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万見
- EMDB-16281: Cryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16281
タイトルCryo-EM structure of the RAF activating complex KSR-MEK-CNK-HYP
マップデータFinal Map
試料
  • 複合体: Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to the scaffolding complex CNK-HYP
    • タンパク質・ペプチド: Protein aveugle
    • タンパク質・ペプチド: Connector enhancer of KSR protein CNK
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1
    • タンパク質・ペプチド: KSR
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: Trametinibトラメチニブ
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードKinase suppressor of Ras (KSR) / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase (MEK) / Connector enhancer of KSR (CNK) / Protein Aveugle (AVE) / Hyphen protein (HYP) / protein complex (タンパク質複合体) / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hemocyte differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Frs2-mediated activation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / terminal region determination / Signal transduction by L1 / RAF activation / Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation ...hemocyte differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Frs2-mediated activation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / terminal region determination / Signal transduction by L1 / RAF activation / Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation / Phosphorylation of SMO / terminal branching, open tracheal system / torso signaling pathway / photoreceptor cell development / tracheal outgrowth, open tracheal system / R7 cell fate commitment / compound eye photoreceptor cell differentiation / sevenless signaling pathway / Phosphorylation of PER and TIM / MAP2K and MAPK activation / eye photoreceptor cell differentiation / epithelial cell migration, open tracheal system / imaginal disc-derived wing vein specification / border follicle cell migration / imaginal disc-derived wing morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / cellular response to X-ray / MAPキナーゼキナーゼ / MAP-kinase scaffold activity / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / mitotic DNA replication checkpoint signaling / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of Ras protein signal transduction / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / MAP kinase kinase activity / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / enzyme regulator activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / condensed chromosome / ERK1 and ERK2 cascade / 視覚 / determination of adult lifespan / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / receptor tyrosine kinase binding / kinase binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / apical part of cell / insulin receptor signaling pathway / 細胞皮質 / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / defense response to virus / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aveugle-like, SAM domain / : / CRIC domain / Connector enhancer of kinase suppressor of ras / CRIC domain profile. / Kinase suppressor of RAS, SAM-like domain / SAM like domain present in kinase suppressor RAS 1 / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin superfamily / Kinase suppressor RAS 1 N-terminal helical hairpin ...Aveugle-like, SAM domain / : / CRIC domain / Connector enhancer of kinase suppressor of ras / CRIC domain profile. / Kinase suppressor of RAS, SAM-like domain / SAM like domain present in kinase suppressor RAS 1 / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin / Kinase suppressor RAS 1, N-terminal helical hairpin superfamily / Kinase suppressor RAS 1 N-terminal helical hairpin / SAM domain (Sterile alpha motif) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / C1-like domain superfamily / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZドメイン / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1 / Connector enhancer of KSR protein CNK / Protein aveugle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Maisonneuve P / Fronzes R / Sicheri F
資金援助 カナダ, フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN-414829 カナダ
Foundation for Medical Research (France)AJE202110014546 フランス
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-143277 カナダ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: The CNK-HYP scaffolding complex promotes RAF activation by enhancing KSR-MEK interaction.
著者: Pierre Maisonneuve / Malha Sahmi / Fanny Bergeron-Labrecque / Xianjie Iris Ma / Juliette Queguiner / Geneviève Arseneault / Martin Lefrançois / Igor Kurinov / Rémi Fronzes / Frank Sicheri / Marc Therrien /
要旨: The RAS-MAPK pathway regulates cell proliferation, differentiation and survival, and its dysregulation is associated with cancer development. The pathway minimally comprises the small GTPase RAS and ...The RAS-MAPK pathway regulates cell proliferation, differentiation and survival, and its dysregulation is associated with cancer development. The pathway minimally comprises the small GTPase RAS and the kinases RAF, MEK and ERK. Activation of RAF by RAS is notoriously intricate and remains only partially understood. There are three RAF isoforms in mammals (ARAF, BRAF and CRAF) and two related pseudokinases (KSR1 and KSR2). RAS-mediated activation of RAF depends on an allosteric mechanism driven by the dimerization of its kinase domain. Recent work on human RAFs showed that MEK binding to KSR1 promotes KSR1-BRAF heterodimerization, which leads to the phosphorylation of free MEK molecules by BRAF. Similar findings were made with the single Drosophila RAF homolog. Here we show that the fly scaffold proteins CNK and HYP stabilize the KSR-MEK interaction, which in turn enhances RAF-KSR heterodimerization and RAF activation. The cryogenic electron microscopy structure of the minimal KSR-MEK-CNK-HYP complex reveals a ring-like arrangement of the CNK-HYP complex allowing CNK to simultaneously engage KSR and MEK, thus stabilizing the binary interaction. Together, these results illuminate how CNK contributes to RAF activation by stimulating the allosteric function of KSR and highlight the diversity of mechanisms impacting RAF dimerization as well as the regulatory potential of the KSR-MEK interaction.
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 334.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-56.064860000000003 - 67.055620000000005
平均 (標準偏差)0.000000000001615 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 334.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16281_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_16281_half_map_1.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_16281_half_map_2.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to ...

全体名称: Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to the scaffolding complex CNK-HYP
要素
  • 複合体: Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to the scaffolding complex CNK-HYP
    • タンパク質・ペプチド: Protein aveugle
    • タンパク質・ペプチド: Connector enhancer of KSR protein CNK
    • タンパク質・ペプチド: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1
    • タンパク質・ペプチド: KSR
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: Trametinibトラメチニブ
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to ...

超分子名称: Quaternary complex of the kinase domains of KSR and MEK bound to the scaffolding complex CNK-HYP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Mg2+/ANP and Trametinib ligands bound to MEK
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 132 KDa

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分子 #1: Protein aveugle

分子名称: Protein aveugle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.143911 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMDPGEETI NSTQNKTRTK TTRPKAVYLW TVSDVLKWYR RHCGEYTQYE QLFAQHDITG RALLRITDSS LQRMGVTDNR DREAIWREI VKQRLKTDIM EIRDMERLNI Y

UniProtKB: Protein aveugle

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分子 #2: Connector enhancer of KSR protein CNK

分子名称: Connector enhancer of KSR protein CNK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 38.534203 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMDPMAYIN IAEWTPDQVT DWIKGLDESM KGYLYEFSKQ EIGGRALLNI RPYELENLGM LRIGHQEIVL EAVENLRNFH YHLKNDNLQ FMALHVATAA KNLHRELARN HAESTKIDTR ILHDITRTIA TLKPLVGSLE RTPFRKQEMY REYCGNVLKC G LELATIAH ...文字列:
GAMDPMAYIN IAEWTPDQVT DWIKGLDESM KGYLYEFSKQ EIGGRALLNI RPYELENLGM LRIGHQEIVL EAVENLRNFH YHLKNDNLQ FMALHVATAA KNLHRELARN HAESTKIDTR ILHDITRTIA TLKPLVGSLE RTPFRKQEMY REYCGNVLKC G LELATIAH RDRFALQPVP AIRQSAERLE NLANFVIQDI SDPMVLQPAS LNLVTLKKRE SELGFNIESS YNGIHRVTDI KY NSPAHNS GKIEDGDEIV QINYQTVVGW QHRTVLEHLR EALPDVVLTV KKRPKHTKMF GQIYMQPYRL PSKKRNMAAR WAA QMPSPR AAFLTLDTE

UniProtKB: Connector enhancer of KSR protein CNK

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分子 #3: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1

分子名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: MAPキナーゼキナーゼ
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 43.926496 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSKNKLNLVL PPVNTEATVA AATVAPTPPF KTPSGTDTHS LLGKPKTSID ALTETLEGLD MGDTERKRIK MFLSQKEKIG ELSDEDLEK LGELGSGNGG VVMKVRHTHT HLIMARKLIH LEVKPAIKKQ ILRELKVLHE CNFPHIVGFY GAFYSDGEIS I CMEYMDGG ...文字列:
MSKNKLNLVL PPVNTEATVA AATVAPTPPF KTPSGTDTHS LLGKPKTSID ALTETLEGLD MGDTERKRIK MFLSQKEKIG ELSDEDLEK LGELGSGNGG VVMKVRHTHT HLIMARKLIH LEVKPAIKKQ ILRELKVLHE CNFPHIVGFY GAFYSDGEIS I CMEYMDGG SLDLILKRAG RIPESILGRI TLAVLKGLSY LRDNHAIIHR DVKPSNILVN SSGEIKICDF GVSGQLIDSM AN SFVGTRS YMSPERLQGT HYSVQSDIWS LGLSLVEMAI GMYPIPPPNT ATLESIFADN AEESGQPTDE PRAMAIFELL DYI VNEPPP KLEHKIFSTE FKDFVDICLK KQPDERADLK TLLSHPWIRK AELEEVDISG WVCKTMDLPP STPKRNTSPN

UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase dSOR1

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分子 #4: KSR

分子名称: KSR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 36.474898 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GGRTEDGDSG QWRQNSISLK EWDIPYGDLL LLERIGQGRF GTVHRALWHG DVAVKLLNED YLQDEHMLET FRSEVANFKN TRHENLVLF MGACMNPPYL AIVTSLCKGN TLYTYIHQRR EKFAMNRTLL IAQQIAQGMG YLHAREIIHK DLRTKNIFIE N GKVIITDF ...文字列:
GGRTEDGDSG QWRQNSISLK EWDIPYGDLL LLERIGQGRF GTVHRALWHG DVAVKLLNED YLQDEHMLET FRSEVANFKN TRHENLVLF MGACMNPPYL AIVTSLCKGN TLYTYIHQRR EKFAMNRTLL IAQQIAQGMG YLHAREIIHK DLRTKNIFIE N GKVIITDF GLFSSTKLLY CDMGLGVPHN WLCYLAPELI RALQPEKPRG ECLEFTPYSD VYSFGTVWYE LICGEFTFKD QP AESIIWQ VGRGMKQSLA NLQSGRDVKD LLMLCWTYEK EHRPQFARLL SLLEHLPKKR LARSPSHPVN LSRSAESVF

UniProtKB: non-specific serine/threonine protein kinase

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分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: Trametinib

分子名称: Trametinib / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: QOM
分子量理論値: 615.395 Da
Chemical component information

ChemComp-QOM:
Trametinib / トラメチニブ / 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM / トラメチニブ

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.79 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESN-2-hydroxyethylpiperazine-N-2-ethane sulfonic acid
500.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride
25.0 mMMgCl2Magnesium Chloride

詳細: AMPPNP 25mM Trametinib 0.05mM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00026000000000000003 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 sec blot time 1 sec drain time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 26.398 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.212 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 44 / 平均電子線量: 1.15 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7jur

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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