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万見
- EMDB-1907: Electron cryo-microscopy and image reconstruction of adeno-associ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1907
タイトルElectron cryo-microscopy and image reconstruction of adeno-associated virus type 2 empty capsids
マップデータAAV-2 empty capsids
試料
  • 試料: Adeno-associated Virus Type 2
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
キーワードAAV2 (アデノ随伴ウイルス) / virus (ウイルス) / empty capsids
生物種Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Kronenberg S / Kleinschmidt JA / Bottcher B
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2001
タイトル: Electron cryo-microscopy and image reconstruction of adeno-associated virus type 2 empty capsids.
著者: S Kronenberg / J A Kleinschmidt / B Böttcher /
要旨: Adeno-associated virus type 2 empty capsids are composed of three proteins, VP1, VP2 and VP3, which have relative molecular masses of 87, 72 and 62 kDa, respectively, and differ in their N-terminal ...Adeno-associated virus type 2 empty capsids are composed of three proteins, VP1, VP2 and VP3, which have relative molecular masses of 87, 72 and 62 kDa, respectively, and differ in their N-terminal amino acid sequences. They have a likely molar ratio of 1:1:8 and occupy symmetrical equivalent positions in an icosahedrally arranged protein shell. We have investigated empty capsids of adeno-associated virus type 2 by electron cryo-microscopy and icosahedral image reconstruction. The three-dimensional map at 1.05 nm resolution showed sets of three elongated spikes surrounding the three-fold symmetry axes and narrow empty channels at the five-fold axes. The inside of the capsid superimposed with the previously determined structure of the canine parvovirus (Q. Xie and M.S. Chapman, 1996, J. Mol. Biol., 264, 497-520), whereas the outer surface showed clear discrepancies. Globular structures at the inner surface of the capsid at the two-fold symmetry axes were identified as possible positions for the N-terminal extensions of VP1 and VP2.
履歴
登録2011年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月30日-
マップ公開2011年6月30日-
更新2011年6月30日-
現状2011年6月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1907_aav2_1....

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AAV-2 empty capsids
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 12.0 / ムービー #1: 12
最小 - 最大-44.559199999999997 - 61.091700000000003
平均 (標準偏差)-0.0438755 (±9.89312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ838383
Spacing838383
セルA=B=C: 348.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z838383
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z348.600348.600348.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS838383
D min/max/mean-44.55961.092-0.044

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated Virus Type 2

全体名称: Adeno-associated Virus Type 2
要素
  • 試料: Adeno-associated Virus Type 2
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)

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超分子 #1000: Adeno-associated Virus Type 2

超分子名称: Adeno-associated Virus Type 2 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.9 MDa

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 2

超分子名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: AAV2 / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: AAV2
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 3.9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: AAV2 / 直径: 260 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 0.1M NaCl, 1 mM MgCl2, 10 mM Tris-HCl pH 7.5
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, coated with holey carbon, covered with thin continuous carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Controlled environment / 手法: blot for 15s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 6.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.93 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.81 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry, liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 94 K / 平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: At 200,000 magnification on carbon
日付2001年4月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 10 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: Combination of defocussed maps
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC
詳細: Maps were calculated for each micrograph maps were ctf-corrected and averaged ctf-weighted data was corrected for envelope function due to spatial aberration
使用した粒子像数: 1800

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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