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万見
- EMDB-16138: BAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16138
タイトルBAM-EspP complex structure with BamA-S425C/EspP-S1299C mutations in nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc
    • 複合体: BAM
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • 複合体: EspPEmployee stock purchase plan
      • タンパク質・ペプチド: Serine protease EspP
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / ペリプラズム / response to antibiotic / serine-type endopeptidase activity / 細胞膜 ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / ペリプラズム / response to antibiotic / serine-type endopeptidase activity / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB / Serine protease EspP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shen C / Chang S / Luo Q / Zhang Z / Xie T / Luo B / Lu G / Zhu X / Wei X / Dong C ...Shen C / Chang S / Luo Q / Zhang Z / Xie T / Luo B / Lu G / Zhu X / Wei X / Dong C / Zhou R / Zhang X / Tang X / Dong H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900039,32000844,81971974 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of BAM-mediated outer membrane β-barrel protein assembly.
著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / ...著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / Xiaodi Tang / Haohao Dong /
要旨: The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of ...The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of materials. All known OMPs share the antiparallel β-strand topology, implicating a common evolutionary origin and conserved folding mechanism. Models have been proposed for bacterial β-barrel assembly machinery (BAM) to initiate OMP folding; however, mechanisms by which BAM proceeds to complete OMP assembly remain unclear. Here we report intermediate structures of BAM assembling an OMP substrate, EspP, demonstrating sequential conformational dynamics of BAM during the late stages of OMP assembly, which is further supported by molecular dynamics simulations. Mutagenic in vitro and in vivo assembly assays reveal functional residues of BamA and EspP for barrel hybridization, closure and release. Our work provides novel insights into the common mechanism of OMP assembly.
履歴
登録2022年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.34078234 - 0.5667788
平均 (標準偏差)0.0003896448 (±0.01587283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_16138_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16138_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16138_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc

全体名称: BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc
要素
  • 複合体: BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc
    • 複合体: BAM
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
      • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
    • 複合体: EspPEmployee stock purchase plan
      • タンパク質・ペプチド: Serine protease EspP

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超分子 #1: BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc

超分子名称: BAM-EspP complex with BamA-G431C/EspP-N1293C mutations in nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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超分子 #2: BAM

超分子名称: BAM / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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超分子 #3: EspP

超分子名称: EspP / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / DH10B
分子量理論値: 88.273555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: FVVKDIHFEG LQRVAVGAAL LSMPVRTGDT VNDEDISNTI RALFATGNFE DVRVLRDGDT LLVQVKERPT IASITFSGNK SVKDDMLKQ NLEASGVRVG ESLDRTTIAD IEKGLEDFYY SVGKYSASVK AVVTPLPRNR VDLKLVFQEG VSAEIQQINI V GNHAFTTD ...文字列:
FVVKDIHFEG LQRVAVGAAL LSMPVRTGDT VNDEDISNTI RALFATGNFE DVRVLRDGDT LLVQVKERPT IASITFSGNK SVKDDMLKQ NLEASGVRVG ESLDRTTIAD IEKGLEDFYY SVGKYSASVK AVVTPLPRNR VDLKLVFQEG VSAEIQQINI V GNHAFTTD ELISHFQLRD EVPWWNVVGD RKYQKQKLAG DLETLRSYYL DRGYARFNID STQVSLTPDK KGIYVTVNIT EG DQYKLSG VEVSGNLAGH SAEIEQLTKI EPGELYNGTK VTKMEDDIKK LLGRYGYAYP RVQSMPEIND ADKTVKLRVN VDA GNRFYV RKIRFEGNDT SKDAVLRREM RQMEGAWLGS DLVDQGKERL NRLGFFETVD TDTQRVPGSP DQVDVVYKVK ERNT GCFNF GIGYGTESGV SFQAGVQQDN WLGTGYAVGI NGTKNDYQTY AELSVTNPYF TVDGVSLGGR LFYNDFQADD ADLSD YTNK SYGTDVTLGF PINEYNSLRA GLGYVHNSLS NMQPQVAMWR YLYSMGEHPS TSDQDNSFKT DDFTFNYGWT YNKLDR GYF PTDGSRVNLT GKVTIPGSDN EYYKVTLDTA TYVPIDDDHK WVVLGRTRWG YGDGLGGKEM PFYENFYAGG SSTVRGF QS NTIGPKAVYF PHQASNYDPD YDYECATQDG AKDLCKSDDA VGGNAMAVAS LEFITPTPFI SDKYANSVRT SFFWDMGT V WDTNWDSSQY SGYPDYSDPS NIRMSAGIAL QWMSPLGPLV FSYAQPFKKY DGDKAEQFQF NIGKTW

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 41.918945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD G LVLIHTSN ...文字列:
MQLRKLLLPG LLSVTLLSGC SLFNSEEDVV KMSPLPTVEN QFTPTTAWST SVGSGIGNFY SNLHPALADN VVYAADRAGL VKALNADDG KEIWSVSLAE KDGWFSKEPA LLSGGVTVSG GHVYIGSEKA QVYALNTSDG TVAWQTKVAG EALSRPVVSD G LVLIHTSN GQLQALNEAD GAVKWTVNLD MPSLSLRGES APTTAFGAAV VGGDNGRVSA VLMEQGQMIW QQRISQATGS TE IDRLSDV DTTPVVVNGV VFALAYNGNL TALDLRSGQI MWKRELGSVN DFIVDGNRIY LVDQNDRVMA LTIDGGVTLW TQS DLLHRL LTSPVLYNGN LVVGDSEGYL HWINVEDGRF VAQQKVDSSG FQTEPVAADG KLLIQAKDGT VYSITR

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 36.875277 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ VVSVLQAKNY TITQRDDAGQ TLTTDWVQWN RLDEDEQYRG R YQISVKPQ ...文字列:
MAYSVQKSRL AKVAGVSLVL LLAACSSDSR YKRQVSGDEA YLEAAPLAEL HAPAGMILPV TSGDYAIPVT NGSGAVGKAL DIRPPAQPL ALVSGARTQF TGDTASLLVE NGRGNTLWPQ VVSVLQAKNY TITQRDDAGQ TLTTDWVQWN RLDEDEQYRG R YQISVKPQ GYQQAVTVKL LNLEQAGKPV ADAASMQRYS TEMMNVISAG LDKSATDAAN AAQNRASTTM DVQSAADDTG LP MLVVRGP FNVVWQRLPA ALEKVGMKVT DSTRSQGNMA VTYKPLSDSD WQELGASDPG LASGDYKLQV GDLDNRSSLQ FID PKGHTL TQSQNDALVA VFQAAFSK

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 27.85835 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY T TDATKRLV ...文字列:
MTRMKYLVAA ATLSLFLAGC SGSKEEVPDN PPNEIYATAQ QKLQDGNWRQ AITQLEALDN RYPFGPYSQQ VQLDLIYAYY KNADLPLAQ AAIDRFIRLN PTHPNIDYVM YMRGLTNMAL DDSALQGFFG VDRSDRDPQH ARAAFSDFSK LVRGYPNSQY T TDATKRLV FLKDRLAKYE YSVAEYYTER GAWVAVVNRV EGMLRDYPDT QATRDALPLM ENAYRQMQMN AQAEKVAKII AA NSSNT

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 13.530256 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MRCKTLTAAA AVLLMLTAGC STLERVVYRP DINQGNYLTA NDVSKIRVGM TQQQVAYALG TPLMSDPFGT NTWFYVFRQQ PGHEGVTQQ TLTLTFNSSG VLTNIDNKPA LSGNGGHHHH HHHH

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分子 #6: Serine protease EspP

分子名称: Serine protease EspP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 38.754836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: NIELVSAPKD TNENVFKASK QTIGFSDVTP VITTRETDDK ITWSLTGYNT VANKEATRNA AALFSVDYKA FLNEVNNLNK RMGDLRDIN GEAGAWARIM SGTGSASGGF SDNYTHVQVG VDKKHELDGL DLFTGFTVTH TDSSASADVF SGKTKSVGAG L YASAMFDS ...文字列:
NIELVSAPKD TNENVFKASK QTIGFSDVTP VITTRETDDK ITWSLTGYNT VANKEATRNA AALFSVDYKA FLNEVNNLNK RMGDLRDIN GEAGAWARIM SGTGSASGGF SDNYTHVQVG VDKKHELDGL DLFTGFTVTH TDSSASADVF SGKTKSVGAG L YASAMFDS GAYIDLIGKY VHHDNEYTAT FAGLGTRDYS THSWYAGAEA GYRYHVTEDA WIEPQAELVY GSVSGKQFAW KD QGMHLSM KDKDYNPLIG RTGVDVGKSF SGKDWKVTAR AGLGYQFDLL ANGETVLRDA SGEKRIKGEK DSRMLMSVGL NAE IRDNVR FGLEFEKSAF GKYNVDNAVN ANFRYCF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 203494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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