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- EMDB-1710: Cryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1710
タイトルCryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers
マップデータ
試料Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein:
Capsid protein p27カプシド
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / structural constituent of virion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / zinc ion binding
Aspartic peptidase, active site / Retroviral nucleocapsid protein Gag, p24 fragment / Retrovirus capsid, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral Gag polyprotein, M / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retropepsins / Zinc finger, CCHC-type / Retroviral matrix protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal ...Aspartic peptidase, active site / Retroviral nucleocapsid protein Gag, p24 fragment / Retrovirus capsid, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral Gag polyprotein, M / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retropepsins / Zinc finger, CCHC-type / Retroviral matrix protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Aspartic peptidase domain superfamily / Retropepsin-like catalytic domain / Zinc finger, CCHC-type superfamily
Gag polyprotein
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.3 Å
データ登録者Hyun JK / Radjainia M / Kingston RL / Mitra AK
引用ジャーナル: J Biol Chem / : 2010
タイトル: Proton-driven assembly of the Rous Sarcoma virus capsid protein results in the formation of icosahedral particles.
著者: Jae-Kyung Hyun / Mazdak Radjainia / Richard L Kingston / Alok K Mitra /
要旨: In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell ...In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell precludes direct atomic resolution structural analysis. CA hexamers and pentamers are the fundamental building blocks of the capsid, however the pentameric state, in particular, remains poorly characterized. We have developed an efficient in vitro protocol for studying the assembly of Rous sarcoma virus (RSV) CA that involves mild acidification and produces structures modeling the authentic viral capsid. These structures include regular spherical particles with T = 1 icosahedral symmetry, built from CA pentamers alone. These particles were subject to cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing, and a pseudo-atomic model of the icosahedron was created by docking atomic structures of the constituent CA domains into the cryo-EM-derived three-dimensional density map. The N-terminal domain (NTD) of CA forms pentameric turrets, which decorate the surface of the icosahedron, while the C-terminal domain (CTD) of CA is positioned underneath, linking the pentamers. Biophysical analysis of the icosahedral particle preparation reveals that CA monomers and icosahedra are the only detectable species and that these exist in reversible equilibrium at pH 5. These same acidic conditions are known to promote formation of a RSV CA CTD dimer, present within the icosahedral particle, which facilitates capsid assembly. The results are consistent with a model in which RSV CA assembly is a nucleation-limited process driven by very weak protein-protein interactions.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2010年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月9日-
マップ公開2010年4月9日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2x8q
  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2x8q
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 162.0 / ムービー #1: 164.2728064
最小 - 最大-397.634999999999991 - 686.375999999999976
平均 (標準偏差)5.10931 (±72.627799999999993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
Dimensions160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 400 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-397.635686.3765.109

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein

全体名称: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein
詳細: The icosahedral particles were assembled in vitro, by transferring recombinant Rous sarcoma virus capsid protein monomers into high salt, mildly acidic buffer
構成要素数: 1
オリゴマーの状態: Icosahedral particle containing 12 CA pentamers (i.e. 60 monomers)
分子量理論値: 1.5 MDa

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構成要素 #1: タンパク質, Capsid protein p27

タンパク質名称: Capsid protein p27カプシド / 別称: Capsid protein p27カプシド
オリゴマーの状態: Icosahedral particle composed of 12 protein pentamers
組換発現: Yes / 個数: 60
分子量理論値: 1.53 MDa
由来生物種: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1.2 mg/mL
緩衝液: 0.1M citric acid, 5mM MOPS/KOH, 725mM NaCl, 0.25mM Na azide, 0.125mM TCEP-HCl
pH: 5
支持膜Holey carbon 400 mesh copper grid
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 85 K / 湿度: 90 % / 手法: Blot for 5 seconds before plunging / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark IV

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI TECNAI 12
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 18 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 42000 X (nominal)
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 60,000 - 140,000 times magnification using live fft
Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 800 - 3000 nm
試料ホルダホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
モデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 103
カメラ検出器: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 21 / Scanner: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 / サンプリングサイズ: 10.5 µm / ビット深度: 8

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 1310 / 想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成アルゴリズム: Polar Fourier transform / ソフトウェア: Bsoft, PFT2, EM3DR2 / CTF補正: Each micrograph
詳細: The digitized micrographs were processed using Bsoft. Orientation and origin search of the particles and 3D reconstruction were performed using PFT2 and EM3DR, respectively
解像度: 18.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: Chimera, Sculptor / 精密化のプロトコル: rigid body / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL
詳細: Protocol: Rigid body. The domain structures were manually fitted into the 3D reconstruction, and then the fitting was refined using Sculptor
利用したPDBモデル: 1EM9, 3G21
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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