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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1985 | |||||||||
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タイトル | Structure of the full human RXR-VDR nuclear receptor heterodimer complex with its DR3 target DNA | |||||||||
マップデータ | VDR-RXR DR3 DNA complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nuclear receptor / retinoic acid / vitamin D / DNA response element | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Orlov I / Rochel N / Moras D / Klaholz BP | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2012 タイトル: Structure of the full human RXR/VDR nuclear receptor heterodimer complex with its DR3 target DNA. 著者: Igor Orlov / Natacha Rochel / Dino Moras / Bruno P Klaholz / 要旨: Transcription regulation by steroid hormones and other metabolites is mediated by nuclear receptors (NRs) such as the vitamin D and retinoid X receptors (VDR and RXR). Here, we present the cryo ...Transcription regulation by steroid hormones and other metabolites is mediated by nuclear receptors (NRs) such as the vitamin D and retinoid X receptors (VDR and RXR). Here, we present the cryo electron microscopy (cryo-EM) structure of the heterodimeric complex of the liganded human RXR and VDR bound to a consensus DNA response element forming a direct repeat (DR3). The cryo-EM map of the 100-kDa complex allows positioning the individual crystal structures of ligand- and DNA-binding domains (LBDs and DBDs). The LBDs are arranged perpendicular to the DNA and are located asymmetrically at the DNA 5'-end of the response element. The structure reveals that the VDR N-terminal A/B domain is located close to the DNA. The hinges of both VDR and RXR are fully visible and hold the complex in an open conformation in which co-regulators can bind. The asymmetric topology of the complex provides the structural basis for RXR being an adaptive partner within NR heterodimers, while the specific helical structure of VDR's hinge connects the 3'-bound DBD with the 5'-bound LBD and thereby serves as a conserved linker of defined length sensitive to mutational deletion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1985.map.gz | 553.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1985-v30.xml emd-1985.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1985.png | 42.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1985 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1985_validation.pdf.gz | 189 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1985_full_validation.pdf.gz | 188.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1985_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1985 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1985 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | VDR-RXR DR3 DNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : full human RXR-VDR nuclear receptor heterodimer complex with its ...
全体 | 名称: full human RXR-VDR nuclear receptor heterodimer complex with its DR3 target DNA response element |
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要素 |
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-超分子 #1000: full human RXR-VDR nuclear receptor heterodimer complex with its ...
超分子 | 名称: full human RXR-VDR nuclear receptor heterodimer complex with its DR3 target DNA response element タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa |
-分子 #1: VDR-RXR
分子 | 名称: VDR-RXR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VDR-RXR / コピー数: 1 / 集合状態: hetero dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pACYC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Tris 20 mM pH7.5, NaCl 50 mM, KCl 50 mM, MgCl2 4mM, DTT 5mM |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: no staining, cryo on holey carbon film |
グリッド | 詳細: 300 mesh Cu/Rh |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 2 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.8 µm / 実像数: 20 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | EMAN-1 boxer semi-automatic selection and visual control of each boxed particle |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC 詳細: resolution 12.3A or 9.1 according to FSC at 0.5 or 0.143 cut-off 使用した粒子像数: 19938 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: IMAGIC, pyMOL |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using the program Pymol |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: IMAGIC, pyMOL |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using the program Pymol |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: IMAGIC, pyMOL |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using the program Pymol |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: IMAGIC, pyMOL |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: rigid body. The domains were separately fitted by manual docking using the program Pymol |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |