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- EMDB-17816: Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17816
タイトルPyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bound to a primer/template substrate containing three consecutive mismatches
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DP2
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clampDNAクランプ
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*(GS)P*(C7R)P*(PST)P*(PST)P*(PST))-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードPolymerase (ポリメラーゼ) / DNA (デオキシリボ核酸) / Replication (DNA複製) / PolD / Archaea (古細菌) / Editing (編集) / Proofreading (校正) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : ...DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNAクランプ / DNA polymerase II small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Betancurt-Anzola L / Martinez-Carranza M / Zatopek KM / Gardner AF / Sauguet L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for proofreading by the unique exonuclease domain of Family-D DNA polymerases.
著者: Leonardo Betancurt-Anzola / Markel Martínez-Carranza / Marc Delarue / Kelly M Zatopek / Andrew F Gardner / Ludovic Sauguet /
要旨: Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. ...Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. Family D replicative DNA polymerases (PolD), found exclusively in Archaea, contain an unusual RNA polymerase-like catalytic core, and a unique Mre11-like proofreading active site. Here, we present cryo-EM structures of PolD trapped in a proofreading mode, revealing an unanticipated correction mechanism that extends the repertoire of protein domains known to be involved in DNA proofreading. Based on our experimental structures, mutants of PolD were designed and their contribution to mismatch bypass and exonuclease kinetics was determined. This study sheds light on the convergent evolution of structurally distinct families of DNA polymerases, and the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the replisome in the three domains of life.
履歴
登録2023年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17816.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2343386 - 2.0581586
平均 (標準偏差)-0.00013952742 (±0.03703811)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17816_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17816_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17816_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex...

全体名称: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches
要素
  • 複合体: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
    • タンパク質・ペプチド: DP2
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clampDNAクランプ
    • DNA: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*(GS)P*(C7R)P*(PST)P*(PST)P*(PST))-3')
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex...

超分子名称: Binary complex of PolD bound to PCNA and a primer/template duplex containing three consecutive mismatches
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3, #5, #4, #1-#2
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

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分子 #1: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*(GS)P*(C7R)...

分子名称: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*GP*TP*(GS)P*(C7R)P*(PST)P*(PST)P*(PST))-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 6.512451 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(GS)(C7R)(PST) (PST)(PST)

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分子 #2: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 7.717934 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)

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分子 #3: DNA polymerase II small subunit

分子名称: DNA polymerase II small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: DP1 subunit / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 74.009742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGKHHHHSGH HHTGHHHHSG SHHHTSSSAS TGENLYFQGT GDGSDELVKA LERAGYLLTP SAYYLLVDHF KEGKFSLVEL VKFAKSKGV FIIDGDLAYE FLQFLGLGVP QEIKESYIST GEEAEKTVES QETRASELEE GGVSQVSSGE LQELKEESPE I STTEEEIG ...文字列:
MGKHHHHSGH HHTGHHHHSG SHHHTSSSAS TGENLYFQGT GDGSDELVKA LERAGYLLTP SAYYLLVDHF KEGKFSLVEL VKFAKSKGV FIIDGDLAYE FLQFLGLGVP QEIKESYIST GEEAEKTVES QETRASELEE GGVSQVSSGE LQELKEESPE I STTEEEIG GLELVQSSIS TGSEVEYNNG ENGESVVVLD KYGYPILYAP EEIGEEKEYS KYEDVVIEWN PSVTPVQIEK NY EVKFDVR QVKLRPPKVK NGSGKEGEII VEAYASLFKS RLSKLKRILR ENPEISNVVD IGKLNYVSGD EEVTIIGLVN SKR ETNRGL IFEVEDKTGI VKVFLPKDSE DYREAFKVLP DAVVAFKGFY SKKGIFFANK FYLPDVPLYR KQKPPLEEKV YAIL ISDIH VGSREFCEKA FLKFLEWLNG HVESKEEEEI VSRVKYLIIA GDVVDGIGIY PGQYSDLVIP DIFDQYEALA NLLAN VPEH ITMFIGPGNA DAARPAIPQP EFYKEYAKPI YKLKNAIIIS NPAVIRLHGR DFLIAHGRGI EDVVSFVPGL THHKPG LPM VELLKMRHLA PTFGGKVPIA PDPEDLLVIE EVPDLVQMGH VHVYDAVVYR GVQLVNSATW QAQTEFQKMV NIVPTPA KV PVVDVESARV VKVLDFSGWC

UniProtKB: DNA polymerase II small subunit

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分子 #4: DNA polymerase sliding clamp

分子名称: DNA polymerase sliding clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: PCNA / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 29.471764 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSMPFEIVFE GAKEFAQLIE TASRLIDEAA FKVTEEGISM RAMDPSRVVL IDLNLPASIF SKYEVDGEET IGVNMDHLK KVLKRGKAKE TLILRKGEEN FLEISLQGTA TRTFKLPLID VEEIEVDLPE LPFTAKVVIL GDVIKEAVKD A SLVSDSMK ...文字列:
MRGSHHHHHH GSMPFEIVFE GAKEFAQLIE TASRLIDEAA FKVTEEGISM RAMDPSRVVL IDLNLPASIF SKYEVDGEET IGVNMDHLK KVLKRGKAKE TLILRKGEEN FLEISLQGTA TRTFKLPLID VEEIEVDLPE LPFTAKVVIL GDVIKEAVKD A SLVSDSMK FIAKENEFTM RAEGETQEVE VKLTLEDEGL LDIEVQEETK SAYGISYLSD MVKGLGKADE VTIKFGNEMP MQ MEYYIRD EGRLIFLLAP RVEE

UniProtKB: DNAクランプ

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分子 #5: DP2

分子名称: DP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 144.418969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK ...文字列:
MELPKEMEEY FEMLQREIDK AYEIAKKARA QGKDPSLDVE IPQATDMAGR VESLVGPPGV AKRIRELVKE YGKEIAALKI VDEIIEGKF GDLGSREKYA EQAVRTALAI LTEGIVSAPI EGIANVKIKR NTWADNSEYL ALYYAGPIRS SGGTAQALSV L VGDYVRRK LGLDRFKPSE KHIERMVEEV DLYHRAVTRL QYHPSPEEVR LAMRNIPIEI TGEATDDVEV SHRDVPGVET NQ LRGGAIL VLAEGVLQKA KKLVKYIDKM GIEGWEWLKE FVEAKEKGEP KEEGKEESLA ESTLEETKVE VDMGFYYSLY QKF KEEIAP SDKYAKEVIG GRPLFSDPSK PGGFRLRYGR SRASGFATWG INPATMILVD EFLAIGTQLK TERPGKGAVV TPVT TIEGP IVKLKDGSVL RVDDYNLALK VREDVEEILY LGDAVIAFGD FVENNQTLLP ANYCEEWWIL EFVKALKEIY EVHLE PFTE NEEESIEEAS DYLEIDPEFL KEMLRDPLRV KPPVELAIHF SEVLGIPLHP YYTLYWNSVE PKDVEKLWRL LKNYAE IEW SNFRGIKFAK KIVISQEKLG DSKRTLELLG LPHTVRDGNV IVDYPWAAAL LTPLGNLNWE FMAKPLYATI DIINENN EI KLRDRGISWI GARMGRPEKA KERKMKPPVQ VLFPIGLAGG SSRDIKKAAE EGKVAEVEIA FFKCPKCGHV GPEHLCPN C GTRKELLWVC PRCNAEYPES QAEGYNYTCP KCNVKLRPYA KRKIRPSELL NRAMENVKVY GVDKLKGVMG MTSGWKMPE PLEKGLLRAK NDVYVFKDGT IRFDATDAPI THFRPREIGV SVEKLRELGY THDFEGKPLV SEDQIVELKP QDIILSKEAG RYLLKVAKF VDDLLEKFYG LPRFYNAEKM EDLIGHLVIG LAPHTSAGIV GRIIGFVDAL VGYAHPYFHA AKRRNCDGDE D AVMLLLDA LLNFSRYYLP EKRGGKMDAP LVITTRLDPR EVDSEVHNMD IVRYYPLEFY EATYELKSPK ELVGVIERVE DR LGKPEMY YGLKFTHDTD DIALGPKMSL YKQLGDMEEK VRRQLEVAKR IRAVDEHGVA EKILNSHLIP DLRGNLRSFT RQE FRCVKC NTKFRRPPLN GKCPVCGGKI VLTVSKGAIE KYLGTAKMLV TEYNVKNYTR QRICLTERDI DSLFENVFPE TQLT LIVNP NDICQRLVMA RTGEVNKSGL LENLSNGSKK TEKAEKAEKP RKKSDEKPKK KRVISLEEFF SRKSK

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6t8h

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 306575
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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