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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20482 | |||||||||
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タイトル | Human TRPM2 bound to 8-Br-cADPR and calcium | |||||||||
マップデータ | human TRPM2 bound with 8-Br-cADPR and calcium, unsharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRPM2 channel / 8-Br-cADPR / calcium / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to purine-containing compound / mono-ADP-D-ribose binding / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / dendritic cell differentiation / response to purine-containing compound / ligand-gated calcium channel activity / regulation of filopodium assembly / cellular response to temperature stimulus / response to hydroperoxide ...cellular response to purine-containing compound / mono-ADP-D-ribose binding / manganese ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / dendritic cell differentiation / response to purine-containing compound / ligand-gated calcium channel activity / regulation of filopodium assembly / cellular response to temperature stimulus / response to hydroperoxide / TRP channels / dendritic cell chemotaxis / sodium channel activity / calcium ion transmembrane import into cytosol / temperature homeostasis / calcium ion import across plasma membrane / intracellularly gated calcium channel activity / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / monoatomic cation channel activity / specific granule membrane / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / regulation of actin cytoskeleton organization / calcium ion transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / calcium channel activity / cellular response to hydrogen peroxide / calcium ion transport / response to heat / perikaryon / protein homotetramerization / lysosome / lysosomal membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Du J / Lu W / Huang Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Ligand recognition and gating mechanism through three ligand-binding sites of human TRPM2 channel. 著者: Yihe Huang / Becca Roth / Wei Lü / Juan Du / 要旨: TRPM2 is critically involved in diverse physiological processes including core temperature sensing, apoptosis, and immune response. TRPM2's activation by Ca and ADP ribose (ADPR), an NAD-metabolite ...TRPM2 is critically involved in diverse physiological processes including core temperature sensing, apoptosis, and immune response. TRPM2's activation by Ca and ADP ribose (ADPR), an NAD-metabolite produced under oxidative stress and neurodegenerative conditions, suggests a role in neurological disorders. We provide a central concept between triple-site ligand binding and the channel gating of human TRPM2. We show consecutive structural rearrangements and channel activation of TRPM2 induced by binding of ADPR in two indispensable locations, and the binding of Ca in the transmembrane domain. The 8-Br-cADPR-an antagonist of cADPR-binds only to the MHR1/2 domain and inhibits TRPM2 by stabilizing the channel in an apo-like conformation. We conclude that MHR1/2 acts as a orthostatic ligand-binding site for TRPM2. The NUDT9-H domain binds to a second ADPR to assist channel activation in vertebrates, but not necessary in invertebrates. Our work provides insights into the gating mechanism of human TRPM2 and its pharmacology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20482.map.gz | 76.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20482-v30.xml emd-20482.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20482.png | 236.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20482.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20482 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20482 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20482_validation.pdf.gz | 572.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20482_full_validation.pdf.gz | 572.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20482_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20482_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20482 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20482 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human TRPM2 bound with 8-Br-cADPR and calcium, unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human TRPM2
全体 | 名称: human TRPM2 |
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要素 |
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-超分子 #1: human TRPM2
超分子 | 名称: human TRPM2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 172.280062 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSGGRATMEP SALRKAGSEQ EEGFEGLPRR VTDLGMVSNL RRSNSSLFKS WRLQCPFGNN DKQESLSSWI PENIKKKECV YFVESSKLS DAGKVVCQCG YTHEQHLEEA TKPHTFQGTQ WDPKKHVQEM PTDAFGDIVF TGLSQKVKKY VRVSQDTPSS V IYHLMTQH ...文字列: GSGGRATMEP SALRKAGSEQ EEGFEGLPRR VTDLGMVSNL RRSNSSLFKS WRLQCPFGNN DKQESLSSWI PENIKKKECV YFVESSKLS DAGKVVCQCG YTHEQHLEEA TKPHTFQGTQ WDPKKHVQEM PTDAFGDIVF TGLSQKVKKY VRVSQDTPSS V IYHLMTQH WGLDVPNLLI SVTGGAKNFN MKPRLKSIFR RGLVKVAQTT GAWIITGGSH TGVMKQVGEA VRDFSLSSSY KE GELITIG VATWGTVHRR EGLIHPTGSF PAEYILDEDG QGNLTCLDSN HSHFILVDDG THGQYGVEIP LRTRLEKFIS EQT KERGGV AIKIPIVCVV LEGGPGTLHT IDNATTNGTP CVVVEGSGRV ADVIAQVANL PVSDITISLI QQKLSVFFQE MFET FTESR IVEWTKKIQD IVRRRQLLTV FREGKDGQQD VDVAILQALL KASRSQDHFG HENWDHQLKL AVAWNRVDIA RSEIF MDEW QWKPSDLHPT MTAALISNKP EFVKLFLENG VQLKEFVTWD TLLYLYENLD PSCLFHSKLQ KVLVEDPERP ACAPAA PRL QMHHVAQVLR ELLGDFTQPL YPRPRHNDRL RLLLPVPHVK LNVQGVSLRS LYKRSSGHVT FTMDPIRDLL IWAIVQN RR ELAGIIWAQS QDCIAAALAC SKILKELSKE EEDTDSSEEM LALAEEYEHR AIGVFTECYR KDEERAQKLL TRVSEAWG K TTCLQLALEA KDMKFVSHGG IQAFLTKVWW GQLSVDNGLW RVTLCMLAFP LLLTGLISFR EKRLQDVGTP AARARAFFT APVVVFHLNI LSYFAFLCLF AYVLMVDFQP VPSWCECAIY LWLFSLVCEE MRQLFYDPDE CGLMKKAALY FSDFWNKLDV GAILLFVAG LTCRLIPATL YPGRVILSLD FILFCLRLMH IFTISKTLGP KIIIVKRMMK DVFFFLFLLA VWVVSFGVAK Q AILIHNER RVDWLFRGAV YHSYLTIFGQ IPGYIDGVNF NPEHCSPNGT DPYKPKCPES DATQQRPAFP EWLTVLLLCL YL LFTNILL LNLLIAMFNY TFQQVQEHTD QIWKFQRHDL IEEYHGRPAA PPPFILLSHL QLFIKRVVLK TPAKRHKQLK NKL EKNEEA ALLSWEIYLK ENYLQNRQFQ QKQRPEQKIE DISNKVDAMV DLLDLDPLKR SGSMEQRLAS LEEQVAQTAQ ALHW IVRTL RASGFSSEAD VPTLASQKAA EEPDAEPGGR KKTEEPGDSY HVNARHLLYP NCPVTRFPVP NEKVPWETEF LIYDP PFYT AERKDAAAMD PMGDTLEPLS TIQYNVVDGL RDRRSFHGPY TVQAGLPLNP MGRTGLRGRG SLSCFGPNHT LYPMVT RWR RNEDGAICRK SIKKMLEVLV VKLPLSEHWA LPGGSREPGE MLPRKLKRIL RQEHWPSFEN LLKCGMEVYK GYMDDPR NT DNAWIETVAV SVHFQDQNDV ELNRLNSNLH ACDSGASIRW QVVDRRIPLY ANHKTLLQKA AAEFGAHYFE UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 2 |
-分子 #2: (2R,3R,4S,5R,13R,14S,15R,16R)-24-amino-18-bromo-3,4,14,15-tetrahy...
分子 | 名称: (2R,3R,4S,5R,13R,14S,15R,16R)-24-amino-18-bromo-3,4,14,15-tetrahydroxy-7,9,11,25,26-pentaoxa-17,19,22-triaza-1-azonia-8 ,10-diphosphapentacyclo[18.3.1.1^2,5^.1^13,16^.0^17,21^]hexacosa-1(24) ...名称: (2R,3R,4S,5R,13R,14S,15R,16R)-24-amino-18-bromo-3,4,14,15-tetrahydroxy-7,9,11,25,26-pentaoxa-17,19,22-triaza-1-azonia-8 ,10-diphosphapentacyclo[18.3.1.1^2,5^.1^13,16^.0^17,21^]hexacosa-1(24),18,20,22-tetraene-8,10-diolate 8,10-dioxide タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: CV1 |
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分子量 | 理論値: 621.204 Da |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 6.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryosparc |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 102259 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6puu: |