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万見
- EMDB-15830: haetoceros socialis forma radians RNA virus 1 empty capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15830
タイトルhaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 empty capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
機能・相同性Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Structural polyprotein
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang H / Okamoto K / Munke A
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Common and Host-Specific Receptor-Binding Mechanisms in Algal Picorna-like Viruses.
著者: Han Wang / Anna Munke / Siqi Li / Yuji Tomaru / Kenta Okamoto /
要旨: viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host- ... viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host-specific lysis is thought to correspond to the unique receptor-binding mechanism of the viruses. Here, we present the atomic structures of the full and empty capsids of Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 built-in 3.0 Å and 3.1 Å cryo-electron microscopy maps. The empty capsid structure and the structural variability provide insights into its assembly and uncoating intermediates. In conjunction with the previously reported atomic model of the Chaetoceros tenuissimus RNA virus type II capsid, we have identified the common and diverse structural features of the VP1 surface between the viruses. We have also tested the potential usage of AlphaFold2 for structural prediction of the VP1s and a subsequent structural phylogeny for classifying viruses by their hosts. These findings will be crucial for inferring the host-specific receptor-binding mechanism in viruses.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15830.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å		1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å		1.1 Å/pix.
x 350 pix.
= 385. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.522
最小 - 最大-1.1187307 - 1.9383309
平均 (標準偏差)0.032192327 (±0.16128588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 385.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15830_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15830_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1

全体名称: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Structural polyprotein

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超分子 #1: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1

超分子名称: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2169725 / 生物種: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 29.930619 KDa
配列文字列: SPLAIAGNRA GGSGAITLEP FGSDNTSPEL SKLHFGETYD HMRVLVKGYN FYKAVLDNTT ITDPDNPSGT VVIRSTVPDF PAPRGHIPN GPDKPFLPHP ENAALCTHLT WFSPCYVARR GGIRWKYLHF GARFGATDAP KGLGFVNRVP QVPYGRRPLG N ERLPLTDV ...文字列:
SPLAIAGNRA GGSGAITLEP FGSDNTSPEL SKLHFGETYD HMRVLVKGYN FYKAVLDNTT ITDPDNPSGT VVIRSTVPDF PAPRGHIPN GPDKPFLPHP ENAALCTHLT WFSPCYVARR GGIRWKYLHF GARFGATDAP KGLGFVNRVP QVPYGRRPLG N ERLPLTDV NGFNPTELSQ AFSNENGGVY ATDLDVQPAI EVELPFYSSL RFVNPRWDDY EKIGIHRHSI DLLSYRTNGA KC EDAWMAY VAAGDDFNLS WMLSCPPFRL VNL

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分子 #2: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 26.871293 KDa
配列文字列: AVKDTIEGNS ETLSGTHQNE TLALYSNVDQ TAVKIMSSID PTRADCVSND HELGNFLSRP VRIMRESISL DERTSTTIAP WDVYLRHPM INKKIANYEY LRANLVLEVV VNGGPFFYGK MLLGYTPFGY EDSLKNFNRI PIGHQNTMLS QQPHVKIDFC E STGGVLHL ...文字列:
AVKDTIEGNS ETLSGTHQNE TLALYSNVDQ TAVKIMSSID PTRADCVSND HELGNFLSRP VRIMRESISL DERTSTTIAP WDVYLRHPM INKKIANYEY LRANLVLEVV VNGGPFFYGK MLLGYTPFGY EDSLKNFNRI PIGHQNTMLS QQPHVKIDFC E STGGVLHL PFVYNRNYMR ISEGSGEPAS MGELRLNTLN ALKNISFTGP ASSVATITVF AYLDNVELVA PSANDPITAQ QP EL

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分子 #3: Structural polyprotein

分子名称: Structural polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 31.098668 KDa
配列文字列: CRPVVIDPPH KYRPTYVGNM ANADIAEAVD KLSLTSKQEL TINHDVIGKK SDGDDMHLST FFGREAYMDR FEWKTTDSYD TLLFYTHVH PILFKRFEAT SGDYDVGMLL PPVGYATIPF SFWRGGMTFR FSIVASAFHR GRLRIVYQPQ GGLGTVPGFS A AFNRVIDL ...文字列:
CRPVVIDPPH KYRPTYVGNM ANADIAEAVD KLSLTSKQEL TINHDVIGKK SDGDDMHLST FFGREAYMDR FEWKTTDSYD TLLFYTHVH PILFKRFEAT SGDYDVGMLL PPVGYATIPF SFWRGGMTFR FSIVASAFHR GRLRIVYQPQ GGLGTVPGFS A AFNRVIDL GDARDFEVTV EWNQNIAFRE VHTTGSNVPS AQYTPGLDVG RTSQLPLGDQ TSVSNGVLAV YVVNDLVSPD GG TDESVEV NWFVKGAPSF EVASRDTKFA RWSTHWSQEE F

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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