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- EMDB-20041: Precursor ribosomal RNA processing complex, State 1. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20041
タイトルPrecursor ribosomal RNA processing complex, State 1.
マップデータ
試料Precursor Ribosomal RNA Processing Complex:
Ribonucleaseリボヌクレアーゼ / CLP1_P domain-containing protein / (ligandリガンド) x 2
機能・相同性Las1 / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Las1 complex / rRNA processing / endonuclease activity / ATP binding / CLP1_P domain-containing protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pillon MC / Hsu AL / Krahn JM / Williams JG / Goslen KH / Sobhany M / Borgnia MJ / Stanley RE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2019
タイトル: Cryo-EM reveals active site coordination within a multienzyme pre-rRNA processing complex.
著者: Monica C Pillon / Allen L Hsu / Juno M Krahn / Jason G Williams / Kevin H Goslen / Mack Sobhany / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The ...Ribosome assembly is a complex process reliant on the coordination of trans-acting enzymes to produce functional ribosomal subunits and secure the translational capacity of cells. The endoribonuclease (RNase) Las1 and the polynucleotide kinase (PNK) Grc3 assemble into a multienzyme complex, herein designated RNase PNK, to orchestrate processing of precursor ribosomal RNA (rRNA). RNase PNK belongs to the functionally diverse HEPN nuclease superfamily, whose members rely on distinct cues for nuclease activation. To establish how RNase PNK coordinates its dual enzymatic activities, we solved a series of cryo-EM structures of Chaetomium thermophilum RNase PNK in multiple conformational states. The structures reveal that RNase PNK adopts a butterfly-like architecture, harboring a composite HEPN nuclease active site flanked by discrete RNA kinase sites. We identify two molecular switches that coordinate nuclease and kinase function. Together, our structures and corresponding functional studies establish a new mechanism of HEPN nuclease activation essential for ribosome production.
構造検証レポートPDB-ID: 6of3

簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月17日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6of3
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20041.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å
1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å
1.08 Å/pix.
x 224 pix.
= 241.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-0.7086779 - 27.61045
平均 (標準偏差)0.005032442 (±0.65671426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 241.92001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.920241.920241.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.70927.6100.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Precursor Ribosomal RNA Processing Complex

全体名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex
詳細: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex coordinates removal of a transcribed spacer.
構成要素数: 5

+
構成要素 #1: タンパク質, Precursor Ribosomal RNA Processing Complex

タンパク質名称: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex
詳細: Precursor Ribosomal RNA Processing Complex coordinates removal of a transcribed spacer.
組換発現: No
分子量理論値: 234 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #2: タンパク質, Ribonuclease

タンパク質名称: Ribonucleaseリボヌクレアーゼ / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 43.842871 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, CLP1_P domain-containing protein

タンパク質名称: CLP1_P domain-containing protein / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 69.660539 kDa
由来生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: リガンド, PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

リガンド名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.523247 kDa

+
構成要素 #5: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 74582
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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