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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23222 | |||||||||
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タイトル | Designed tetrahedral nanoparticle T33-31 presenting BG505 SOSIP trimers | |||||||||
マップデータ | BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Main map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Antanasijevic A / Sewall LM / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward / 要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23222.map.gz | 502.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23222-v30.xml emd-23222.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23222_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23222.png | 279.8 KB | ||
マスクデータ | emd_23222_msk_1.map | 536.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23222_half_map_1.map.gz emd_23222_half_map_2.map.gz | 432.2 MB 432.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23222 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7l85MC 7l7tC 7l7uC 7l86C 7l87C 7l88C 7l89C 7l8aC 7l8bC 7l8cC 7l8dC 7l8eC 7l8fC 7l8gC 7l8sC 7l8tC 7l8uC 7l8wC 7l8xC 7l8yC 7l8zC 7l90C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23222_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Half-map 1
ファイル | emd_23222_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Half-map 2
ファイル | emd_23222_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle - Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33-31
全体 | 名称: Designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33-31 |
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要素 |
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-超分子 #1: Designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33-31
超分子 | 名称: Designed tetrahedral nanoparticle BG505 SOSIP-T33-31 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The map was generated by focused refinement of BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle dataset using a mask around the T33-31 nanoparticle core (masking out the flexibly linked antigens). |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 / 組換プラスミド: pPPI4 |
-分子 #1: BG505 SOSIP-T33-31B
分子 | 名称: BG505 SOSIP-T33-31B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 13.679698 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSVRGIRGAI TVEEDTPAAI LAATIELLLK MLEANGIQSY EELAAVIFTV TEDLTSAFPA EAARLIGMHR VPLLSAREVP VPGSLPRVI RVLALWNTDT PQDRVRHVYL NEAVRLRPDL ESAQLE |
-分子 #2: BG505 SOSIP-T33-31A
分子 | 名称: BG505 SOSIP-T33-31A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 11.698429 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GGEEVVLITV PSALVAVKIA HALVEERLAA CVNIVPGLTS IYREEGSVVS DHELLLLVKT TTDAFPKLKE RVKELHPYEV PEIVALPIA EGNREYLDWL RENTGLE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds.. | |||||||||
詳細 | BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle was prepared by combining equimolar amounts of BG505 SOSIP-T33-31A and BG505 SOSIP-T33-31B components that were expressed separately. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-41 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1751 / 平均露光時間: 10.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |