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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1884 | |||||||||
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タイトル | RsgA-30S ribosomal subunit-GMPPNP complex | |||||||||
マップデータ | This is the map of RsgA-30S-GMPPNP complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome biogenesis / RsgA / yjeq / circularly permutated GTPase / 30S subunit | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...guanosine tetraphosphate binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo Q / Yuan Y / Xu Y / Feng B / Liu L / Chen K / Lei J / Gao N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Structural basis for the function of a small GTPase RsgA on the 30S ribosomal subunit maturation revealed by cryoelectron microscopy. 著者: Qiang Guo / Yi Yuan / Yanji Xu / Boya Feng / Liang Liu / Kai Chen / Ming Sun / Zhixiu Yang / Jianlin Lei / Ning Gao / 要旨: The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. ...The bacterial RsgA, a circularly permutated GTPase, whose GTPase activity is dependent on the 30S ribosomal subunit, is a late-stage ribosome biogenesis factor involved in the 30S subunit maturation. The role of RsgA is to release another 30S biogenesis factor, RbfA, from the mature 30S subunit in a GTP-dependent manner. Using cryoelectron microscopy, we have determined the structure of the 30S subunit bound with RsgA in the presence of GMPPNP at subnanometer resolution. In the structure, RsgA binds to the central part of the 30S subunit, close to the decoding center, in a position that is incompatible with multiple biogenesis factors, all three translation initiation factors, as well as A-, P-site tRNAs and the 50S subunit. Further structural analysis not only provides a structural model for the RsgA-dependent release of RbfA from the nascent 30S subunit, but also indicates RsgA's role in the ribosomal protein assembly, to promote some tertiary binding protein incorporation. Moreover, together with available biochemical and genetic data, our results suggest that RsgA might be a general checkpoint protein in the late stage of the 30S subunit biogenesis, whose function is not only to release biogenesis factors (e.g., RbfA) from the nascent 30S subunit, but also to block the association of initiation factors to the premature 30S subunit. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1884.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1884-v30.xml emd-1884.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1884.jpeg | 40.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1884 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1884 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1884_validation.pdf.gz | 240.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1884_full_validation.pdf.gz | 239.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1884_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1884 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1884 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of RsgA-30S-GMPPNP complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex
全体 | 名称: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex
超分子 | 名称: RsgA-30S ribosome-GMPPNP complex / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: One RsgA binds to one 30S ribosome in the presence of one GMPPNP Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa / 手法: Sedimentation |
-超分子 #1: 30S ribosome
超分子 | 名称: 30S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) |
-分子 #1: RsgA
分子 | 名称: RsgA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RsgA / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5a / Organelle: cellular |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28b |
-分子 #2: Guanylyl Imidodiphosphate
分子 | 名称: Guanylyl Imidodiphosphate / タイプ: ligand / ID: 2 / Name.synonym: GMP-PNP / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris-HCl,150 mM NH4Cl,10 mM Mg(OAc)2 |
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グリッド | 詳細: 300 mesh Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 4 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. Rapid-freezing in liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.85 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Maps from each defocus group |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: The final map is processed with an additional amplitude correction procedure. 使用した粒子像数: 77483 |