLTN TSIINHKFCN LSDAHKKNLY DHALMSIIST FHLSIPNFNQ YEAMSCDFNG G KISVQYNL SHSYAGDAAN HCGTVANGVL QTFMRMAWGG SYIALDSGCG NWDCIMTSYQ YLIIQNTTWE DHCQFSRPSP IG YLGLLSQ RTRDIYISRR RRGTFTWTLS DSEGKDTPGG YCLTRWMLIE AELKCFGNTA VAKCNEKHDE EFCDMLRLFD FNK QAIQRL KAPAQMSIQL INKAVNALIN DQLIMKNHLR DIMCIPYCNY SKYWYLNHTT TGRTSLPKCW LVSNGSYLNE THFS DDIEQ QADNMITEML QKEYMERQGG SGGSGGSGGS GGSEKAAKAE EAARKMEELF KKHKIVAVLR ANSVEEAIEK AVAVF AGGV HLIEITFTVP DADTVIKALS VLKEKGAIIG AGTVTSVEQC RKAVESGAEF IVSPHLDEEI SQFCKEKGVF YMPGVM TPT ELVKAMKLGH DILKLFPGEV VGPEFVKAMK GPFPNVKFVP TGGVDLDNVC EWFDAGVLAV GVGDALVEGD PDEVREK AK EFVEKIRGCT EGSLEWSHPQ FEK |
-分子 #2: I53-50B component
分子 | 名称: I53-50B component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 18.236877 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNQHSHKDHE TVRIAVVRAR WHAEIVDACV SAFEAAMRDI GGDRFAVDVF DVPGAYEIPL HARTLAETGR YGAVLGTAFV VNGGIYRHE FVASAVINGM MNVQLNTGVP VLSAVLTPHN YDKSKAHTLL FLALFAVKGM EAARACVEIL AAREKIAAGS L EHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: TBS | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time 4s, Wait time 10s, Blot force 0. | |||||||||
詳細 | I53-50 nanoparticle core recovered from GPC-I53-50 nanoparticle by focused refinement of the core. Nanoparticle was assembled by combining equimolar amounts of GPC-I53-50A and I53-50B. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2337 / 平均露光時間: 10.5 sec. / 平均電子線量: 50.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |