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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1901 | |||||||||
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タイトル | Insights into the structure of the CCR4-NOT Complex by electron microscopy | |||||||||
マップデータ | Map of the stained Ccr4Not core-complex. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ccr4Not core-complex / regulation of gene-expression / deadenylation (ポリアデニル化) | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Nasertorabi F / Batisse C / Diepholz M / Suck D / Bottcher B | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2011 タイトル: Insights into the structure of the CCR4-NOT complex by electron microscopy. 著者: Fariborz Nasertorabi / Claire Batisse / Meikel Diepholz / Dietrich Suck / Bettina Böttcher / 要旨: The CCR4-NOT complex is a deadenylation complex, which plays a major role for mRNA stability. The complex is conserved from yeast to human and consists of nine proteins NOT1-NOT5, CCR4, CAF1, CAF40 ...The CCR4-NOT complex is a deadenylation complex, which plays a major role for mRNA stability. The complex is conserved from yeast to human and consists of nine proteins NOT1-NOT5, CCR4, CAF1, CAF40 and CAF130. We have successfully isolated the complex using a Protein A tag on NOT1, followed by cross-linking on a glycerol gradient. All components of the complex were identified by mass spectrometry. Electron microscopy of negatively stained particles followed by image reconstruction revealed an L-shaped complex with two arms of similar length. The arms form an accessible cavity, which we think could provide an extensive interface for RNA-deadenylation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1901.map.gz | 980.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1901-v30.xml emd-1901.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_1901.png | 135 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1901 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1901 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the stained Ccr4Not core-complex. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ccr4Not core-complex
全体 | 名称: Ccr4Not core-complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Ccr4Not core-complex
超分子 | 名称: Ccr4Not core-complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was fixed (Grafix) / 集合状態: Heterononamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 800 KDa |
-分子 #1: Ccr4Not complex
分子 | 名称: Ccr4Not complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Ccr4Not complex / 詳細: The sample was fixed (Grafix) / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's Yeast |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Sandwich negative staining with 2% uranyl acetate |
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グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -55 |
温度 | 平均: 295 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 200,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.5 µm / 実像数: 312 詳細: Micrographs were taken in pairs for random-conical tilt reconstruction ビット/ピクセル: 12 |
Tilt angle max | 0 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider, imagic, xmipp / 使用した粒子像数: 7000 |
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詳細 | Initial reconstruction from random conical tilt data |