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- EMDB-22456: Structure of the NaCT-PF2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22456
タイトルStructure of the NaCT-PF2 complex
マップデータ
試料Dimer of NaCT in complex with PF2:
Solute carrier family 13 member 5 / (ligandリガンド) x 3
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / sodium:dicarboxylate symporter activity / succinate transmembrane transporter activity / anion transmembrane transport / integral component of membrane / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質
Sodium/sulphate symporter, conserved site / Solute carrier family 13
Solute carrier family 13 member 5
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Sauer DB / Wang B / Song J / Rice WJ / Wang DN
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS108151 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121994 米国
American Cancer Society129844-PF-17-135-01-TBE 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-16-1-0153 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
TESS Research Foundation 米国
American Epilepsy Society 米国
引用ジャーナル: Nature / : 2021
タイトル: Structure and inhibition mechanism of the human citrate transporter NaCT.
著者: David B Sauer / Jinmei Song / Bing Wang / Jacob K Hilton / Nathan K Karpowich / Joseph A Mindell / William J Rice / Da-Neng Wang /
要旨: Citrate is best known as an intermediate in the tricarboxylic acid cycle of the cell. In addition to this essential role in energy metabolism, the tricarboxylate anion also acts as both a precursor ...Citrate is best known as an intermediate in the tricarboxylic acid cycle of the cell. In addition to this essential role in energy metabolism, the tricarboxylate anion also acts as both a precursor and a regulator of fatty acid synthesis. Thus, the rate of fatty acid synthesis correlates directly with the cytosolic concentration of citrate. Liver cells import citrate through the sodium-dependent citrate transporter NaCT (encoded by SLC13A5) and, as a consequence, this protein is a potential target for anti-obesity drugs. Here, to understand the structural basis of its inhibition mechanism, we determined cryo-electron microscopy structures of human NaCT in complexes with citrate or a small-molecule inhibitor. These structures reveal how the inhibitor-which binds to the same site as citrate-arrests the transport cycle of NaCT. The NaCT-inhibitor structure also explains why the compound selectively inhibits NaCT over two homologous human dicarboxylate transporters, and suggests ways to further improve the affinity and selectivity. Finally, the NaCT structures provide a framework for understanding how various mutations abolish the transport activity of NaCT in the brain and thereby cause epilepsy associated with mutations in SLC13A5 in newborns (which is known as SLC13A5-epilepsy).
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年3月10日-
現状2021年3月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jsj
  • 表面レベル: 11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22456.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度
表面レベル登録者による: 10.1 / ムービー #1: 11
最小 - 最大-34.530888 - 61.730637
平均 (標準偏差)-4.6668194e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.900321.900321.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ410410410
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-34.53161.731-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Dimer of NaCT in complex with PF2

全体名称: Dimer of NaCT in complex with PF2 / 構成要素数: 5

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構成要素 #1: 細胞要素, Dimer of NaCT in complex with PF2

細胞要素名称: Dimer of NaCT in complex with PF2 / 組換発現: No
分子量実験値: 125 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #2: タンパク質, Solute carrier family 13 member 5

タンパク質名称: Solute carrier family 13 member 5 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.110812 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
構成要素 #3: リガンド, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

リガンド名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.221208 kDa

+
構成要素 #4: リガンド, (2R)-2-[2-(4-tert-butylphenyl)ethyl]-2-hydroxybutanedioic acid

リガンド名称: (2R)-2-[2-(4-tert-butylphenyl)ethyl]-2-hydroxybutanedioic acid
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.294343 kDa

+
構成要素 #5: リガンド, SODIUM ION

リガンド名称: SODIUM IONナトリウム / 個数: 4 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.29905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277.15 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 69.42 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 22500 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1300.0 - 2300.0 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 600496
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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