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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21920 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex | |||||||||
マップデータ | Bacillus subtilis RNAP Elongation Complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) / Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Newing T / Tolun G / Oakley AJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Molecular basis for RNA polymerase-dependent transcription complex recycling by the helicase-like motor protein HelD. 著者: Timothy P Newing / Aaron J Oakley / Michael Miller / Catherine J Dawson / Simon H J Brown / James C Bouwer / Gökhan Tolun / Peter J Lewis / 要旨: In bacteria, transcription complexes stalled on DNA represent a major source of roadblocks for the DNA replication machinery that must be removed in order to prevent damaging collisions. Gram- ...In bacteria, transcription complexes stalled on DNA represent a major source of roadblocks for the DNA replication machinery that must be removed in order to prevent damaging collisions. Gram-positive bacteria contain a transcription factor HelD that is able to remove and recycle stalled complexes, but it was not known how it performed this function. Here, using single particle cryo-electron microscopy, we have determined the structures of Bacillus subtilis RNA polymerase (RNAP) elongation and HelD complexes, enabling analysis of the conformational changes that occur in RNAP driven by HelD interaction. HelD has a 2-armed structure which penetrates deep into the primary and secondary channels of RNA polymerase. One arm removes nucleic acids from the active site, and the other induces a large conformational change in the primary channel leading to removal and recycling of the stalled polymerase, representing a novel mechanism for recycling transcription complexes in bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21920.map.gz | 18.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21920-v30.xml emd-21920.xml | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21920_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21920.png | 46.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21920 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wvjMC 6wvkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11051 (タイトル: Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex Data size: 2.3 TB Data #1: Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis RNAP Elongation Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : DNA-directed RNA polymerase elongation complex
+超分子 #1: DNA-directed RNA polymerase elongation complex
+超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha, DNA-directed RNA polym...
+超分子 #3: DNA, RNA
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*...
+分子 #7: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
+分子 #6: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.50 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5185 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 52.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6wvj: |