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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22907 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike bound to Nb6 in closed conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM ...Schoof MS / Faust BF / Saunders RA / Sangwan S / Rezelj V / Hoppe N / Boone M / Billesboelle CB / Puchades C / Azumaya CM / Kratochvil HT / Zimanyi M / Desphande I / Liang J / Dickinson S / Nguyen HC / Chio CM / Merz GE / Thompson MC / Diwanji D / Schaefer K / Anand AA / Dobzinski N / Zha BS / Simoneau CR / Leon K / White KM / Chio US / Gupta M / Jin M / Li F / Liu Y / Zhang K / Bulkley D / Sun M / Smith AM / Rizo AN / Moss F / Brilot AF / Pourmal S / Trenker R / Pospiech T / Gupta S / Barsi-Rhyne B / Belyy V / Barile-Hill AW / Nock S / Krogan NJ / Ralston CY / Swaney DL / Garcia-Sastre A / Ott M / Vignuzzi M / Walter P / Manglik A / QCRG Structural Biology Consortium | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: An ultrapotent synthetic nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by stabilizing inactive Spike. 著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T ...著者: Michael Schoof / Bryan Faust / Reuben A Saunders / Smriti Sangwan / Veronica Rezelj / Nick Hoppe / Morgane Boone / Christian B Billesbølle / Cristina Puchades / Caleigh M Azumaya / Huong T Kratochvil / Marcell Zimanyi / Ishan Deshpande / Jiahao Liang / Sasha Dickinson / Henry C Nguyen / Cynthia M Chio / Gregory E Merz / Michael C Thompson / Devan Diwanji / Kaitlin Schaefer / Aditya A Anand / Niv Dobzinski / Beth Shoshana Zha / Camille R Simoneau / Kristoffer Leon / Kris M White / Un Seng Chio / Meghna Gupta / Mingliang Jin / Fei Li / Yanxin Liu / Kaihua Zhang / David Bulkley / Ming Sun / Amber M Smith / Alexandrea N Rizo / Frank Moss / Axel F Brilot / Sergei Pourmal / Raphael Trenker / Thomas Pospiech / Sayan Gupta / Benjamin Barsi-Rhyne / Vladislav Belyy / Andrew W Barile-Hill / Silke Nock / Yuwei Liu / Nevan J Krogan / Corie Y Ralston / Danielle L Swaney / Adolfo García-Sastre / Melanie Ott / Marco Vignuzzi / / Peter Walter / Aashish Manglik / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus enters host cells via an interaction between its Spike protein and the host cell receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). By screening a yeast surface-displayed library of synthetic nanobody sequences, we developed nanobodies that disrupt the interaction between Spike and ACE2. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) revealed that one nanobody, Nb6, binds Spike in a fully inactive conformation with its receptor binding domains locked into their inaccessible down state, incapable of binding ACE2. Affinity maturation and structure-guided design of multivalency yielded a trivalent nanobody, mNb6-tri, with femtomolar affinity for Spike and picomolar neutralization of SARS-CoV-2 infection. mNb6-tri retains function after aerosolization, lyophilization, and heat treatment, which enables aerosol-mediated delivery of this potent neutralizer directly to the airway epithelia. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22907.map.gz | 475.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22907-v30.xml emd-22907.xml | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22907.png | 90 KB | ||
その他 | emd_22907_half_map_1.map.gz emd_22907_half_map_2.map.gz | 67.1 MB 67.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22907 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22907_validation.pdf.gz | 724 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22907_full_validation.pdf.gz | 723.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22907_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22907_validation.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_22907_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_22907_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb6
全体 | 名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb6
超分子 | 名称: Complex of Spike S2P glycoprotein with synthetic nanobody Nb6 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: Spike S2P glycoprotein
超分子 | 名称: Spike S2P glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 組換細胞: ExpiCHO |
-超分子 #3: synthetic nanobody Nb6
超分子 | 名称: synthetic nanobody Nb6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: Synthetic nanobody Nb6
分子 | 名称: Synthetic nanobody Nb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.696166 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGIIFG RNAMGWYRQA PGKERELVAG ITRRGSITYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCAAD PASPAPGDYW GQGTQVTVSS |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 5317 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |