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- EMDB-24280: State E2 nucleolar 60S ribosomal intermediate - Local Map for Noc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24280
タイトルState E2 nucleolar 60S ribosomal intermediate - Local Map for Noc2/Noc3 region
マップデータState E2 Noc2/Noc3 locally refined map
試料
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
機能・相同性
機能・相同性情報


25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase / Noc1p-Noc2p complex / 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / 有糸分裂 / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / intracellular mRNA localization / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / rRNA base methylation / rRNA primary transcript binding / protein folding chaperone complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / DNA replication initiation / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA transport / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / nuclear periphery / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 細胞分裂 / mRNA binding / chromatin binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 12 / Nucleolar protein 12 (25kDa) / 60S ribosomal subunit assembly/export protein Loc1 / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 ...Nucleolar protein 12 / Nucleolar protein 12 (25kDa) / 60S ribosomal subunit assembly/export protein Loc1 / Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 Pre-PUA domain / UPF0113, PUA domain / UPF0113 PUA domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosome biogenesis protein BRX1 / CCAAT-binding factor / CBF/Mak21 family / : / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / PUA-like superfamily / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Ribosomal L15 / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Armadillo-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RRP17 isoform 1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL8A / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / rRNA-processing protein EBP2 / Nucleolar complex protein 2 / 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 ...RRP17 isoform 1 / Ribosome biogenesis protein NSA2 / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL8A / 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase / rRNA-processing protein EBP2 / Nucleolar complex protein 2 / 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Ribosome biogenesis protein ERB1 / Nucleolar complex-associated protein 3 / Ribosome biogenesis protein BRX1 / 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Cruz VE / Sekulski K / Peddada N / Erzberger JP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135617-01 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR150074 米国
Robert A. Welch FoundationI-1897 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific remodeling of a topologically complex RNP substrate by Spb4.
著者: Victor Emmanuel Cruz / Kamil Sekulski / Nagesh Peddada / Carolin Sailer / Sahana Balasubramanian / Christine S Weirich / Florian Stengel / Jan P Erzberger /
要旨: DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular ...DEAD-box ATPases are ubiquitous enzymes essential in all aspects of RNA biology. However, the limited in vitro catalytic activities described for these enzymes are at odds with their complex cellular roles, most notably in driving large-scale RNA remodeling steps during the assembly of ribonucleoproteins (RNPs). We describe cryo-EM structures of 60S ribosomal biogenesis intermediates that reveal how context-specific RNA unwinding by the DEAD-box ATPase Spb4 results in extensive, sequence-specific remodeling of rRNA secondary structure. Multiple cis and trans interactions stabilize Spb4 in a post-catalytic, high-energy intermediate that drives the organization of the three-way junction at the base of rRNA domain IV. This mechanism explains how limited strand separation by DEAD-box ATPases is leveraged to provide non-equilibrium directionality and ensure efficient and accurate RNP assembly.
履歴
登録2021年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年12月28日-
現状2022年12月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24280.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State E2 Noc2/Noc3 locally refined map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125
最小 - 最大-0.038572192 - 0.08519787
平均 (標準偏差)2.3658962e-05 (±0.0015540959)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: State E2 Noc2/Noc3 locally refined half map 1

ファイルemd_24280_half_map_1.map
注釈State E2 Noc2/Noc3 locally refined half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: State E2 Noc2/Noc3 locally refined half map 2

ファイルemd_24280_half_map_2.map
注釈State E2 Noc2/Noc3 locally refined half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4

全体名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
要素
  • 複合体: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
    • RNA: 25S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar complex protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein BRX1リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Nucleolar complex-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: rRNA-processing protein EBP2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L15-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36-Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein ERB1リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein NSA2リボソーム生合成
    • タンパク質・ペプチド: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: RRP17 isoform 1

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超分子 #1: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4

超分子名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Ytm1 and Spb4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
分子量理論値: 3.3 MDa

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分子 #1: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 49.28523 KDa
配列文字列:
GCUGAACUUA AGCAUAAAGC GGAGUCGAGU UGUUUGCAGC UCUAAGCUAC GGUGAUCGUC GAAGGGGCGA AAGACAAGAU GGGGAAGCU CCGUUUCAAU GUUGAGCUUG ACUCUAGUUG UGGGGAGUAA AGUUACCACA UCGUGAGACA GGU

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分子 #2: 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1

分子名称: 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 23.652645 KDa
配列文字列: MAPKKPSKRQ NLRREVAPEV FQDSQARNQL ANVPHLTEKS AQRKPSKTKV KKEQSLARLY GAKKDKKGKY SEKDLNIPTL NRAIVPGVK IRRGKKGKKF IADNDTLTLN RLITTIGDKY DDIAESKLEK ARRLEEIREL KRKEIERKEA LKQDKLEEKK D EIKKKSSV ...文字列:
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分子 #3: Nucleolar complex protein 2

分子名称: Nucleolar complex protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 81.719289 KDa
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MGKVSKSTKK FQSKHLKHTL DQRRKEKIQK KRIQGRRGNK TDQEKADAAG TREQQQLKKS AKEEVFKDMS VETFFEKGIE IPKENKKLK KKTTKEQSDE DSSSSEEEED MGQSMAKLAE KDPEFYKYLE ENDKDLLDFA GTNPLDGIDS QDEGEDAERN S NIEEKSEQ MELEKEKIEL SLKLVRKWKK QLHDSPSLKL LRNIISAFKV AVNLNKEENI EDYKYAITDE KAFHELMFMV LK DVPQAIQ KMAPYKIVKG ARTLPNGGNV SRVSSIVKSH AGSLLILLND ITNTETAALV LHSVNELMPY LLSYRRILKE LIK SIVGVW STTRELETQI ASFAFLINTT KEFKKSMLET TLKTTYSTFI KSCRKTNMRS MPLINFQKNS AAELFGIDEV LGYQ VGFEY IRQLAIHLRN TMNATTKKSS KINSAEAYKI VYNWQFCHSL DFWSRVLSFA CQPEKENGSE SPLRQLIYPL VQVTL GVIR LIPTPQFFPL RFYLIKSLIR LSQNSGVFIP IYPLLSEILT STAFTKAPKK SPNLAAFDFE HNIKCTQAYL NTKIYQ EGL SEQFVDLLGD YFALYCKNIA FPELVTPVII SLRRYIKTST NVKLNKRLST VVEKLNQNST FIQEKRSDVE FGPTNKS EV SRFLNDVAWN KTPLGSYVAV QREVKEEKAR LMRESMEEQD KERETEEAKL LNSLESDDDN EDVEMSDA

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分子 #4: Ribosome biogenesis protein BRX1

分子名称: Ribosome biogenesis protein BRX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 33.585414 KDa
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MSSIYKALAG KSKDNKSEKK QGNVKQFMNK QRTLLISSRG VNYRHRHLIQ DLSGLLPHSR KEPKLDTKKD LQQLNEIAEL YNCNNVLFF EARKHQDLYL WLSKPPNGPT IKFYIQNLHT MDELNFTGNC LKGSRPVLSF DQRFESSPHY QLIKELLVHN F GVPPNARK SKPFIDHVMS FSIVDDKIWV RTYEISHSTK NKEEYEDGEE DISLVEIGPR FVMTVILILE GSFGGPKIYE NK QYVSPNV VRAQIKQQAA EEAKSRAEAA VERKIKRREN VLAADPLSND ALFK

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分子 #5: 60S ribosomal protein L8-A

分子名称: 60S ribosomal protein L8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 28.17582 KDa
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MAPGKKVAPA PFGAKSTKSN KTRNPLTHST PKNFGIGQAV QPKRNLSRYV KWPEYVRVQR QKKILSIRLK VPPTIAQFQY TLDRNTAAE TFKLFNKYRP ETAAEKKERL TKEAAAVAEG KSKQDASPKP YAVKYGLNHV VALIENKKAK LVLIANDVDP I ELVVFLPA LCKKMGVPYA IVKGKARLGT LVNQKTSAVA ALTEVRAEDE AALAKLVSTI DANFADKYDE VKKHWGGGIL GN KAQAKMD KRAKNSDSA

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分子 #6: Nucleolar complex-associated protein 3

分子名称: Nucleolar complex-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 75.689008 KDa
配列文字列: MAKRNRSQFR IQERTAKKRK HEDSLLEGNV FQNAPEDMDE NTIYSAKGSS WDEEEQDYEM VPRKNRSDTS NLVEGLPIKV NGKVERKLH KAQEKPKDDD EEDEDSNDSS EDDEGPNEEQ EAEAKEDEPD TEEKILQLKE DIADLVTKVM EEPEENTAAL G RLCKMVES ...文字列:
MAKRNRSQFR IQERTAKKRK HEDSLLEGNV FQNAPEDMDE NTIYSAKGSS WDEEEQDYEM VPRKNRSDTS NLVEGLPIKV NGKVERKLH KAQEKPKDDD EEDEDSNDSS EDDEGPNEEQ EAEAKEDEPD TEEKILQLKE DIADLVTKVM EEPEENTAAL G RLCKMVES KNPNTCKFSM LALVPVFKSI IPGYRIRPLT ETEKKEKVSK EVSKLRNFEQ ALVYNYKNYV GRLQSLSKTP SN AAPIQVS LGILATQAAK ELISTASHFN FRTDIFTLLL RRICKPRIST DPTSIQIIQT FETLLNEDEE GSISFEILRI FNK ILKTRN FNIEESVLNM LLSLDVLHDY DPNTKLKGNV SAPKLKKKDR VHLSKKQRKA RKEMQQIEEE MRNAEQAVSA EERE RNQSE ILKIVFTIYL NILKNNAKTL IGSVLEGLTK FGNMANFDLL GDFLEVMKEL ISDTEFDNLS SAEVRKALLC IVSAF SLIS NTQYMKVNVD LSKFVDGLYA LLPYICLDAD IELSYRSLRL ADPLNNEIIK PSVNVSTKAE LLLKALDHVF FRSKSG TKE RATAFTKRLY MCISHTPEKT SIAILKFIDK LMNRYPEISG LYSSEDRIGN GHFIMEADNP SRSNPEAATL WDNALLE KH YCPVVTKGLR SLSSRSKECS K

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分子 #7: rRNA-processing protein EBP2

分子名称: rRNA-processing protein EBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 49.842613 KDa
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MAKGFKLKEL LSHQKEIEKA EKLENDLKKK KSQELKKEEP TIVTASNLKK LEKKEKKADV KKEVAADTEE YQSQALSKKE KRKLKKELK KMQEQDATEA QKHMSGDEDE SGDDREEEEE EEEEEEGRLD LEKLAKSDSE SEDDSESEND SEEDEDVVAK E ESEEKEEQ EEEQDVPLSD VEFDSDADVV PHHKLTVNNT KAMKHALERV QLPWKKHSFQ EHQSVTSETN TDEHIKDIYD DT ERELAFY KQSLDAVLVA RDELKRLKVP FKRPLDYFAE MVKSDEHMDK IKGKLIEEAS DKKAREEARR QRQLKKFGKQ VQN ATLQKR QLEKRETLEK IKSLKNKRKH NEIDHSEFNV GVEEEVEGKR FDRGRPNGKR AAKNAKYGQG GMKRFKRKND ATSS ADVSG FSSRKMKGKT NRPGKSRRAR RF

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分子 #8: 60S ribosomal protein L15-A

分子名称: 60S ribosomal protein L15-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 24.482357 KDa
配列文字列: MGAYKYLEEL QRKKQSDVLR FLQRVRVWEY RQKNVIHRAA RPTRPDKARR LGYKAKQGFV IYRVRVRRGN RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NELKYQRSLR ATAEERVGRR AANLRVLNSY WVNQDSTYKY FEVILVDPQH KAIRRDARYN WICDPVHKHR E ARGLTATG ...文字列:
MGAYKYLEEL QRKKQSDVLR FLQRVRVWEY RQKNVIHRAA RPTRPDKARR LGYKAKQGFV IYRVRVRRGN RKRPVPKGAT YGKPTNQGV NELKYQRSLR ATAEERVGRR AANLRVLNSY WVNQDSTYKY FEVILVDPQH KAIRRDARYN WICDPVHKHR E ARGLTATG KKSRGINKGH KFNNTKAGRR KTWKRQNTLS LWRYRK

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分子 #9: 60S ribosomal protein L34-A

分子名称: 60S ribosomal protein L34-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 13.673196 KDa
配列文字列:
MAQRVTFRRR NPYNTRSNKI KVVKTPGGIL RAQHVKKLAT RPKCGDCGSA LQGISTLRPR QYATVSKTHK TVSRAYGGSR CANCVKERI IRAFLIEEQK IVKKVVKEQT EAAKKSEKKA KK

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分子 #10: 60S ribosomal protein L36-A

分子名称: 60S ribosomal protein L36-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 11.151259 KDa
配列文字列:
MTVKTGIAIG LNKGKKVTSM TPAPKISYKK GAASNRTKFV RSLVREIAGL SPYERRLIDL IRNSGEKRAR KVAKKRLGSF TRAKAKVEE MNNIIAASRR H

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分子 #11: 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7

分子名称: 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 20.411699 KDa
配列文字列:
MRQLTEEETK VVFEKLAGYI GRNISFLVDN KELPHVFRLQ KDRVYYVPDH VAKLATSVAR PNLMSLGICL GKFTKTGKFR LHITSLTVL AKHAKYKIWI KPNGEMPFLY GNHVLKAHVG KMSDDIPEHA GVIVFAMNDV PLGFGVSAKS TSESRNMQPT G IVAFRQAD IGEYLRDEDT LFT

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分子 #12: Ribosome biogenesis protein ERB1

分子名称: Ribosome biogenesis protein ERB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 91.830609 KDa
配列文字列: MMAKNNKTTE AKMSKKRAAS EESDVEEDED KLLSVDGLID AEASESDEDD DEYESAVEEK ESSSDKEAQD DSDDDSDAEL NKLLAEEEG DGEEDYDSSE FSDDTTSLTD RLSGVKLQTI VDPNIYSKYA DGSDRIIKPE INPVYDSDDS DAETQNTIGN I PLSAYDEM ...文字列:
MMAKNNKTTE AKMSKKRAAS EESDVEEDED KLLSVDGLID AEASESDEDD DEYESAVEEK ESSSDKEAQD DSDDDSDAEL NKLLAEEEG DGEEDYDSSE FSDDTTSLTD RLSGVKLQTI VDPNIYSKYA DGSDRIIKPE INPVYDSDDS DAETQNTIGN I PLSAYDEM PHIGYDINGK RIMRPAKGSA LDQLLDSIEL PEGWTGLLDK NSGSSLNLTK EELELISKIQ RNEQTDDSIN PY EPLIDWF TRHEEVMPLT AVPEPKRRFV PSKNEAKRVM KIVRAIREGR IIPPKKLKEM KEKEKIENYQ YDLWGDSTET NDH VMHLRA PKLPPPTNEE SYNPPEEYLL SPEEKEAWEN TEYSERERNF IPQKYSALRK VPGYGESIRE RFERSLDLYL APRV RKNKL NIDPNSLIPE LPSPKDLRPF PIRCSTIYAG HKGKVRTLSI DPSGLWLATG SDDGTVRVWE ILTGREVYRT TLIDD EENP DYHIECIEWN PDANNGILAV AVGENIHLIV PPIFGYDIEN NGKTKIEDGF GYDTFGTVKK SNLEVNENGD GDEDGE NES AKNAVKKQVA QWNKPSQKQL EKDICITISC KKTVKKLSWH RKGDYFVTVQ PDSGNTSVLI HQVSKHLTQS PFKKSKG II MDAKFHPFKP QLFVCSQRYV RIYDLSQQIL VKKLLPGARW LSKIDIHPRG DNLIASSFDK RVLWHDLDLA STPYKTLR Y HEKAVRSVNF HKKLPLFSSA ADDGTIHVFH ATVYDDMMKN PMIVPLKKLT GHKVINSLGV LDAIWHPREA WLFSAGADN TARLWTT

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分子 #13: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

分子名称: 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 25S rRNA (cytosine2870-C5)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 69.912164 KDa
配列文字列: MGSRRHKNKQ AAPPTLEEFQ ARKEKKANRK LEKGKRPSTT QGDEVSDRKK KKSKPFKKSR KEEEEVVEED KDLPEVDLEE LSKARKSLF DDEEDDDEAG LVDEELKDEF DLEQEYDYDE DEDNDAHPIF SDDDDEADLE ELNAQNMEAL SKKLDEEEAE E AEEAEMEL ...文字列:
MGSRRHKNKQ AAPPTLEEFQ ARKEKKANRK LEKGKRPSTT QGDEVSDRKK KKSKPFKKSR KEEEEVVEED KDLPEVDLEE LSKARKSLF DDEEDDDEAG LVDEELKDEF DLEQEYDYDE DEDNDAHPIF SDDDDEADLE ELNAQNMEAL SKKLDEEEAE E AEEAEMEL VEAENMQPRA DILPTEEQEE MMAQETPNLT STRTRMIEIV KVLENFKTLG AEGRSRGEYV DRLLKDICEY FG YTPFLAE KLFNLFSPAE AMEFFEANEI ARPITIRTNT LKTRRRDLAQ TLVNRGVNLQ PIGSWTKVGL QIFDSQVPIG ATP EYLAGH YILQAASSFL PVIALDPHEN ERILDMAAAP GGKTTYISAM MKNTGCVFAN DANKSRTKSL IANIHRLGCT NTIV CNYDA REFPKVIGGF DRILLDAPCS GTGVIGKDQS VKVSRTEKDF IQIPHLQKQL LLSAIDSVDC NSKHGGVIVY STCSV AVEE DEAVIDYALR KRPNVKLVDT GLAIGKEAFT SYRGKKFHPS VKLARRYYPH TYNVDGFFVA KFQKIGPSSF DDNQAS AKE KETAARKEAL EEGIIHSDFA TFEDEEDDKY IEKSVKNNLL KKGVNPKAKR PSNEK

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分子 #14: Ribosome biogenesis protein NSA2

分子名称: Ribosome biogenesis protein NSA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 29.786783 KDa
配列文字列: MPQNDYIERH IKQHGKRLDH EERKRKREAR ESHKISERAQ KLTGWKGKQF AKKRYAEKVS MRKKIKAHEQ SKVKGSSKPL DTDGDALPT YLLDREQNNT AKAISSSIKQ KRLEKADKFS VPLPKVRGIS EEEMFKVIKT GKSRSKSWKR MITKHTFVGE G FTRRPVKM ...文字列:
MPQNDYIERH IKQHGKRLDH EERKRKREAR ESHKISERAQ KLTGWKGKQF AKKRYAEKVS MRKKIKAHEQ SKVKGSSKPL DTDGDALPT YLLDREQNNT AKAISSSIKQ KRLEKADKFS VPLPKVRGIS EEEMFKVIKT GKSRSKSWKR MITKHTFVGE G FTRRPVKM ERIIRPSALR QKKANVTHPE LGVTVFLPIL AVKKNPQSPM YTQLGVLTKG TIIEVNVSEL GMVTAGGKVV WG KYAQVTN EPDRDGCVNA VLLV

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分子 #15: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase

分子名称: 27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 27S pre-rRNA (guanosine2922-2'-O)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 96.656172 KDa
配列文字列: MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK ...文字列:
MGKTQKKNSK GRLDRYYYLA KEKGYRARSS FKIIQINEKY GHFLEKSKVV IDLCAAPGSW CQVASKLCPV NSLIIGVDIV PMKPMPNVI TFQSDITTED CRSKLRGYMK TWKADTVLHD GAPNVGLGWV QDAFTQSQLT LQALKLAVEN LVVNGTFVTK I FRSKDYNK LIWVFQQLFE KVEATKPPAS RNVSAEIFVV CKGFKAPKRL DPRLLDPKEV FEELPDGQQN MESKIYNPEK KV RKRQGYE EGDNLLYHET SILDFVRTED PISMLGEMNK FTIDENDHEW KILKKLKQTT DEFRSCIEDL KVLGKKDFKM ILR WRKIAR EILGIEVKDD AKTEIEVVPL TEEEQIEKDL QGLQEKQRLN VKRERRRKNE MKQKELQRMQ MNMITPTDIG IEAA SLGKE SLFNLKTAEK TGILNDLAKG KKRMIFTDDE LAKDNDIYID ENIMIKDKDS AADADDLESE LNAMYSDYKT RRSER DAKF RAKQARGGDN EEEWTGFNEG SLEKKEEEGK DYIEDNDDEG VEGDSDDDEA ITNLISKLKG QEGDHKLSSK ARMIFN DPI FNNVEPDLPV NTVNDGIMSS ESVGDISKLN KKRKHEEMHQ KQDEADSSDE SSSDDSDFEI VANDNASEEF DSDYDSE EE KNQTKKEKHS RDIDIATVEA MTLAHQLALG QKNKHDLVDE GFNRYTFRDT ENLPDWFLED EKEHSKINKP ITKEAAMA I KEKIKAMNAR PIKKVAEAKA RKRMRAVARL EKIKKKAGLI NDDSDKTEKD KAEEISRLMR KVTKKPKTKP KVTLVVASG RNKGLAGRPK GVKGKYKMVD GVMKNEQRAL RRIAKKHHKK K

+
分子 #16: RRP17 isoform 1

分子名称: RRP17 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / 株: BY4741
分子量理論値: 1.082234 KDa
配列文字列:
YLTKNERR

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMCH2[CH2NHC9CH20H03]2Bis-Tris-Propane
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
1.0 mMC9H15O6PHClTCEP
0.01 % (w/v)NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.30000000000000004 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4523 / 平均露光時間: 0.05 sec. / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 825096
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3891

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 118000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 198000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6elz

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7r6k:
State E2 nucleolar 60S ribosomal intermediate - Model for Noc2/Noc3 region

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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