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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22715 | |||||||||
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タイトル | nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464 | |||||||||
マップデータ | nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ward AB / Antanasijevic A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2021 タイトル: Immunofocusing and enhancing autologous Tier-2 HIV-1 neutralization by displaying Env trimers on two-component protein nanoparticles. 著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Marlon de Gast / Joel D Allen / Tom P L Bijl / Anila Yasmeen / Rashmi Ravichandran / Judith A Burger / Gabriel Ozorowski / Jonathan L Torres / ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Marlon de Gast / Joel D Allen / Tom P L Bijl / Anila Yasmeen / Rashmi Ravichandran / Judith A Burger / Gabriel Ozorowski / Jonathan L Torres / Celia LaBranche / David C Montefiori / Rajesh P Ringe / Marit J van Gils / John P Moore / Per Johan Klasse / Max Crispin / Neil P King / Andrew B Ward / Rogier W Sanders / 要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein trimer is poorly immunogenic because it is covered by a dense glycan shield. As a result, recombinant Env glycoproteins generally elicit inadequate antibody levels ...The HIV-1 envelope glycoprotein trimer is poorly immunogenic because it is covered by a dense glycan shield. As a result, recombinant Env glycoproteins generally elicit inadequate antibody levels that neutralize clinically relevant, neutralization-resistant (Tier-2) HIV-1 strains. Multivalent antigen presentation on nanoparticles is an established strategy to increase vaccine-driven immune responses. However, due to nanoparticle instability in vivo, the display of non-native Env structures, and the inaccessibility of many neutralizing antibody (NAb) epitopes, the effects of nanoparticle display are generally modest for Env trimers. Here, we generate two-component self-assembling protein nanoparticles presenting twenty SOSIP trimers of the clade C Tier-2 genotype 16055. We show in a rabbit immunization study that these nanoparticles induce 60-fold higher autologous Tier-2 NAb titers than the corresponding SOSIP trimers. Epitope mapping studies reveal that the presentation of 16055 SOSIP trimers on these nanoparticle focuses antibody responses to an immunodominant apical epitope. Thus, these nanoparticles are a promising platform to improve the immunogenicity of Env trimers with apex-proximate NAb epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22715.map.gz | 33 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22715-v30.xml emd-22715.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22715.png | 45.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22715 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polycl...
全体 | 名称: nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464 (Week 22) |
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要素 |
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-超分子 #1: nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polycl...
超分子 | 名称: nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464 (Week 22) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer, pH 7.4 | |||||||||
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate 詳細: Sample diluted to 0.05 mg/mL. 3 uL was applied onto the grid, blotted off, and then stained with 2% uranyl formate for 60 seconds. | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
詳細 | 16055 SOSIP.v8.3 was complexed with the purified polyclonal Fab overnight. The complex was purified using SEC and concentrated. The complex was then diluted in TBS to 0.05mg/ml to be loaded onto an imaging grid. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 62000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 97366 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Negative Stain EM map of SOSIP trimer |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 69539 |
-原子モデル構築 1
詳細 | No fitting was performed |
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