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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21903 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the LaINDY-malate complex | |||||||||||||||
マップデータ | LaINDY-malate complex | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Citrate carrier CitT-related / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13 / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / DASS family sodium-coupled anion symporter / 2-oxoglutarate-malate translocator 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sauer DB / Marden JJ | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the reaction cycle of DASS dicarboxylate transporters. 著者: David B Sauer / Noah Trebesch / Jennifer J Marden / Nicolette Cocco / Jinmei Song / Akiko Koide / Shohei Koide / Emad Tajkhorshid / Da-Neng Wang / 要旨: Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the ...Citrate, α-ketoglutarate and succinate are TCA cycle intermediates that also play essential roles in metabolic signaling and cellular regulation. These di- and tricarboxylates are imported into the cell by the divalent anion sodium symporter (DASS) family of plasma membrane transporters, which contains both cotransporters and exchangers. While DASS proteins transport substrates via an elevator mechanism, to date structures are only available for a single DASS cotransporter protein in a substrate-bound, inward-facing state. We report multiple cryo-EM and X-ray structures in four different states, including three hitherto unseen states, along with molecular dynamics simulations, of both a cotransporter and an exchanger. Comparison of these outward- and inward-facing structures reveal how the transport domain translates and rotates within the framework of the scaffold domain through the transport cycle. Additionally, we propose that DASS transporters ensure substrate coupling by a charge-compensation mechanism, and by structural changes upon substrate release. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21903.map.gz | 194.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21903-v30.xml emd-21903.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21903.png | 48.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21903.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_21903_half_map_1.map.gz emd_21903_half_map_2.map.gz | 200 MB 200 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21903 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21903_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21903_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21903_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21903_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21903 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | LaINDY-malate complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5295 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: LaINDY-malate complex
ファイル | emd_21903_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | LaINDY-malate complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: LaINDY-malate complex
ファイル | emd_21903_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | LaINDY-malate complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : LaINDY-malate complex
全体 | 名称: LaINDY-malate complex |
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要素 |
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-超分子 #1: LaINDY-malate complex
超分子 | 名称: LaINDY-malate complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) |
-分子 #1: DASS family sodium-coupled anion symporter
分子 | 名称: DASS family sodium-coupled anion symporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) |
分子量 | 理論値: 56.563758 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HSSGVDLGTE NLYFQSNAMK TLEKVNYKGF IWPLAVGIVL WLITPWRPGG LSVQAWEMFA IFVATIVGCI TKPLPIGGT TLLGMVVTVL VGLAPVKDVV NSKGVVIQTG ILSSFGNSAA WLIAMAFIMA HGISKTGLGN RVAYVMIEKF G KRSIGIGY ...文字列: MHHHHHHHHH HSSGVDLGTE NLYFQSNAMK TLEKVNYKGF IWPLAVGIVL WLITPWRPGG LSVQAWEMFA IFVATIVGCI TKPLPIGGT TLLGMVVTVL VGLAPVKDVV NSKGVVIQTG ILSSFGNSAA WLIAMAFIMA HGISKTGLGN RVAYVMIEKF G KRSIGIGY AITGLELMMG ALIPSNSART GGVTWPVVES ISKSYDSKPN DPSRKKIGAY LDFMAFHANI LSTALFITGA AP NLVAQQM AAQKGYQMSW VSWFWAALVP VLVATVIIPL VIYKMYPPEV KETPNAKNWA DDKLKEMGPI SKPEKIMATV FCL AILLWV LSGFFKIPQL DSAFVAFLAV TLLLITGVLS MEDALHETGA WNILIWLSIL IFMAGKLISY GFIAWFAKFI QSEV HGINW GLVLVVLILL MFYTHYFFAS GTAHMTALYL PFLTVATAMG APLGLSAMLL AFTGVINAST THYANGPASI LATTG YVKQ SEWWKMNFIL GLIYMVIFGI VGTIWMKIIG IW UniProtKB: DASS family sodium-coupled anion symporter |
-分子 #2: HEXANE
分子 | 名称: HEXANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: HEX |
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分子量 | 理論値: 86.175 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEX: |
-分子 #3: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ChemComp-D10: |
-分子 #4: N-OCTANE
分子 | 名称: N-OCTANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: OCT |
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分子量 | 理論値: 114.229 Da |
Chemical component information | ChemComp-OCT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3255 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 277286 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) |