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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20131 | |||||||||
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タイトル | Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex in presence of prespacer DNA | |||||||||
マップデータ | Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with prespacer DNA | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Sashital DG / Lee H / Dhingra Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: The Cas4-Cas1-Cas2 complex mediates precise prespacer processing during CRISPR adaptation. 著者: Hayun Lee / Yukti Dhingra / Dipali G Sashital / 要旨: CRISPR adaptation immunizes bacteria and archaea against viruses. During adaptation, the Cas1-Cas2 complex integrates fragments of invader DNA as spacers in the CRISPR array. Recently, an additional ...CRISPR adaptation immunizes bacteria and archaea against viruses. During adaptation, the Cas1-Cas2 complex integrates fragments of invader DNA as spacers in the CRISPR array. Recently, an additional protein Cas4 has been implicated in selection and processing of prespacer substrates for Cas1-Cas2, although this mechanism remains unclear. We show that Cas4 interacts directly with Cas1-Cas2 forming a Cas4-Cas1-Cas2 complex that captures and processes prespacers prior to integration. Structural analysis of the Cas4-Cas1-Cas2 complex reveals two copies of Cas4 that closely interact with the two integrase active sites of Cas1, suggesting a mechanism for substrate handoff following processing. We also find that the Cas4-Cas1-Cas2 complex processes single-stranded DNA provided in cis or in trans with a double-stranded DNA duplex. Cas4 cleaves precisely upstream of PAM sequences, ensuring the acquisition of functional spacers. Our results explain how Cas4 cleavage coordinates with Cas1-Cas2 integration and defines the exact cleavage sites and specificity of Cas4. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20131.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20131-v30.xml emd-20131.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20131.png | 44.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20131 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20131_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20131_full_validation.pdf.gz | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20131_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20131 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with prespacer DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with presp...
全体 | 名称: Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with prespacer DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with presp...
超分子 | 名称: Bacillus halodurans Cas4-Cas1-Cas2 symmetrical complex with prespacer DNA タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 260 KDa |
-分子 #1: Cas1
分子 | 名称: Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKLLNTLYV TQPDTYLSLD GDNVVLLKEQ EKLGRLPLHN LEAIVGFGYT GASPALMGYC AERNISITF LTKNGRFLAR VVGESRGNVV LRKTQYRISE NDQESTKIAR NFITGKVYNS K WMLERMTR EHPLRVNVEQ FKATSQLLSV MMQEIRNCDS LESLRGWEGQ ...文字列: MKKLLNTLYV TQPDTYLSLD GDNVVLLKEQ EKLGRLPLHN LEAIVGFGYT GASPALMGYC AERNISITF LTKNGRFLAR VVGESRGNVV LRKTQYRISE NDQESTKIAR NFITGKVYNS K WMLERMTR EHPLRVNVEQ FKATSQLLSV MMQEIRNCDS LESLRGWEGQ AAINYNKVFD QM ILQQKEE FAFHGRSRRP PKDNVNAMLS FAYTLLANDV AAALETVGLD AYVGFMHQDR PGR ASLALD LMEELRGLYA DRFVLSLINR KEMTADGFYK KENGAVLMTD EARKTFLKAW QTKK QEKIT HPYLGEKMSW GLVPYVQALL LARFLRGDLD EYPPFLWK |
-分子 #2: Cas2
分子 | 名称: Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLVLITYDVQ TSSMGGTKRL RKVAKACQNY GQRVQNSVFE CIVDSTQLTS LKLELTSLID EEKDSLRIY RLGNNYKTKV EHIGAKPSID LEDPLIF |
-分子 #3: Cas4
分子 | 名称: Cas4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASNEEDRYL MLSGLQHFQF CKRQWALIHI EQQWEENVRT IEGQHLHKKA DQPFMKEKRG SKLTVRAMPI QSKNLQISGI CDVVEFVQDS EGIELSGVSG SYKAFPVEYK RGKPKKGDED IVQLVAQAMC LEEMLVCRID KGYLFYNEIK HRVEVPITDA LRDKVVQMAK ...文字列: MASNEEDRYL MLSGLQHFQF CKRQWALIHI EQQWEENVRT IEGQHLHKKA DQPFMKEKRG SKLTVRAMPI QSKNLQISGI CDVVEFVQDS EGIELSGVSG SYKAFPVEYK RGKPKKGDED IVQLVAQAMC LEEMLVCRID KGYLFYNEIK HRVEVPITDA LRDKVVQMAK EMHHYYENRH TPKVKTGPFC NNCSLQSICL PKLMNKRSVK RYIEGRLSE |
-分子 #4: prespacer top strand
分子 | 名称: prespacer top strand / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
配列 | 文字列: CGTAGCTGAG GACCACCAGA ACAGTTTTGA ATTTTTTTT |
-分子 #5: prespacer bottom strand
分子 | 名称: prespacer bottom strand / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
配列 | 文字列: CTGTTCTGGT GGTCCTCAGC TACGTTTTGA ATTTTTTTT |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.026 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate 詳細: 3 uL of sample was applied to a glow-discharged copper 400-mesh continuous carbon grid for one minute at room temperature. The excess sample was blotted with Whatman filter paper, followed by ...詳細: 3 uL of sample was applied to a glow-discharged copper 400-mesh continuous carbon grid for one minute at room temperature. The excess sample was blotted with Whatman filter paper, followed by immediate application of 3 uL 2% (w/v) uranyl formate. The excess stain was blotted, followed by immediate application of 3 uL 2% uranyl formate. This step was repeated once more. The grids were allowed to dry for at least 5 minutes prior to imaging. | ||||||||||||||||||
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 93 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |