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- EMDB-24792: M. tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA bound to M. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24792
タイトルM. tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA bound to M. smegmatis 50S ribosomal subunit
マップデータMtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit.
試料
  • 複合体: Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 with SAM analog NM6.
    • 複合体: 50S
      • タンパク質・ペプチド: x 32種
      • RNA: x 2種
    • 複合体: TlyA
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase / methyltransferase activity / large ribosomal subunit / メチル化 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily ...Haemolysin A /rRNA methyltransferase TlyA / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / S4 RNA-binding domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / S4 domain / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / : / : / : / : / : / : / : / : / : ...16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / 50S ribosomal protein L9 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Uncharacterized protein / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Laughlin ZT / Dunham CM / Conn GL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI088025 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: 50S subunit recognition and modification by the ribosomal RNA methyltransferase TlyA.
著者: Zane T Laughlin / Suparno Nandi / Debayan Dey / Natalia Zelinskaya / Marta A Witek / Pooja Srinivas / Ha An Nguyen / Emily G Kuiper / Lindsay R Comstock / Christine M Dunham / Graeme L Conn /
要旨: Changes in bacterial ribosomal RNA (rRNA) methylation status can alter the activity of diverse groups of ribosome-targeting antibiotics. These modifications are typically incorporated by a single ...Changes in bacterial ribosomal RNA (rRNA) methylation status can alter the activity of diverse groups of ribosome-targeting antibiotics. These modifications are typically incorporated by a single methyltransferase that acts on one nucleotide target and rRNA methylation directly prevents drug binding, thereby conferring drug resistance. Loss of intrinsic methylation can also result in antibiotic resistance. For example, Mycobacterium tuberculosis becomes sensitized to tuberactinomycin antibiotics, such as capreomycin and viomycin, due to the action of the intrinsic methyltransferase TlyA. TlyA is unique among antibiotic resistance-associated methyltransferases as it has dual 16S and 23S rRNA substrate specificity and can incorporate cytidine-2′-O-methylations within two structurally distinct contexts. Here, we report the structure of a mycobacterial 50S subunit-TlyA complex trapped in a postcatalytic state with a S-adenosyl-L-methionine analog using single-particle cryogenic electron microscopy. Together with complementary functional analyses, this structure reveals critical roles in 23S rRNA substrate recognition for conserved residues across an interaction surface that spans both TlyA domains. These interactions position the TlyA active site over the target nucleotide C2144, which is flipped from 23S Helix 69 in a process stabilized by stacking of TlyA residue Phe157 on the adjacent A2143. Base flipping may thus be a common strategy among rRNA methyltransferase enzymes, even in cases where the target site is accessible without such structural reorganization. Finally, functional studies with 30S subunit suggest that the same TlyA interaction surface is employed to recognize this second substrate, but with distinct dependencies on essential conserved residues.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: 50S subunit recognition and modification by the Mycobacterium tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA
著者: Laughlin ZT / Nandi S / Dey D / Zelinskaya N / Witek MA / Srinivas P / Nguyen HA / Kuiper EG / Comstock LR / Dunham CM / Conn GL
履歴
登録2021年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2022年4月13日-
現状2022年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.069 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0179
最小 - 最大-0.09661683 - 0.16254294
平均 (標準偏差)0.0008408555 (±0.008895291)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Mtb TlyA bound to H69 and proximal rRNA...

ファイルemd_24792_additional_1.map
注釈Mtb TlyA bound to H69 and proximal rRNA without the rest of Msg 50S. Created from multi body refinement and used in model building and refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Msg 50S alone without H69 or Mtb TlyA....

ファイルemd_24792_additional_2.map
注釈Msg 50S alone without H69 or Mtb TlyA. Created from multi body refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 wit...

全体名称: Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 with SAM analog NM6.
要素
  • 複合体: Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 with SAM analog NM6.
    • 複合体: 50S
      • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein bL37
      • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • 複合体: TlyA
      • タンパク質・ペプチド: 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 wit...

超分子名称: Mtb TlyA bound to Msg 50S ribosomal subunit modified at C2144 with SAM analog NM6.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #1-#2, #6, #8-#14, #16-#20, #22-#25, #27-#29, #31-#32
詳細: TlyA occupancy on 50S promoted by covalent modification of NM6 to modification site (C2144).

+
超分子 #2: 50S

超分子名称: 50S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#35
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A

+
超分子 #3: TlyA

超分子名称: TlyA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

+
分子 #1: ribosomal protein bL37

分子名称: ribosomal protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 2.710179 KDa
配列文字列:
AKRGRKKRDR KHSKANHGKR PNA

+
分子 #2: 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA

分子名称: 16S/23S rRNA (Cytidine-2'-O)-methyltransferase TlyA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: No density was seen for the His-tag and first three residues (MAR) of TlyA so they were not modeled.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 23S rRNA (cytidine1920-2'-O)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 29.898172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHASG LVPRGSMARR ARVDAELVRR GLARSRQQAA ELIGAGKVRI DGLPAVKPAT AVSDTTALTV VTDSERAWVS RGAHKLVGA LEAFAIAVAG RRCLDAGAST GGFTEVLLDR GAAHVVAADV GYGQLAWSLR NDPRVVVLER TNARGLTPEA I GGRVDLVV ...文字列:
MHHHHHHASG LVPRGSMARR ARVDAELVRR GLARSRQQAA ELIGAGKVRI DGLPAVKPAT AVSDTTALTV VTDSERAWVS RGAHKLVGA LEAFAIAVAG RRCLDAGAST GGFTEVLLDR GAAHVVAADV GYGQLAWSLR NDPRVVVLER TNARGLTPEA I GGRVDLVV ADLSFISLAT VLPALVGCAS RDADIVPLVK PQFEVGKGQV GPGGVVHDPQ LRARSVLAVA RRAQELGWHS VG VKASPLP GPSGNVEYFL WLRTQTDRAL SAKGLEDAVH RAISEGP

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 30.008379 KDa
配列文字列: GIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGKG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRVIDFRRHD KDGVNAKVAH IEYDPNRTA NIALLHYLDG EKRYIIAPQG LKQGDVIESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT VIHAVELRPG GGAKLARSAG V SIQLLGKE ...文字列:
GIRKYKPTTP GRRGASVSDF AEITRSTPEK SLVRPLHGKG GRNAHGRITT RHKGGGHKRA YRVIDFRRHD KDGVNAKVAH IEYDPNRTA NIALLHYLDG EKRYIIAPQG LKQGDVIESG ANADIKPGNN LPLRNIPAGT VIHAVELRPG GGAKLARSAG V SIQLLGKE GTYAALRMPS GEIRRVDVRC RATVGEVGNA EQSNINWGKA GRMRWKGKRP TVRGVVMNPV DHPHGGGEGK TS GGRHPVS PWGKPEGRTR KPNKPSDKLI VRRRRTGK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 22.621902 KDa
配列文字列: ARKGILGTKL GMTQVFDENN KVVPVTVVKA GPNVVTRIRT TERDGYSAVQ LAYGEISPRK VIKPVAGQFA AAGVNPRRHV AELRLDDEA AVAEYEVGQE LTAEIFSDGA YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGAAHG AQAVHRRPGS IGGCATPGRV F KGTRMSGR ...文字列:
ARKGILGTKL GMTQVFDENN KVVPVTVVKA GPNVVTRIRT TERDGYSAVQ LAYGEISPRK VIKPVAGQFA AAGVNPRRHV AELRLDDEA AVAEYEVGQE LTAEIFSDGA YVDVTGTSKG KGFAGTMKRH GFRGQGAAHG AQAVHRRPGS IGGCATPGRV F KGTRMSGR MGNDRVTTQN LKVHKVDAEN GVLLIKGAIP GRNGGLVVVR SAIKRG

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 22.477496 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SK

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 20.588701 KDa
配列文字列:
KALPRLKQRY REEIREALQQ EFNYANVMQI PGVVKVVVNM GVGDAARDAK LINGAINDLA LITGQKPEVR RARKSIAQFK LREGMPIGA RVTLRGDRMW EFLDRLISIA LPRIRDFRGL SPKQFDGTGN YTFGLNEQSM FHEIDVDSID RPRGMDITVV T TATNDAEG RALLRALGFP FKEN

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 19.165934 KDa
配列文字列:
SRIGKQPVPV PSGVDVTING QNLSVKGPKG TLTLDVAEPI SVSRAEDGAI VVTRPDDERR SRSLHGLSRT LIANLVTGVT EGYTQKMEI FGVGYRVQLK GQNLEFALGY SHPVLIEAPE GITFAVESPT KFSVSGIDKQ KVGQISAVIR RLRRPDPYKG K GVRYEGEQ IRRKVGKT

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 13.095021 KDa
配列文字列:
MAKADKATAV ADIAEQFKAS TATVVTEYRG LTVANLAELR RALGDSATYT VAKNTLVKRA ASEAGIEGLD ELFAGPTAIA FVKGEAVDA AKAIKKFAKD NKALVIKGGY MDGKALSVAD VEKIADL

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 14.109185 KDa
配列文字列:
LIKLQIQAGQ ANPAPPVGPA LGQHGVNIME FCKAYNAATE SQRGNVIPVE ITVYEDRSFT FALKTPPAAK LLLKAAGVQK GSGEPHKTK VAKVTWDQVR EIAETKKADL NANDIDAAAK IIAGTARSMG ITVE

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 16.015493 KDa
配列文字列:
PTYTPKAGDT TRSWYVIDAS DVVLGRLASA AATLLRGKHK PTFTPNVDGG DFVIVINADK IAVSGDKLTK KFAYRHSGYP GGLRKRTIG ELLEKHPTRV VENAIIGMLP HNKLGRQIQK KLKVYAGPDH PHAAQQPIPF EIKQVAQ

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 15.383968 KDa
配列文字列:
VIKLHDLKPA PGEKKAKTRV GRGEGSKGKT AGRGTKGTKA RKNVPVMFEG GQMPIHMRLP KLKGFKNRFR TEYQVVNVGD INKAFPQGG TVGVDELVAK GLVRKNSLVK VLGDGKLTVK VDVTANKFSG SAREAITAAG GSATEL

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 15.498937 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREE

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 13.210346 KDa
配列文字列:
PKPTKGPRLG GSSSHQSALL ANLATSLFEH GRIKTTEPKA RALRPYAEKL ITHAKKGALH NRREVMKKIR DKDVVHTLFA EIGPFYADR NGGYTRIIKV ENRKGDNAPM AVIELVREK

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 13.580531 KDa
配列文字列:
AHKPVGQNIS EVRRNARLRR HARLRKKVAG TAEVPRLVVN RSARHIHVQL VNDLNGTTLA AASSIEADVR AIDGDKKAHS VRVGQLIAE RAKAAGVETV VFDRGGYTYG GRIAALADAA REAGLKF

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 14.035175 KDa
配列文字列:
ARVKRALNAQ KKRRTVLKAS KGYRGQRSRL YRKAKEQQLH SLTYAYRDRR ARKGEFRKLW ISRINAAARA NDITYNRLIQ GLKAAGVEV DRKNLAELAV SDPAAFTALV DVARAALPED VNAPS

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 10.72444 KDa
配列文字列:
TYAIVKTGGK QYKVAAGDVV KVEKLDSEPG ASVSLPVALV VDGANVTSKA DDLAKVAVTA EVLEHTKGPK IRIHKFKNKT GYHKRQGHR QQLTVLKVTG I

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 12.408192 KDa
配列文字列:
EFPSATAKAR YVRVSATKAR RVIDLVRGKS VEEALDILRW APQAASEPVA KVIASAAANA QNNEGLDPST LVVATVYADE GPTAKRIRP RAQGRAFRIR KRTSHITVIV ESRPP

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 10.748448 KDa
配列文字列:
ATITDPRDII LAPVISEKSY GLIEDNVYTF VVHPDSNKTQ IKIAIEKIFD VKVDSVNTAN RQGKRKRTRT GFGKRKSTKR AIVKLAAGS KPIDLFGA

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23
詳細: Residues 48-55 are not shown in model. Little to no density seen there.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 20.331725 KDa
配列文字列: TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI ...文字列:
TANIPNKLTA NVRTRTGKGA SRQARRDGKV PAVLYGHGTD PQHLELNARD FAAVLRSHGT NAILTLDIEG TEQLALTKAL DVHPIRRNI QHADLLVVQR GEKVTVEVTV LVEGDATPGT LVTQDANTIE IEAEALSIPE QLTVSVEGVE AGTQITAGQI S LPEGVNLI SDPELLVVNV VEAPSAEALE EEGA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 8.322479 KDa
配列文字列:
SSSRNGRDSA AQRLGVKRFG GQVVKAGEIL VRQRGTHFHP GVNVGRGGDD TLFALAPGAV EFGAKRGRKT VNIVPVARP

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 6.75982 KDa
配列文字列:
AAVCDICGKG PGFGKSVSHS HRRTSRRWNP NIQPVRAVTR PGGNKQRINA CTSCIKAGKV SRA

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 7.590576 KDa
配列文字列:
GTTPGELREL TDDELKDKLR ESKEELFNLR FQMATGQLSN NRRLRTVRQE IARVYTVLRE RELG

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 6.761772 KDa
配列文字列:
AELKITQVRS TIGARWKQRE SLRTLGLKKI RQSVVREDNA QTRGLINTVH HLVEVEEVG

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 6.050149 KDa
配列文字列:
AVPKRRMSRA NTRSRRAQWK AEAPGLVTVS VAGQQRKVPR RLLKAARLGL VDLD

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 5.833775 KDa
配列文字列:
DVRPKITLAC EVCKHRNYIT KKNRRNDPDR LEIKKFCPNC GTHQPHKES

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 5.391384 KDa
配列文字列:
AKGKRTFQPN NRRRARVHGF RLRMRTRAGR AIVANRRSKG RRALTA

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 7.16731 KDa
配列文字列:
PKAKTHSGAS KRFRRTGTGK IVRQKANRRH LLEHKPTKRT RRLDGRTTVS AADNSRINKL LNG

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 5.257952 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGK

+
分子 #3: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 1.0125324379999998 MDa
配列文字列: UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG ...文字列:
UAAGUGUUUA AGGGCGCAUG GUGGAUGCCU UGGCACUGGG AGCCGAUGAA GGACGUAGGA GGCUGCGAUA AGCCUCGGGG AGCUGUCAA CCGAGCGUUG AUCCGAGGAU GUCCGAAUGG GGAAACCCGG CACGAGUGAU GUCGUGUCAC CAGGCGCUGA A UAUAUAGG CGUCUGGGGG GAACGCGGGG AAGUGAAACA UCUCAGUACC CGUAGGAAGA GAAAACAAAA UGUGAUUCCG UG AGUAGUG GCGAGCGAAA GCGGAGGAUG GCUAAACCGU AUGCAUGUGA UACCGGGUAG GGGUUGUGUG UGCGGGGUUG UGG GACCUA UCUUUCCGGC UCUACCUGGC UGGAGGGCAG UGAGAAAAUG UUGUGGUUAG CGGAAAUGGC UUGGGAUGGC CUGC CGUAG ACGGUGAGAG CCCGGUACGU GAAAACCCGA CGUCUGUCUU GAUGGUGUUC CCGAGUAGCA GCGGGCCCGU GGAAU CUGC UGUGAAUCUG CCGGGACCAC CCGGUAAGCC UGAAUACUUC CCAGUGACCG AUAGCGGAUU AGUACCGUGA GGGAAU GGU GAAAAGUACC CCGGGAGGGG AGUGAAAGAG UACCUGAAAC CGUGCGCUUA CAAUCCGUCA GAGCCCUCGA CGUGUCG UG GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCGAGGUUAA CCCGGGUGGG GUAGCCGC A GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUAUCCA CACAAGAGUG UGUGGUGUAG UGGUGUGUUC UGGACCCGAA GCGGAGUGA UCUACCCAUG GCCAGGGUGA AGCGCGGGUA AGACCGCGUG GAGGCCCGAA CCCACUUAGG UUGAAGACUG AGGGGAUGAG CUGUGGGUA GGGGUGAAAG GCCAAUCAAA CUCCGUGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAUGC AUUUAGGUGC AGCGUCGCAU G UUUCUUGC CGGAGGUAGA GCUACUGGAU GGCCGAUGGG CCCCACAGGG UUACUGACGU CAGCCAAACU CCGAAUGCCG GU AAGUCCA AGAGUGCGGC AGUGAGACGG CGGGGGAUAA GCUCCGUGCG UCGAGAGGGA AACAGCCCAG AUCGCCGGCU AAG GCCCCU AAGCGUGUGC UAAGUGGAAA AGGAUGUGCA GUCGCGAAGA CAACCAGGAG GUUGGCUUAG AAGCAGCCAC CCUU GAAAG AGUGCGUAAU AGCUCACUGG UCAAGUGAUU GUGCGCCGAU AAUGUAGCGG GGCUCAAGCA CACCGCCGAA GCCGC GGCA GCCAACGUGU UGGCUGGGUA GGGGAGCGUC CUGCAUCCGG UGAAGCCGCC GAGUGAUCGA GUGGUGGAGG GUGUGG GAG UGAGAAUGCA GGCAUGAGUA GCGAUUAGGC AAGUGAGAAC CUUGCCCGCC GAAAGACCAA GGGUUCCUGG GCCAGGC CA GUCCGCCCAG GGUGAGUCGG GACCUAAGGC GAGGCCGACA GGCGUAGUCG AUGGACAACG GGUUGAUAUU CCCGUACC C GUGUAUGUGC GUCCAUGAUG AAUCAGCGGU ACUAACCAUC CAAAACCACC GUGACCGCAC CUUUCGGGGU GUGGCGUUG GUGGGGCUGC AUGGGACCUU CGUUGGUAGU AGUCAAGCGA UGGGGUGACG CAGGAAGGUA GCCGUACCGG UCAGUGGUAA UACCGGGGU AAGCCUGUAG GGAGUCAGAU AGGUAAAUCC GUCUGGCAUA UAUCCUGAGA GGUGAUGCAU AGCCGAGUGA G GCGAAUUC GGUGAUCCUA UGCUGCCGAG AAAAGCCUCU AGCGAGGACA UACACGGCCC GUACCCCAAA CCAACACAGG UG GUCAGGU AGAGAAUACU AAGGCGUACG AGUGAACUAU GGUUAAGGAA CUCGGCAAAA UGCCCCCGUA ACUUCGGGAG AAG GGGGAC CCACAUGGCG UGUAAGCCUU UACGGCCCAA GCGUGAGUGG GUGGCACAAA CCAGUGAGAA GCGACUGUUU ACUA AAAAC ACAGGUCCGU GCGAAGUCGC AAGACGAUGU AUACGGACUG ACGCCUGCCC GGUGCUGGAA GGUUAAGAGG ACCCG UUAA CUCCCUUUGG GGGUGAAGCG GAGAAUUUAA GCCCCAGUAA ACGGCGGUGG UAACUAUAA(AI5) CAUCCUAAGG UA GCGAAAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCUGCACGA AUGGCGUAAC GACUUCUCAA CUGUCUCAAC CAUAGACUCG GCG AAAUUG CACUACGAGU AAAGAUGCUC GUUACGCGCG GCAGGACGAA AAGACCCCGG GACCUUCACU ACAACUUGGU AUUG GUGCU CGAUACGGUU UGUGUAGGAU AGGUGGGAGA CUGUGAAGCU CACACGCCAG UGUGGGUGGA GUCGUUGUUG AAAUA CCAC UCUGAUCGUA UUGGGCCUCU AACCUCGGAC CGUAUAUCCG GUUCAGGGAC AGUGCCUGGU GGGUAGUUUA ACUGGG GCG GUUGCCUCCU AAAAUGUAAC GGAGGCGCCC AAAGGUUCCC UCAACCUGGA CGGCAAUCAG GUGUUGAGUG UAAGUGC AC AAGGGAGCUU GACUGCGAGA CGGACAUGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGGG ACUAGUGAUC CGGCACCUCU GAGUGGAA G GGGUGUCGCU CAACGGAUAA AAGGUACCCC GGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAGU CCAUAUCGAC GGGAUGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC GUCGCAUCCU GGGGCUGGAG CAGGUCCCAA GGGUUGGGCU GUUCGCCCAU UAAAGCGGCA CGCGAGCUG GGUUUAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCU CUAUCCGCCG CGCGCGUCAG AAGCUUGAGG AAACCUGUCC C UAGUACGA GAGGACCGGG ACGGACGAAC CUCUGGUAUA CCAGUUGUCC CACCAGGGGC ACGGCUGGAU AGCCACGUUC GG ACAGGAU AACCGCUGAA AGCAUCUAAG CGGGAAACCU CUUCCAAGAC CAGGCUUCUC ACCCUCUAGG AGGGAUAAGG CCC CCCGCA GACCACGGGA UUGAUAGACC AGACCUGGAA GCCUAGUAAU AGGUGCAGGG AACUGGCACU AACCGGCCGA AAAC UUAC

+
分子 #35: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 35 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: LR222 C101A
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

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分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 402 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
5.0 mMMagnesium Acetate
2.0 mMAmmonium Chloride
75.0 mMPotassium Chloride
3.0 mMBeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール

詳細: Both components dialyzed into this buffer
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 3.0 or 3.3 second blot time allowed for sample.
詳細0.5 micromolar 50S, 5 micromolar TlyA, 10 micromolar NM6

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3364 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.79 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1016454
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3133

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 122800 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 129011
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5o60


3hp7

chain_id: B

5kyg

chain_id: B
得られたモデル

PDB-7s0s:
M. tuberculosis ribosomal RNA methyltransferase TlyA bound to M. smegmatis 50S ribosomal subunit

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る