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- EMDB-1900: Cryo-EM map of the SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1900
タイトルCryo-EM map of the SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
マップデータCCP4 Map file of Bacteriophage spp1 Dit-Tal complex
試料
  • 試料: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
  • タンパク質・ペプチド: gp19.1
  • タンパク質・ペプチド: gp21(1-552)
キーワードBacteriophage (ファージ) / SPP1 / Tail tip / gp19.1 / Dit / gp21 / Tal / tail adsorption apparatus / infection mechanism
生物種unidentified phage (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Goulet A / Lai-Kee-Him J / Veesler D / Auzat I / Robin G / Shepherd DA / Ashcroft AE / Richard E / Lichiere J / Tavares P ...Goulet A / Lai-Kee-Him J / Veesler D / Auzat I / Robin G / Shepherd DA / Ashcroft AE / Richard E / Lichiere J / Tavares P / Cambillau C / Bron P
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: The opening of the SPP1 bacteriophage tail, a prevalent mechanism in Gram-positive-infecting siphophages.
著者: Adeline Goulet / Joséphine Lai-Kee-Him / David Veesler / Isabelle Auzat / Gautier Robin / Dale A Shepherd / Alison E Ashcroft / Eric Richard / Julie Lichière / Paulo Tavares / Christian ...著者: Adeline Goulet / Joséphine Lai-Kee-Him / David Veesler / Isabelle Auzat / Gautier Robin / Dale A Shepherd / Alison E Ashcroft / Eric Richard / Julie Lichière / Paulo Tavares / Christian Cambillau / Patrick Bron /
要旨: The SPP1 siphophage uses its long non-contractile tail and tail tip to recognize and infect the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis. The tail-end cap and its attached tip are the critical ...The SPP1 siphophage uses its long non-contractile tail and tail tip to recognize and infect the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis. The tail-end cap and its attached tip are the critical components for host recognition and opening of the tail tube for genome exit. In the present work, we determined the cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of a complex formed by the cap protein gp19.1 (Dit) and the N terminus of the downstream protein of gp19.1 in the SPP1 genome, gp21(1-552) (Tal). This complex assembles two back-to-back stacked gp19.1 ring hexamers, interacting loosely, and two gp21(1-552) trimers interacting with gp19.1 at both ends of the stack. Remarkably, one gp21(1-552) trimer displays a "closed" conformation, whereas the second is "open" delineating a central channel. The two conformational states dock nicely into the EM map of the SPP1 cap domain, respectively, before and after DNA release. Moreover, the open/closed conformations of gp19.1-gp21(1-552) are consistent with the structures of the corresponding proteins in the siphophage p2 baseplate, where the Tal protein (ORF16) attached to the ring of Dit (ORF15) was also found to adopt these two conformations. Therefore, the present contribution allowed us to revisit the SPP1 tail distal-end architectural organization. Considering the sequence conservation among Dit and the N-terminal region of Tal-like proteins in Gram-positive-infecting Siphoviridae, it also reveals the Tal opening mechanism as a hallmark of siphophages probably involved in the generation of the firing signal initiating the cascade of events that lead to phage DNA release in vivo.
履歴
登録2011年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年5月27日-
マップ公開2011年6月10日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 60
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd-1900.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CCP4 Map file of Bacteriophage spp1 Dit-Tal complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 60.0 / ムービー #1: 60
最小 - 最大0.0 - 100.0
平均 (標準偏差)51.789200000000001 (±3.06874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-49-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 438 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.384.384.38
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z438.000438.000438.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-49-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.000100.00051.789

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex

全体名称: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
要素
  • 試料: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
  • タンパク質・ペプチド: gp19.1
  • タンパク質・ペプチド: gp21(1-552)

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超分子 #1000: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex

超分子名称: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: This complex assembles two back-to- back stacked gp19.1 ring hexamers, interacting loosely, and two gp21(1-552) trimers interacting with gp19.1 at both ends of the stack
Number unique components: 2
分子量実験値: 730 KDa / 手法: SEC, MALS, RI, UV, QELS

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分子 #1: gp19.1

分子名称: gp19.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dit / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified phage (ファージ) / 別称: Dit

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分子 #2: gp21(1-552)

分子名称: gp21(1-552) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Tal / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: unidentified phage (ファージ) / 別称: Tal

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.07 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES, 150 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil R 2/2 grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 102.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification instrument: Cryoplunge CP3 gatan / 手法: Blot for 2s, both sides

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 45591 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
温度平均: 98.15 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
詳細Images recorded on a JEOL 2200FS
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 15171

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2x8k

詳細The initial fit was done by manual docking followed by refinement using the (fit in map) Chimera plugging
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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