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万見
- EMDB-22447: Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22447
タイトルPlant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata
マップデータPlant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata
試料
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex IV
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb ...Cytochrome c oxidase subunit 5c / Protein of unknown function DUF1138 / Protein of unknown function (DUF1138) / Predicted cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
uncharacterized protein LOC106757297 / uncharacterized protein LOC106759053 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5C / uncharacterized protein LOC106772338 / cytochrome c oxidase subunit 6b-1
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ) / Mung bean (リョクトウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Maldonado M / Letts JA
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Atomic structures of respiratory complex III, complex IV, and supercomplex III-IV from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes ...Mitochondrial complex III (CIII) and complex IV (CIV), which can associate into a higher-order supercomplex (SC III+IV), play key roles in respiration. However, structures of these plant complexes remain unknown. We present atomic models of CIII, CIV, and SC III+IV from determined by single-particle cryoEM. The structures reveal plant-specific differences in the MPP domain of CIII and define the subunit composition of CIV. Conformational heterogeneity analysis of CIII revealed long-range, coordinated movements across the complex, as well as the motion of CIII's iron-sulfur head domain. The CIV structure suggests that, in plants, proton translocation does not occur via the H channel. The supercomplex interface differs significantly from that in yeast and bacteria in its interacting subunits, angle of approach and limited interactions in the mitochondrial matrix. These structures challenge long-standing assumptions about the plant complexes and generate new mechanistic hypotheses.
履歴
登録2020年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年2月3日-
現状2021年2月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jro
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22447.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.056330264 - 0.07118392
平均 (標準偏差)-2.6365628e-06 (±0.0016525936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.833199218750.833199218750.83319921875
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.598426.598426.598
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0560.071-0.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_22447_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata. Half map 1.

ファイルemd_22447_half_map_1.map
注釈Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata. Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata. Half map 2.

ファイルemd_22447_half_map_2.map
注釈Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata. Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Mitochondrial Respiratory Complex IV

全体名称: Mitochondrial Respiratory Complex IV
要素
  • 複合体: Mitochondrial Respiratory Complex IV
    • タンパク質・ペプチド: COX1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COX3
    • タンパク質・ペプチド: COX4
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrialシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c oxidase subunit 6b-1シトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5Cシトクロムcオキシダーゼ
    • タンパク質・ペプチド: COX7a
    • タンパク質・ペプチド: COX7c
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: LYSINEリシン

+
超分子 #1: Mitochondrial Respiratory Complex IV

超分子名称: Mitochondrial Respiratory Complex IV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ) / 組織: hypocotyl / Organelle: mitochondria
分子量理論値: 485 KDa

+
分子 #1: COX1

分子名称: COX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 57.960559 KDa
配列文字列: MTNPVRWLFS TNHKDIGTLY FIFGAIAGVM GTCFSVLIRM ELARPGDQIL GGNHQLYNVL ITAHAFLMIF FMVMPAMIGG FGNWFVPIL IGAPDMAFPR LNNISFWLLP PSLLLLLSSA LVEVGSGTGW TVYPPLSGIT SHSGGAVDLA IFSLHLSGVS S ILGSINFI ...文字列:
MTNPVRWLFS TNHKDIGTLY FIFGAIAGVM GTCFSVLIRM ELARPGDQIL GGNHQLYNVL ITAHAFLMIF FMVMPAMIGG FGNWFVPIL IGAPDMAFPR LNNISFWLLP PSLLLLLSSA LVEVGSGTGW TVYPPLSGIT SHSGGAVDLA IFSLHLSGVS S ILGSINFI TTIFNMRGPG MTMHRSPLFV WSVLVTAFLL LLSLPVLAGA ITMLLTDRNF NTTFFDPAGG GDPILYQHLF WF FGHPEVY ILILPGFGII SHIVSTFSGK PVFGYLGMVY AMISIGVLGF LVWAHHMFTV GLDVDTRAYF TAATMIIAVP TGI KIFSWI ATMWGGSIQY KTPMLFAVGF IFLFTIGGLT GIVLANSGLD IALHDTYYVV AHFHYVLSMG AVFALFAGFY YWVG KIFGR TYPETLGQIH FWITFFGVNL TFFPMHFLGL SGMPRRIPDY PDAYAGWNAL SSFGSYISVV GICCFFVVVT ITSTS GNNI TRANIPWAVE QNSTTLEWLV QSPPAFHTFG ELPAIKETKS YVK

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 28.391602 KDa
配列文字列: MCGGFPAISF CDAPEPWQLG FQDAATPIMQ GIMDLHHDIF FFLVQIAVFV LWVLSRALWC FRSKISPIPQ RIVHGTTIEI LWTIFPSII LMFIAIPSFT LLYSMDDVVV DPAITIKAIG HQWYWSYEYS DYNNSDEQSL AFDSYMVPED DLELGQLRLL E VDNRVVVP ...文字列:
MCGGFPAISF CDAPEPWQLG FQDAATPIMQ GIMDLHHDIF FFLVQIAVFV LWVLSRALWC FRSKISPIPQ RIVHGTTIEI LWTIFPSII LMFIAIPSFT LLYSMDDVVV DPAITIKAIG HQWYWSYEYS DYNNSDEQSL AFDSYMVPED DLELGQLRLL E VDNRVVVP AKTHLRVLIT SADVLHSWAV PSLGVKCDAV PGRLNQISTF IQREGVYYGQ CSEICGTNHA FMPIVVEAVS TK DYGSWVS NQIQ

+
分子 #3: COX3

分子名称: COX3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 29.967893 KDa
配列文字列: MIESQRHSYH LVDPSPWPIS GSLGALATTV GGVMYMHSFQ GGATLLSLGL IFILYTMFVW WRDVLRESTL EGHHTKVVQL GLRYGFILF IVSEVMFLFA FFWAFFHSSL APTVEIGGIW PPLGIWVLDP WEIPFLNTLI LLSSGAAVTW AHHAILAGKE K RAVYALVA ...文字列:
MIESQRHSYH LVDPSPWPIS GSLGALATTV GGVMYMHSFQ GGATLLSLGL IFILYTMFVW WRDVLRESTL EGHHTKVVQL GLRYGFILF IVSEVMFLFA FFWAFFHSSL APTVEIGGIW PPLGIWVLDP WEIPFLNTLI LLSSGAAVTW AHHAILAGKE K RAVYALVA TVLLALVFTG FQGMEYYQAP FTISDSIYGS TFFLATGFHG FHVIIGTLFL IICGIRQYLG HLTKEHHVGF EA AAWYWHF VDVVWLFLFV SIYWWGGI

+
分子 #4: COX4

分子名称: COX4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 8.81102 KDa
配列文字列:
MSTKYIVSAI LGSFGIAWVC DYYVSEKKIF GGSTPGTITN KEWGEETDKK FQAWPRTAGP PVVVNPITRQ NFVVKSRSE

+
分子 #5: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 5b-2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 16.694705 KDa
配列文字列:
MLRRFLSHSN LRSLHTALSP SRPRFAAPLL TRHVTAQSGA SSVRKRVEDV VPIATGHERE EIQASLEGRD ILEINHPEGP FGTKEAPAI VKSYFDRRIV GCPGGEGEDE HDVVWFWLEN GKPHECPVCS QYFELKVVGP GGDPYGHGDH H

+
分子 #6: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 6a, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 11.225671 KDa
配列文字列:
MATSLVRSGF LRTALRGGAR GSQVPKRNFS SAGHHDDAYE TAKWEKITYL GIVSCTGLAI YNLSKGHPHT EEPPAYPYLH IRNKEFPWG PDGLFETKKH H

+
分子 #7: cytochrome c oxidase subunit 6b-1

分子名称: cytochrome c oxidase subunit 6b-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 20.018635 KDa
配列文字列:
MAETAANKSQ SLAEEYHVSD KQEKTAVVEK PVEVKEVENP QEAGSVEAVV EKIVEETTPV APAVAQESSE VSPPPAEESA EESTEEQSS GNVEDNSGNE DAAEKTPEIK LETAPADFRF PTTNQTRHCF TRYIEYHRCV AAKGEGASEC DKFAKYYRSL C PGEWIDRW NEQRENGTFP GPL

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 5C

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 7.120326 KDa
配列文字列:
MAGPRIAHAT LKGPSVVKEI IIGITLGLAA GSVWKMHHWN EQRKIRTFYD LLEKGEIGVV VDEQ

+
分子 #9: COX7a

分子名称: COX7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 7.622931 KDa
配列文字列:
MSEPPFRPRE KLIEKQKHFQ SVHKHTYLKG PYDKITSVAI PLALAASSLY LIGRGIYNMS HGIGKKE

+
分子 #10: COX7c

分子名称: COX7c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mung bean (リョクトウ)
分子量理論値: 10.505158 KDa
配列文字列:
MAFNNALRSA AKLIASSESS ISTSVSRGFH STPMKRMGGG HGHDEPYYIH AKHMYNLDRM KHRGLKMSLA VFSAFSIGVA VPVYAVIFQ QKKTASA

+
分子 #11: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A / Heme A

+
分子 #12: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #14: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #15: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 17 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da

+
分子 #16: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #17: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #19: LYSINE

分子名称: LYSINE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: LYS
分子量理論値: 147.195 Da
Chemical component information

ChemComp-LYS:
LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸
0.2 %digitoninジギトニン
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細This sample was monodisperse on size exclusion chromatography but was a mixture of different mitochondrial respiratory complexes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 60010 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 86.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150000000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model generation
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 29348
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6q9e

,

5b1a

)
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 67 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7jro:
Plant Mitochondrial complex IV from Vigna radiata

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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